南通境內有呂四、大沙、長江口三大漁場，其中以呂四漁場最為著名。
呂四漁場
位於北緯 32°—34°、東經 122°30 ＇以西海域，在黃海南部，東、南為大沙漁場和長江口漁場，西為大陸，北接海州灣、連青石漁場，總面積 3.11 萬平方公裡，是江蘇南部沿岸的主要漁場。
呂四漁場的主要經濟水產品種有小黃魚、大黃魚、鯧魚、鰳魚、馬鮫魚、梅童魚、黃鯽魚、河豚、鯔魚、梭魚、海鰻魚、鰻魚苗、烏賊魚、海蜇、葛氏長臂蝦（俗稱紅蝦、紅芒子、桃紅、春紅）、哈氏仿對蝦（俗稱硬殼蝦、水晶蝦、金鉤蝦）以及三疣梭子蟹等。
大沙漁場
位於黃海南端，呂四漁場外側，跨黃海、東海，南接長江口漁場，北界連青石和連東漁場，東為沙外漁場，總面積 5.18 萬平方公裡。
大沙漁場是各種魚、蝦類越冬和洄遊的良好漁場，是小黃魚的主要越冬場。主要經濟魚類有小黃魚、大黃魚、鯧魚、帶魚、鮐魚、馬鮫魚、烏賊等。
長江口漁場
位於北緯 31°—32°、東經 125°以西海域，北與呂四漁場、大沙漁場連接，南為舟山漁場，東到江外漁場，西為大陸，總面積 3.43 萬平方公裡。
長江口漁場有大量長江淡水注入該海域，海水富含微生物，水產資源豐富，是大黃魚、小黃魚、鯧魚、鰳魚、馬鮫魚等魚類的南路魚群進入呂四漁場產卵的入口通道，也是帶魚、鮐魚等魚類索餌洄遊的重要場所。