《奧格斯堡宗教和約》所帶來的宗教和平標誌著新教的最終勝利，也標誌著在神聖羅馬帝國的天主教徒和新教徒將會長期和平共處。然而這段和平時期只是一種不祥的平靜，隨後整個帝國便烏雲密布，一場暴風雨帶著可怕的暴怒席捲了整個國家。
在神聖羅馬帝國爆發三十年戰爭之前，宗教仇恨在歐洲其他地區已經引發了一些衝突。雖然這些戰爭的性質和結果都大不相同，但宗教不容異己的因素是所有這些戰爭共同的主要原因。
法國胡格諾戰爭——約翰·加爾文的追隨者在法國被稱為"胡格諾派"。胡格諾派的成員大多數都來自社會上層，這種情況與他們早期努力爭取貴族更多政治獨立的宗教信仰有關。
法國國王弗朗索瓦一世在火刑柱上燒死了許多異教徒，他的繼任者亨利二世也是一位虔誠的天主教徒，每當他從外國的戰爭中得到喘息的機會時，他就繼續迫害胡格諾派教徒。
1559年，亨利二世因傷身亡，他的三個兒子相繼繼承了法國王位，但是他們三人都是孱弱無力的統治者。天主教和新教的政黨為了各自在政府中的影響力而爭鬥不休。
天主教一派由法國大貴族吉斯家族領導，而新教派最有才幹的領導者是海軍上將德·科利尼。在這兩個派系中間，亨利二世的遺孀凱薩琳·德·美第奇更傾向於天主教一方——她是一位義大利公主。她總是牢牢地控制著自己兒子們的思想，有時也會對王室的政策進行實際的控制。
由於個人野心的膨脹，頗有政治手腕的凱薩琳完全沒有一點兒道德顧慮，她將敵對的政黨作為實現自己個人目的的工具。這場痛苦的內戰所帶來的最可怕的暴行很大程度上都是拜她的陰謀詭計所賜，因此凱薩琳堪稱這個國家的邪惡天才。
公開的戰爭始於1562年。經過8年戰爭，胡格諾派獲得了一些有限的宗教自由。西班牙天主教國王宏偉的計劃大大提升了胡格諾派的地位。這位君主決心粉碎新教，並推翻英國新教女王伊莉莎白一世。
由於擔心西班牙國王腓力二世的成功會使他的權力變得太大，甚至整個法國都會被他掌控，所以法國國王查理九世傾向於和新教政黨結成一個一般性同盟來共同對抗西班牙。於是海軍上將德·科利尼成為查理九世信賴的顧問，胡格諾派也感到歡欣鼓舞。
而吉斯家族和查理九世的母親凱薩琳則倍感絕望。對他們來說，大規模的暗殺似乎是拯救他們事業的唯一辦法。他們秘密策劃了一場陰謀，幾乎所有在巴黎的胡格諾派成員一夜之間全部被謀殺了，他們之中的很多人在睡夢中死於刀下。
這場血腥的罪行被稱為"聖巴託洛繆大屠殺（1572年）"。隨後殘忍的暴行蔓延到了法國各省，成千上萬的新教徒遭到屠殺。
儘管後來母親凱薩琳·德·美第奇試圖說服查理九世這場屠殺對公眾來說也不失是一種善舉，但是他心中仍然充滿了痛苦的懊悔。天主教會兩位最重要的保護者的態度表明，在當時的宗教仇恨中，耶穌基督的溫和教義已經被完全遺忘了。
腓力二世寫了一封信祝賀查理九世，他甚至因為自己無法做到這樣一件對天主教會有益的事情而感到嫉妒。羅馬教皇還為這場大屠殺舉行了特別的宗教感恩儀式。
這場鬥爭一直持續到1598年，強大而才能出眾的國王亨利四世籤署了《南特敕令》，使這場鬥爭暫時告一段落。按照《南特敕令》，胡格諾派獲得了平等的政治權利和有限的信仰自由。
後來一些君主對胡格諾派採取的鎮壓措施與其說是出於宗教動機，不如說是出於政治目的。關於這一點接下來會做出陳述。
腓力二世——歐洲最有權力的統治者查理五世去世之後，他的兒子腓力二世成為西班牙、尼德蘭、義大利南部和其他一些國家的世襲統治者。他主要做的事情就是傳播天主教信仰和剷除異端邪說。腓力二世天性陰鬱殘暴。
他的教育是由一位僧侶完成的，僧侶和牧師是他一生中最親密的夥伴。在西班牙都城馬德裡外面，腓力二世建造了一座巨大的修道院風格的宮殿，這就是著名的埃斯科裡亞爾修道院。他最喜歡的住所是埃斯科裡亞爾修道院裡的一個陰暗的小房間，就在那個黑暗的地方統治著他那個時代最輝煌的王國。
