準噶爾是和明朝對峙的瓦剌部，後來瓦剌部在崛起的蒙古韃靼部打擊下向西遷移並發生分裂，又被稱為衛拉特蒙古，下面又分為準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部四部，也稱為漠西衛拉特。
到了十七世紀，準噶爾部逐漸強大起來，將土爾扈特部向西驅趕，迫使土爾扈特部、和碩特部的一部被迫遷到了伏爾加河下遊地區。向東壓迫杜爾伯特部，奪其領地，逼其內附清朝。並企圖兼併和碩特部。
順治三年(1646)，衛拉特各部首領二十二人聯名向清朝納貢，清朝賜以甲冑弓矢，命他們其統轄諸部，在那時就確定了主權關係，青藏高原和新疆正式納入清朝的主權版圖，所以，隨後準噶爾歷次威脅清朝安危，其實就是叛亂。
1670年：巴圖爾琿臺吉的兒子僧格被殺後，他的異母弟噶爾丹奪得了準噶爾的臺吉位。
隨後十年，準噶爾首領噶爾丹打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗，把鬆散的聯盟一步步改變為準噶爾首領集團壟斷權力的衛拉特政權。
1688年，噶爾丹突然率兵越過杭愛山，大舉進攻土謝圖汗，迫使喀爾喀蒙古諸部南遷。
1690年8月1日，清軍與葛爾丹部雙方大戰於烏蘭布通。清軍大敗噶爾丹軍，噶爾丹乘夜向北潰逃。
1697年，康熙第三次遠徵，噶爾丹眾叛親離，軍隊只剩下五六百人，遂飲藥自盡。
噶爾丹敗亡後，他的侄子策妄阿拉布坦繼續任準噶爾部臺吉，繼續威脅國家統一，後其子葛爾丹策零主政。
1745年，噶爾丹策零去世，其子策妄多濟那穆扎勒即位，稱為阿佔汗，這傢伙年少無知，準噶爾部爆發內亂，自己被殺。猛將策零頓多布之孫達瓦齊即位。
1755年，清朝乾隆皇帝趁準噶爾內亂並爆發疫情之機出兵進佔伊犁、擊潰準噶爾達瓦齊軍，並於1757年平定阿睦爾撒納的叛亂，1760年冬天，所謂的準噶爾汗國滅亡。
1759年，清軍才最終剿滅了叛軍殘部，在此一年前，逃入俄國的阿睦爾撒納也已染病而死，到這時，清軍平定準噶爾的戰爭，準噶爾叛亂整個過程長達八十幾年，給人民造成的影響更是遠超百年，堪稱中國版的百年戰爭。