1.嬰兒腸套疊
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腹痛（哭鬧）
腹痛為腸套疊出現最早且最主要的症狀，而哭鬧則為嬰兒腹痛特有的表現，以突發、劇烈、節律性的哭鬧為特徵。
原本很健康的嬰兒忽然哭鬧不安，面色蒼白，緊握雙拳，屈膝縮腹，手足亂動，拒食拒奶，發作持續3～5分鐘而後自行緩解。間隔10～20分鐘，重新發作。
這種陣發性哭鬧是由於腸蠕動將套入腸段向前推進，腸繫膜被牽拉，腸套鞘部產生強烈收縮而引起的劇烈腹痛，當蠕動波過後，病兒即轉為安靜。隨著緩解期逐漸縮短，患兒漸漸地精神萎靡，嗜睡，隨後進入休克狀態，而哭鬧、腹痛反不明顯。
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嘔吐
腸套疊早期症狀之一，腹痛發作後不久就發生嘔吐，初為乳汁乳塊或食物殘渣，以後帶有膽汁，晚期則吐糞便樣液體。早期嘔吐系因腸繫膜被強烈牽拉，導致神經反射性嘔吐，晚期則由腸梗阻引起。
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便血
便血為腸套疊特徵性表現，便血多發生於疾病開始的8～12小時，典型的血便是紅果醬樣粘液血便，也可有鮮血便或膿血便，幾小時後又可以重複排出幾次。縱使家長忽視了嬰兒的哭鬧和嘔吐，但在發生血便時一定會來醫院求治。
一部分患兒來院就診時尚未便血，肛門指檢時可發現指套上染有果醬色粘液。出血是由於腸套疊時，腸繫膜被牽入嵌閉於套入部的腸壁間，發生血液循環障礙而引起黏膜滲血，與腸粘液、糞便混合面形成暗紅色膠凍樣液體。
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腹部腫物
腹部觸及腫物是有意義的診斷。腫物多位於右上腹或中上腹，實性、光滑、稍可移動，並有壓痛。隨病情進展，腫物變長，沿結腸框分布，呈臘腸狀。
多數病兒由於迴腸末端及盲腸套入結腸內，右下腹比較鬆軟而有空虛感。嚴重者套入部達直腸，肛門直診可觸及子宮頸樣物，偶見腫物從肛門脫出。一旦腸管有壞死傾向，腹脹加重，腹肌緊張，腫物常觸診不清。
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全身情況
病程早期，病兒一般情況良好，體溫正常，僅表現為面色蒼白，精神欠佳。晚期精神萎靡、表情呆鈍、嗜睡、脫水、發熱，甚至有休克、腹膜炎徵象。
2.兒童腸套疊
多為繼發性，病程較緩慢，呈亞急性不全性腸梗阻。可有反覆發作的病史，發生腸套疊後也可自行復位。主要表現為腹痛，偶有嘔吐，少有血便，腹壁薄者可觸及腹部腫物。