2000年，奉俊昊憑藉長篇處女作《綁架門口狗》出道。《綁架門口狗》是一部具有荒誕幽默色彩的黑色喜劇，圍繞一隻狗的安危敘述故事，在一連串搞笑場面背後，表達出了對現代生活中人的精神危機的關注。
2003年，奉俊昊拍攝驚悚懸疑片《殺人回憶》，影片取材於真實的連環殺人案，講述了小鎮警察和從漢城調來的蘇警察共同調查一系列連環殺人案的故事。由宋康昊、金相慶和劉勝穆等主演，該片先後獲得了第2屆大韓民國電影獎最佳導演獎，第2屆大韓民國電影獎最佳劇本/編劇獎，第16屆東京電影節亞洲最佳電影獎，第40屆大鐘獎最佳導演獎，第51屆聖巴塞斯蒂安國際電影節新人導演獎和FIPRESCI獎以及釜山電影評論聯合會最...
2006年，奉俊昊創作了整整3年時間的科幻片《漢江怪物》上映。該片以一個傳統韓國家庭面對漢江怪物為題材，由宋康昊、裴鬥娜等主演，獲得第44屆韓國電影大鐘獎最佳導演。
《東京！》是奉俊昊、萊奧·卡拉克斯、米歇爾·岡瑞聯合執導的奇幻喜劇片，由三部短片組成，講述了發生在東京的三個奇妙的故事，蒼井優、香川照之、藤谷文子、加瀨亮等主演。該片於2008年5月在法國上映。
2009年，奉俊昊拍攝驚悚懸疑片《母親》，該片講述了一位平凡的母親為幫助兒子洗脫殺人罪名而孤軍奮戰的故事。《母親》由金惠子、元斌、秦久等主演，該影片獲得獲美國洛杉磯影評人協會獎，獲得62屆坎城一種關注單元大獎提名，並代表韓國角逐第81屆奧斯卡金像獎最佳外語片。
2013年，奉俊昊執導改編自同名漫畫的動作科幻片《雪國列車》，這是他第五部長片，該影片獲得第56屆亞太電影節7項提名。
2014年，奉俊昊首次擔任驚悚片《海霧》的製片。該片由金允石、樸有天、李熙俊等主演，刻畫了走私船上人們的悲劇故事，曾代表韓國角逐第87屆奧斯卡金像獎最佳外語片的作品。
2017年，奉俊昊執導的電影《玉子》入圍第70屆坎城國際電影節主競賽單元。《玉子》由美國Netflix與Plan B娛樂共同製作，講述了帶著秘密出生的巨大生物「玉子」和與它一起在江原道山谷長大的少女美子之間結下真摯友誼並展開奇異徵程的故事，由蒂爾達·斯文頓、傑克·吉倫哈爾等主演。
2019年，奉俊昊自編自導的電影《寄生蟲》獲得第72屆坎城國際電影節主競賽單元金棕櫚獎最佳影片獎。該片是繼2009年《母親》之後，奉俊昊時隔十年重返韓國本土電影創作。