「西學中源說」似乎不如「中體西用」說那樣廣為人知。然而這一學說不僅歷時悠久——並非如艾爾曼所說在甲午戰爭後就結束了——而且主張者眾多。它對於中西文化的交流乃至中國的現代化進程曾起到重要的影響，因而有必要作進一步的探討。
實際上有兩種「西學中源說」，一種是實際考察中國文化如何影響西方，後來發展為一項專門的學問，是學術性的和實證的。例如研究中國的四大發明如何傳到西方，並進一步探究中國為何沒能像西方那樣更充分地利用這些發明。另一個典型的例子是19世紀末至20世紀上半葉歐洲和日本學者興起「法國重農學派的中國淵源」這一研究，從中發現，魁奈學說的思想淵源並非來自以往所說的古代希臘人，而是古代中國人。外國學者進一步發現20世紀歐洲經濟學在繼承法國重農學派的同時，也包含了其中中國文化的遺產。日本學者瀧本誠一發表《西洋近代經濟學的淵源在於中國的學說》，挑戰以往認為近代經濟學發源於法國的觀點。這些研究致力於發現中國文化的價值，而且有很多是西方人在中國人不知情的情況下做出的。
如果說第一種「西學中源」說屬於學術史研究的話，第二種則屬於觀念史或思想史，是中國人為了處理中西文化的關係而製造出來的學說，具有一定的政治和意識形態色彩。
據科學史專家江曉原在《試論清代「西學中源」說》（《自然科學史研究》7卷2期，1988年）中考證，最先提出「西學中源」思想的是黃宗羲，而另外兩個先驅者為方以智和王錫闡。思想史學者馬勇在其著作《近代中國文化諸問題》（東方出版中心2008年版）中則有不同看法，認為更早的徐光啟即已提出，西方的算術之學在古代中國就有，現在引進西方這些學問不過是恢復中國固有傳統而已。李贄也認為利瑪竇所宣揚的西方學說在中國古已有之。
康熙皇帝也曾提倡「西學中源」說，而且起了很大作用。他在《三角形論》中提出：「古人曆法流傳西土，彼土之人習而加精焉。」關於數學方面的說法更引人注意：「即西洋算法亦善，原系中國算法。」有學者認為，康熙很可能是在對西方天文數學有了一定了解之後獨立提出「西學中源」說的，因為黃、方、王皆心懷故國，隱居不仕，康熙「萬幾餘暇」去研讀三氏著作的可能性不大。
為迎合聖意，一些文人極力鼓吹此說，並加以闡釋和附會。其中重要的一項「成就」是說明中學如何傳入西土，影響西學。這一點當是至關重要的。早先王錫闡斷言西法是「竊取」中法而成，當然是出於想像和推斷，難以服人。康熙時，天文學家梅文鼎則闡釋得比較細緻，認為是西人得到中國先賢「指授」，因而「有以開其知覺之路」發展而成的。而且給出了時間、地點和方式，使得「西學中源」說顯得大為完善。
「西學中源」說有「聖祖仁皇帝」提倡，「國朝歷算第一名家」寫書撰文作詩闡揚於天下，一時流傳甚廣，自然無人敢提出異議。乾嘉學派興盛時，其重要人物如阮元、戴震等都大力宣揚「西學中源」說。阮元於1799年編成《疇人傳》，其中多次論述「西學中源」，經過如此鼓吹，「西學中源」說產生了持久而深入的影響。
「西學中源」說最初主要是就天文曆法和數學而言的，後來便推廣到其他領域。以致人們認為所有外來文化都源於中國。黃遵憲、江衡等人說「泰西之學，其源流皆生於墨子。」「泰西之學，實出於中國，百家之言籍其存，斑斑可考。」所有科學技藝均是「中國所固有之，西人特踵而精之。」重要的是，此說大大超出了科學技術範圍，進入政治領域，先後為洋務派、維新派、革命派乃至頑固守舊派用來推行他們的主張。洋務派以「西學中源」說為由，抵制頑固派的阻撓，設立同文館、引進西方先進技術，實行「自強運動」。洋務派代表人物張之洞不僅大力主張「西學中源」說，還將其改造成為「中體西用」說。維新派又打著孔子和堯舜禹的旗號鼓吹變法。梁啓超說：「言西政，必推本於古，以求其從同之跡。」要建設民主政治，設置議院，首先要考證「議院於古有徴乎？」梁啓超於1902年寫《古議院考》，論證中國古代很早就有了類似議院（包括上議院和下議院）的機構和議員的設置。「雖無議院之名，而有其實也。」康有為等不少清儒都將中國上古的堯舜禹時代比作西方的民主、民權時代。章太炎、梁啓超還試圖證明中國古代的井田制和均田制具有社會主義的成分。
