《奇門遁甲》在《易經》的基礎上，以八卦河洛為框架、五行理論為依據、時空規律為法則，為人們提供了一種認識和把握世界萬物規律的宇宙觀和方法論，充分體現了天人合一的思想和自然萬物的全息原理。一、以河洛八卦為框架
根據上古傳說，黃河出現龍圖，洛水出現龜書，聖人依據河圖作八卦，依據「洛書」作九疇（九宮格）。河圖洛書分別是中國古代的天文和地理方位圖。古聖先賢在河圖、洛書、先後天八卦建立了豐富的空間符號。人們將後天八卦與洛書九宮相結合來表示地上九個方位，將先天八卦與河圖相結合建立了立體動態球形空間。
河圖反映的是以地球為中心的宇宙空間結構。河圖中共有五十五個黑白點，表示天地之數（五十五）。其中以白點表示的數（單數）為陽數，代表天；以黑點表示的數（雙數）為陰數，代表地。一陽六陰位於宇宙之北，二陰七陽位於宇宙之南，三陽八陰位於宇宙之東，四陰九陽位於宇宙之西，五陽十陰位於宇宙之中（即人類生活的地球）。洛書為後天宇宙模型。洛書中共有四十五個黑白點，與河圖相同，以白點表示的數（單數）為陽數；以黑點表示的數（雙數）為陰數。陽數為主，位居四正位，表示天氣；陰數為輔，位居四隅，表示地氣；五居中宮，為土之氣，能生萬物，為五行之祖，表示太極。洛書九宮方位與後天八卦相對應如下圖所示。
《奇門遁甲》理論架構體系中的四時八方、節氣推移、九星運轉等都是以八卦、河洛為依據的。古聖先賢通過仰觀天文、俯察地理，發現了宇宙萬物的變換、興衰過程，發現了天地萬物背後的生層次規律，最終根據在八卦、河洛的基礎上建立了一套獨特的《奇門遁甲》時空數理模型。二、以五行理論為依據
五行學說將宇宙萬物劃分為五種基本屬性金、木、水、火、土，並「河圖」中的天地生成之數進行一一對應：「一為水，二為火，三為木，四為金，五為土」。古代先哲用五行功能屬性劃分事物，進而探尋宇宙自然萬物的本源。「河圖」順時針旋轉表示五行相生，即一六水生三八木，三八木生二七火，二七火生五十土，五十土生四九金，四九金生一六水，如此循環往復。四正之數相對表示五行相剋，坎水克離火，兌金克震木。相對應的，「洛書」逆時針旋轉體現了五行相剋之理。一六水克二七火，二七火克四九金，四九金克三八木，三八木克中五土，中五土克一六水。其四正四隅相對，表示五行相生，一與九相對，六與四相對，四九金生一六水；二與八相對，三與七相對，三八木生二七火。
在陰陽五行理論的基礎上，通過洛書九宮建立了包含天盤、地盤、人盤的《奇門遁甲》全息盤。五行理論不僅是《易經》的重要組成部分，同時也是《奇門遁甲》重要的理論基礎。構成奇門遁甲基本框架的河洛八卦通過五行理論才能彰顯其功用。五行理論囊括了《奇門遁甲》的符號系統：奇儀、八門、九宮、九星等。三、以時空規律為法則
在時空規律的基礎上，《奇門遁甲》建立了以天、地、人三盤作為基本框架，在該框架下，奇儀、八門、八神、九宮、九星等隨著時空的變化而變化。因此，《奇門遁甲》將時間概念與空間方位緊密地聯繫起來，總體性的包羅了宇宙萬象的變化規律。
就時間而言，陰陽兩極代表晝夜交替，子時陰極而陽生，午時陽極而陰生；一年之中四季交替，冬至一陽生，夏至一陰生。就空間而言，陰極主北方,陽極主南方，陰極與陽極之間為東、西方，加上東北、東南、西北、西南並稱八方，八方與八卦相合，八卦與二十四節氣中的冬至、立春、春分、立夏、夏至、立秋、秋分、立冬八節氣相對應，並分別對應於坎、艮、震、巽、離、坤、兌、乾八卦。太極、兩儀、四象、八卦之間的運動變化，相互蘊含，充分體現了宇宙時空規律的統一性。《奇門遁甲》理論體系中，陰陽遁局、九星運轉、八門分布等都與時空規律（四時、八方、二十四時等）相輔相成。