「養氣」指養育先天的元陽真氣。（悟真篇》說：、二物會時性情合，五行全處虎龍蟋。本因戊已為媒聘，遂使夫妻鎮合歡。」其所指就是養氣的功夫。「二物會時」指意守丹田達到一定火候時，元神與元精會合。故養氣的具體功法，實為意守丹田。
《俗真篇》說：「要知產藥川源處，只在西南是本鄉。」其中「西本鄉」指下腹部下丹田之處。故意守應在下丹田，而非上丹田或中丹田。真氣究竟向何處採取並歸何處呢？南派第四代傳人陳楠贈給其弟子鞠九思《水調歌頭》詞中隱喻說：「一些珠露，阿誰運到稻花頭？便向此時採取，宛如碧蓮含蕊，滿破玉池秋。」其中的密意是：真氣（珠露）運至男性外生殖器龜頭，喻為運到稻花頭」。此時真氣細微嬌嫩，如碧蓮含蕊。趁此時採得真陽之氣，引起身心變化，打破了陰靜狀態「玉地秋」《悟真篇》說：「送歸土釜牢封閉，次人流珠廝配當。」其中「土釜」指下丹田，說明真氣發動時，用意引歸下丹田。
「採氣」就是指真氣發動時，稱為活於時到來，及時用意採取，送到下丹田，不便走漏。《俗真篇》說：「鉛遇癸生須急採．金逢望後不堪嘗。」其中「癸生」指後天腎精發動意即性衝動，因先天無形無質的元精，藏於有形有質的腎精之中。在性衝動達到一定程度，元精即會化為腎精，故須趁元精將化未化為腎精時，進行「急採」。否則，過時「金逢望後」元精已化為腎精，就無法採到即不堪嘗。
「鍊氣」指其氣運行於督脈、任脈，所謂三百次小周天以煉外藥與內藥（指不同層次的真氣）及七日靜定煉大藥（抬高層次真氣）。分述如下。
一、經過養、採達到一定火候，積蓄在下丹田的真氣，氣機發動，以逆呼吸作所謂「橐龠運動」。由「巽風」配合，沿督脈扶搖而上，進行小周天運轉（又稱「轉**」）。《悟真篇》說：「妙在周天運用」，「河車不敢暫留停，運入崑崙峰頂」。石杏林（南派第二代傳人）在《還源篇》中說：「一孔三關竅，三關要路頭。忽然輕運動，神水自周流。」陳構的《紫庭經》說：「採之煉之未片刻，一氣渺渺通三關「以上都說明其氣作小周天運轉時的景象和有關問題。
二、經過約三百次小周天運轉，元精已轉化為真氣，不再向後天腎精轉化。陳楠之《金丹詩訣）說：「但守火爻三百刻產成一顆夜明珠。」此時，全身陽氣充盈，「馬陰藏相」，淫根已斷，不再有兩性之欲，就必須及時停止周天運轉。《悟真篇》說：「未煉還丹須速煉，煉了還須知止足。若也持盈未已心，不免一朝遭殆辱。」「知止足」是指停輪止火。小周天運行，每次所採煉的真氣，稱為外藥。經過約三百次周天運行，元神與外藥會合於下丹田，形成質量高一級的其氣，稱為內藥。內藥繼續在下丹田與元神會會凝結，形成質量又高一級的其氣，稱為大藥或丹母。產大藥之時稱為正子時。產大藥時的景象是：下丹田如火熾熱，兩腎如熱湯煎熬眼吐金光，耳後如風響，腦後如騖鳴，身湧鼻搐。然後再經過約 7日的靜坐功夫（稱為坐關），廊煉成更高一級的真氣稱為聖胎，或名嬰兒。《悟真篇》說：「三家相見結嬰兒。嬰兒是一含真氣，十月胎圓入聖基。」就是指煉精化氣功夫最後的結果。這階段功法，自古有不少專門術語，現略舉數條：
一、爐鼎與黃道：鼎指腦海泥九宮，」爐指下腹部下丹田。黃道一詞，素有爭議。《悟真篇》說：「既驅二物歸黃道，爭得金丹不解生。」清代大功家、道家學者閔一艮認為在督脈（稱黑道）與任脈（赤道）之間有一脈從下丹田直通腦海泥九，名為黃道。並認為練功者先通任督，然後自然激發黃道一通，則真氣更加升降活潑，上下暢通，進入到某種新境界。如真氣不經督任的周天運轉，用意引其直通黃道，則易於出偏，名為「闖黃」或「鬧黃」，其流弊甚大，因而，閔氏以「黃中直透法」流傳於世。
二、活子時到來採取真氣的口訣，在南派丹書中未有記載，但稍後丹書有「吸、抵、撮、閉」四字口快或類似的六字四塊以及口傳的「橐龠運動」等，其具體方法，均須口傳面授，不見於文字。
三、卯酉沐浴：卯酉在小周天階段指位置，非指時間，人身前臍後腎處稱卯酉。沐浴在小周天時指休息，大周天時指排除雜念，防止心神外馳。小周天運轉中，真氣至督脈腎處（上行）或任脈臍處（下行），應適當作息一下，名為卯酉沐浴。《金丹四百字》說；「火候不用時，冬至不在於。及其沐浴法，卯酉成虛比。」說明「火候」、「冬至」、「沐浴」、「卯酉」等都是一種比喻之詞。
四、火候：「火」指元神或心意。「火候」指練功過程中真氣的變化、運行，如何用意念與呼吸調節和掌握其尺度，做到無過不及，恰到好處。例如氣息綿綿，意念強烈者稱為武火，多用於採封及運行督脈之時；氣息與意念，若有若無者稱為文火，多用於溫養與循行任脈之時。《悟其篇》說：「契論經歌講至具，不將火候著於文。」古人不公開講述火候約有兩個原因：①火候實際是功法中的具體細節、竅門，在習練時，出現的景象和問題，往往因人而異，放火候只能針對實際情況，師徒四傳心授；②為了保密，不輕易傳給外人煉情化氣階段，一向被認為是最關鍵部分。能否像成的客觀標準，南派丹書中雖未明言，但後世學者總結約有以下五點：
第一，馬陰藏相，即淫根已斷，外生殖器內縮，而非由於疾病或衰老原因。
第二，寒暑一季，即不怕嚴冬寒冷或夏暑炎熱，把冬夏看成一樣。
第三，發白復黑，齒落復生。
第四，能少食少臥。所謂氣滿不思食，神旺不思睡。
第五，陽光三現，即頭部與胸腹前，因丹田之氣充盈，在靜坐中出現閃光，稱為陽光。認為出現閃光2次，即須停止周天運行。但陳攖寧認為「陽光三現」出自明末伍衝虛所著丹經，是他個人練功中的感覺，非一般規律。