腓力二世極力反對新教。來自美洲的金銀、那些偉大將軍們的天才、宗教裁判所的服務以及被僱傭的刺客，這些都曾被他用在對付法國、英國以及尼德蘭的異教徒身上。但他所有的偏執努力都未能使歐洲重返中世紀。自由的精神勝利了，而腓力二世卻毀了西班牙政府，於是他的國家迅速垮臺。
腓力二世與信奉新教的英格蘭——腓力二世娶了英格蘭天主教女王瑪麗·都鐸，她是亨利八世和他的西班牙妻子凱薩琳所生的女兒。瑪麗死後，亨利八世和安妮·博林所生的女兒伊莉莎白繼承了王位。腓力二世曾希望蘇格蘭天主教女王瑪麗·斯圖亞特能成為英格蘭女王。
當瑪麗·斯圖亞特密謀推翻伊莉莎白失敗而反被處死之後，腓力二世對英格蘭落入新教徒的統治所感到的悲痛轉化成了狂怒。他現在決心徵服英格蘭，並消滅伊莉莎白和她的新教徒政府。腓力二世組建了一支龐大的艦隊，並以其不可一世的稱號"無敵艦隊"而聞名。然而在1588年，這支艦隊在英格蘭全軍覆沒。英格蘭水手們在勇氣和海戰上勝過了西班牙人。
英格蘭的戰艦較小但是更快，他們向高大的西班牙戰艦射出了致命的炮彈，並擊沉了很多艘。一場猛烈的暴風雨在蘇格蘭和愛爾蘭海岸摧毀了大部分西班牙倖存的戰艦。從那以後，西班牙再也無力威脅英格蘭。
腓力二世與尼德蘭——新教在腓力二世的領地尼德蘭的傳播是他最憎惡的事情。尼德蘭或稱低地國家，是由這個國家低於海平面而得名。尼德蘭人在北海的淺灘上修建堤壩，並用風車把堤壩內部的海水抽乾，由此獲得了新的肥沃土地。
長期與海洋的鬥爭使他們擁有卓越的膽識，也加快了他們事業的發展。海堤裡原來的海底變成了肥沃的田地和牧場，港口裡擠滿了來往於世界各地港口的商船。沒有其他的歐洲人能夠展示如此眾多的商品，或是像尼德蘭人一樣誇耀自己的財富。
查理五世曾經嚴厲對待尼德蘭的新教徒。當腓力二世即位之後，他更是不惜一切代價決心消滅異端邪說。人們會接受一定程度的宗教迫害，因為在那個年代任何歐洲國家都不能容忍異端邪說。
但是當腓力二世的統治與宗教裁判所結合在一起，成為一種剝奪尼德蘭人民原有權力的高壓統治時，人民便開始公開反抗他。天主教堂被洗劫一空，很多價值連城的藝術珍品都在"搗毀聖像運動"中被毀掉了。
後來腓力二世指派阿爾瓦公爵去統治尼德蘭，這是一位才能出眾但冷酷無情的西班牙將軍。阿爾瓦公爵下令將尼德蘭愛國者中的主要人物全部處死，只有逃亡國外得到庇護的人倖免於難。他還成立了一個特別法庭，判處數千人死刑，並沒收了他們的財產，被人民稱為"血腥法庭"。阿爾瓦公爵的殘酷行為並沒有使天下太平，反而驅使人們開始了有組織的起義反抗。
威廉·奧蘭治（即威廉一世）——起義的領袖是尼德蘭貴族威廉·奧蘭治，亦稱"沉默的威廉"。他少年時代曾在查理五世的宮廷裡接受過天主教信仰的教育，後來管轄過尼德蘭的三個省。他曾帶頭抗議統治者的暴政。在阿爾瓦公爵來到尼德蘭之後，威廉逃往德意志，並公開擁護新教，還召集軍隊去驅逐在尼德蘭的西班牙人。
於是開始了尼德蘭愛國者對強大的西班牙帝國漫長而敵我懸殊的鬥爭。這是歷史上最鼓舞人心的事件之一。腓力二世派遣他最傑出的將軍們，指揮著歐洲最訓練有素的士兵，然而這一切都是徒勞。他們可能會打敗威廉和尼德蘭人民，但他們不可能使威廉和尼德蘭人民屈服。
萊頓圍困—1574年，尼德蘭城市萊頓被西班牙人團團圍住。沒有人可以從這個城鎮逃走，也沒有食物可以送到那些挨餓的居民那裡。
假如萊頓被西班牙人攻陷，那麼尼德蘭人反抗的事業就會化為泡影。當被圍困的人們開始感到絕望時，他們突然看到尼德蘭船隻在戰場上航行，試圖緩解城內的壓力。尼德蘭人掘開了海堤，讓北海的海水如同洪水一般湧了進來。當洪水接近萊頓時，西班牙人匆忙撤退，萊頓得救了。