康熙二十二年（1683年）八月十三，清軍攻克臺灣，中秋之日，捷報至京。康熙皇帝之所以要攻取臺灣，主要目的就是要消滅鄭氏割據勢力，因為鄭氏集團的存在可以直接威脅東南沿海，而東南沿海各省自唐宋以來就已經成為各個封建大一統王朝的主要的賦稅來源地，既然傷害到了清朝的國防安全和財政來源，那麼自然成為清朝的眼中釘，康熙皇帝當然想要除之而後快！之所以會發生分歧主要是消滅鄭氏集團後臺灣是「棄」還是「留」問題展開的。
話說鄭氏集團在明末清初之際，確實是不可小覷的反清力量。在順治十四年（1657年），鄭成功被明桂王封為延平郡王、招討大將軍，一心以反清為己任。在順治十六年（1659年）的六月，率大軍由崇明島入長江，其麾下鐵人軍在鎮江之役中還成建制的殲滅了由提督管效忠帶隊的精銳八旗4000人，「效忠初出兵四千，止存百四十人」，並一度包圍南京，在鄭成功的威懾下，東南四府三州二十四縣望風投降，清廷「東南大震，軍報阻絕」。甚至驚動了清世祖福臨，差點要親徵鄭成功，「世祖幸南苑，集六師，議親徵」。但是，由於鄭成功輕敵大意，中了清廷兩江總督郎廷佐的緩兵之計被偷襲後，大敗，麾下精兵猛將損失頗大，元氣大傷。
在順治十八年（1661年），鄭成功考慮到金門、廈門發展受限，為了開闢新的反清基地，遂決意奪回臺灣，在驅逐荷蘭殖民者後，設立政府機構、開荒屯田，著力將臺灣打造成抗清根據地。而在康熙元年（1662年），一代英豪鄭成功逝世，年僅39歲。其子鄭經承襲了延平郡王的爵位，與清廷繼續形成對抗態勢。
鄭成功
當然清廷也深知鄭氏集團的威脅，對於清廷來說，鄭氏一日不除，便有如鯁在喉、如芒在背之感，為了攻滅鄭氏集團在奪取廈門和金門後，三次發兵攻打澎湖列島，但是由於當時清朝國內局勢動蕩（宮廷鬥爭、消滅永曆政權、削除三藩等），加上並未組建肩負渡海作戰重任的水師，均以失敗而告終。在一時無法消滅鄭氏集團的情況下，清廷採取了極其嚴厲的封鎖措施，切斷臺灣與內地的經濟聯繫來達到削弱鄭氏集團的目的，即「禁海令」和「遷界令」。
「禁海令」頒布於順治十三年（1656年）六月，命令浙江、福建、江南、廣東、山東、天津等地地方官禁止商民船隻私自出海，將糧食等物資買賣於鄭氏，違者重罰。「有將一切糧食貨物等項，與逆賊貿易者，或地方官察出，或被人告發，即將貿易之人，不論官民奏聞正法，貨物入官，本犯家產，盡給告發之人。」
但是，實行五年以來，效果卻並不顯著，鄭氏仍然可以通過走私的方式取得物資供應，於是在鄭氏降將黃梧的建議下，下達了更為嚴厲的「遷界令」。「若從山東、江、浙、閩、粵沿海居民盡徙入內地，設立邊界，布置防守，則不攻自滅也。」
這項措施得到清廷的迅速落實，沿海居民集體內遷三十裡，三十裡內村莊全部毀棄、焚燒，製造寬大三十裡的無人區以斷絕鄭氏集團獲得任何物質補充的可能。「至是，上自遼東、下至廣東皆遷徙，築垣牆、立界石，撥兵戍守；出界者死。百姓失業流離，死亡者以億萬計。」
遷界示意圖
無疑「禁海令」和「遷界令」給沿海的民生造成了嚴重破壞，原本經濟繁榮的沿海省份損失根本無法估量，但這個政策確實給依賴大陸的鄭氏集團造成了嚴重的殺傷，清廷這種「殺敵一千，自損八百」的自殘式政策正掐中了鄭氏集團的軟肋。