孫中山的政治哲學也是將中國傳統文化與西方現代觀念相結合的產物。「三民主義」的每一條都是將源自西方的現代內涵建立在中國的基礎上。孫氏明確提出：「中國此次之革命，就是恢復數千年歷史上之文明，」餘英時總結道，從康有為時代開始，「有著不同取向的中國知識分子都傾向於根據他們想向中國介紹的西方價值觀來重新解釋某些關鍵性的中國經史文獻。民權和民主的觀念就是一個例子。」
「西學中源」說者各自的心態是有所不同的。早期頑固派、保守派以盲目的文化自尊來抵制西學，認為西學在中國既然古已有之，就沒必要再去學習西方了。而改革派、革命派所要解決的是接受西學的可能性、合法性問題，所以要尋找中學與西學的「同」，儘量化解兩者的邊界，從而形成梁啓超所說的「不中不西」、「即中即西」的「新學派」。雖然其中隱含著中學優於西學的思想（強調中國早已有之），實際上由此默認了西學的合理之處。
人類文化是相互影響的，既然有「西學中源」說，也會有「中學西源」說。例如陳寅恪曾指出，中醫之理論方藥，頗有由外域傳入者。有趣的是，傳教士利瑪竇曾充當「兩面派」的角色：為迎合中國人，他在中國宣揚「西學中源」說；而為了贏取西方人對他傳教事業的支持，他又向西方鼓吹「中學西源」說，盡力將中學比附於西學。
「西學中源」說也遭到一些有識之士的反對。深通西學的嚴復對其中的不合理之處分析至為透徹，梁啓超也對這種認識方法有所反省和批評。
隨著時代的推移，社會西化的程度日益加深，中國人引進西學的阻力越來越小。胡適公然說，中國百事不如西方，五四人大力宣揚西方的「科學」、「民主」觀念。西化論者提倡「全盤西化」也不必隱晦，「西學中源」說便漸漸退出了歷史舞臺。
「西學中源」說儘管大多穿鑿附會、不符合事實，但是在思想史、文化史上具有重要的意義。一方面它有益於保留、傳承中國傳統文化，另一方面促進了西學的中國化。馬勇說：「『西學中源』說是一個複雜的認識層面，由此可產生蔑視西學的心態，也能為學習西方科學技術文化減少阻力，更對振奮民族精神起到一定的作用。因此，在五四新文化運動之後，一些有見地的學者無不從中西文化的通盤歷史入手，尋求中西文化的共同點，以找出雙方嫁接的最佳結構。」
探討「西學中源」說不僅有助於認識近現代中西文化交流史、中國政治史和思想史、科技史，而且對當前如何處理中西文化的關係具有一定借鑑意義，因為當代中國人對此仍存在著較大的爭議。一些人強調中西文化的對立，提出要擺脫西方的文化霸權和話語霸權。另一些學者則持較平和的態度。何兆武多次提出「學無中西」。餘英時從中學與西學的共性來解釋「西學中源」說，並力圖從中尋找中西文化的共同點，反對亨廷頓等西方學者將兩者截然對立的觀點；他說，儘管中國文化中沒有西方那些特定的概念，如「民主」、「人權」、「科學」等，但這並不表明中國文化中就沒有這些概念所表達的普遍精神。正因為中學和西學有這些共同點，晚清儒家才能如此欣然接受西方的種種先進思想。從歷史來看，「中西文化之間在基本價值上似乎存在著大量重疊的共識。」（《人文與理性的中國》）
無論求同還是求異，皆因各自立場而定，可以並存和碰撞；但具體研究則必須符合史實和實事求是的精神。
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