天台宗系由中國隋代的智顗集其思想大成。智顗按佛教「五時八教」之說將佛教之諸教說分為不同體系。提出釋迦通過種種因緣、譬喻、言辭對眾生說法；而《法華經》宣揚的達到佛之真理的道路的「三乘」（聲聞、緣覺、菩薩），是作為宇宙統一之真理的一乘之妙法，顯示了佛教之根本目的和大綱，應基於這種理解進行修行實踐。
正是這種思想，給予了最澄極大啟示。在入山修行12年後，延曆十七年（798年），最澄開始了布教活動。延曆二十ー年（802年），最澄應邀在和氣廣世主持的高雄山寺（神護寺）「法華經」宣講會上傳授天台教義，受到桓武天皇嘉獎。以此為契機，最澄向桓武天皇提出了作為「還學生」（短期留學生）入唐求法的要求並獲敕許。延曆二十三年（804年，唐貞元二十年），最澄率弟子義真等隨藤原葛野麻呂為首的第十二批遣唐使團進入中國。最澄在中國總共8個月。
期間先在天台山修禪寺隨道邃大師學《摩詞止觀》等，後在國清寺受行滿天台的付法和大乘戒，再返其登陸的臨海龍興寺繼續研習天台教觀。同時親手抄寫了大量臺宗典籍。道邃還於龍興寺西廂「極樂淨土院」親手向最澄授圓教菩薩戒。最澄回國後帶回以天台宗教說為主的典籍230部460卷。回到日本後，最澄在比敘山大興天台教義，並於大同元年（806年）正式開立與南都六宗並立的日本佛教天台宗。
是年，最澄的最大保護者桓武天皇駕崩。最澄遂開始了與南都其他宗派的論爭。特別在弘仁八年（817年），最澄為和法相宗的德一論爭，撰寫了《照權實鏡》《守護國界章》、《決權實論》、《法華秀句》等大量論著。弘仁九年（818年），最澄捨棄了在東大寺接受的250戒，主張天台宗的僧侶應該接受大乘戒，並請求嵯峨天皇恩準其在比叡山設立戒壇，提出真正鎮護只能藉助大乘菩薩僧之力。
按照他的看法，南都戒壇授受的具足戒（請3師7證，投250戒）是小乘佛教之戒，真正的大乘佛教不應接受這種戒律，而應根據梵綱經的論說，在佛菩薩前起誓，接受由10善戒、48輕戒構成的菩薩戒。天台的學生應不入僧籍，用自己的衣食；受戒之後在比叡山修行12年，然後根據自己的能力承擔護國之任務。對於最澄的上表，嵯峨天皇諮詢僧綱。弘仁十年（819年），僧正護命代表僧綱上表予以反對。對此，最澄於翌年撰寫了《顯戒論》稟呈朝廷，對僧綱的主張進行反駁，並再次要求恩準設立戒壇。
弘仁十三年（822年），最澄圓寂。其弟子光定等奔走籲求，在最澄圓寂7天後獲得嵯峨天皇設立戒壇的敕許。翌年以後，每年三月桓武天皇忌日，天台宗均在比山迎接敕使舉行得度、受戒儀式。弘仁十四年（823年），比叡山寺獲賜延曆寺之號。
天長元年（824年），義真被任命為初代天台座主，且不由僧綱統攝。天台教團終於獲得了獨立。貞觀八年（866年），最澄獲傳教大師諡號。中國臨海龍興寺則作為日本天台宗祖庭，為歷代日本天台宗僧人和信徒所景仰。