以鄭成功的幕僚楊英所寫的《從徵實錄》來看，鄭氏集團的作戰給養很大程度上要依靠大陸，而當時臺灣開發並不充分，遷界禁海措施一出，無法從大陸獲得物資補充，鄭軍的經濟生活立刻陷入困難，這樣的記載比比皆是。《從徵實錄》記載：「戶官運糧船猶不至，官兵至草木子充飢，日憂脫巾之變。」「時糧米不接，官兵日只二餐，多有病沒，兵心嗷嗷。」
在出臺嚴厲封禁措施的同時，清廷著力對鄭軍將領展開招撫活動，鄭軍條件因為經濟封鎖變得越來越艱苦，艱苦條件下一時軍心浮動，面對清廷的招撫，鄭氏集團的官兵出現了大量降清的情況，僅僅康熙元年（1662年）至康熙三年（1664年），就有投誠官員3985名、士兵40962名、官兵家眷64230名、大小船隻900餘艘。
愛新覺羅·玄燁
隨著三藩之亂的逐漸平定，攻取臺灣消滅鄭氏集團進入了康熙皇帝的規劃之內，康熙皇帝決定加大招撫力度繼續分化鄭氏集團，「鄭錦雖無降意，其附逆人民，有革心向化者，大將軍康親王仍隨宜招撫」，而福建布政使姚啟聖充分執行了康熙皇帝的意圖，進行大規模招降策反活動，在漳州修築「修來館」，以官爵和資財招納鄭氏官兵，搞得鄭軍上下軍心浮動，又開啟了一波投誠浪潮。前後投誠者竟達10餘萬之多（僅以人數較多者記之，千把人忽略）。「廖琠等率偽官三百餘員，兵一萬二千餘人詣軍前降。」「偽總兵楊祿、張輝等大小偽官，共二千五百餘員，兵丁二萬五千九百餘名。」「招撫江機等率領偽官一千一百三十八員，兵丁四萬三千六百二十九名投誠。」「偽將軍楊彪，即楊一豹，率領偽官兵三萬一千餘員名投誠。」
康熙二十年（1681年）後，平定三藩之亂，康熙皇帝決意攻取臺灣，此時，清、鄭雙方實力持續拉大，在強大的財政支持以及福建水師提督施琅的訓練下，福建水師已經擁有「精兵二萬有奇，大小戰船三百號」，具備了跨海攻擊澎湖列島的能力。
而在攻取臺灣之前，雙方已經進行多輪談判，鄭經在談判中多次表示「東寧偏隅，遠在海外，與版圖渺不相涉」，並拒絕了清廷「剃髮」的要求，「苟能如朝鮮例，則敢從議」，而清廷對「不剃髮」「如朝鮮例」兩條自然不答應。直到康熙二十二年（1683年）五月，康熙皇帝決定結束這場虛與委蛇的談判，正式向臺灣方面強硬回復，「臺灣賊，皆閩人，不得與琉球、高麗比」。
施琅
同年六月，施琅率福建水師全軍自福州出海攻取澎湖，清軍經過七天戰鬥，擊敗守將劉國軒，澎湖列島乃是臺灣門戶，一旦失去全臺震動。最後，鄭克塽率眾出降，清軍順利進駐臺灣。
在攻取臺灣後，臺灣的「棄」「留」之爭浮出水面，以李光地為代表的大臣表示要放棄臺灣，重新交給荷蘭人，提出「空其地，任夷人居住，而納款通貢」，而康熙皇帝當時對臺灣的重視程度也不夠，認為臺灣彈丸之地，得不得無關緊要。「海賊乃疥癬之疾，臺灣僅彈丸之地，得之無所加，不得無所損。」
但是，在關鍵時刻施琅上陳《恭陳臺灣去留疏》，指明臺灣的重要性，「臺灣一地，雖屬外島，實關四省之要害」，對臺灣的地位、作用和海疆的安全形勢做了全面的分析，康熙皇帝在看完這份奏疏後，迅速改變了對臺灣的認知，正式決策開府置縣，派兵駐守。「上曰：『臺灣棄取所關甚大，鎮守之官三年一易亦非至當之策，若徙其人民，又恐致失所，棄而不守，尤為不可。』」
所以，清朝之所以攻取臺灣首要目的是消滅鄭氏集團，而康熙皇帝一開始對臺灣重視程度確實不夠，但能知錯就改，也確實表現出了一個傑出君主的素質。