朱元璋對待功臣的手段比起劉邦，可謂有過之而無不及。如果說劉邦是精準打擊，那朱元璋就是全方位、立體式的掃蕩。
通過製造「胡惟庸案」，朱元璋解決了皇權與相權的矛盾，但皇權與君權的矛盾依舊存在，許多軍事將領仍然在各地手握重兵。於是，收回兵權成了朱家的頭等大事。朱元璋分封各地的皇子，很重要的目的就是為了制衡這些將領；頒布各種軍法，如《大誥武臣》，對武將的行為進行約束。但是，開國武將違紀亂法的現象依舊不斷發生，如會寧侯張溫「居室器用僭上」，而表現最為惡劣的要屬涼國公藍玉。
藍玉是定遠人，娶了常遇春的姐姐。他天生高大威猛，面頰紅紫。投奔朱元璋後，因屢立戰功以及常遇春的推舉，藍玉職位也越來越高。這個時候，藍玉開始飄了，人性中的弱點開始暴露，逐漸迷失自我。
洪武二十一年七月，藍玉爆發一件「醜聞」。原來，捕魚兒海之戰明軍俘虜了元朝妃嬪，藍玉看人家國色天香，忍不住將其佔有，這就與朱元璋的策略不一致了。朱元璋一向善待元朝俘虜，就是為了籠絡人心，以達到「不戰而屈人之兵」。藍玉的行為，讓明朝顏面盡失。朱元璋得知後，派使者將其大罵一頓。
八月，藍玉凱旋迴京，朱元璋當面訓斥。一開始，朱元璋本來要封藍玉為梁國公，但就因此事，最終封為涼國公。一字之差，卻意味深長。梁國是中原富地，而涼國則是邊塞荒涼地段，封號的變動明顯帶有不滿。此外，在發給藍玉的丹書鐵券上，還刻了他的「黑歷史」，朱元璋的用意很清楚：你藍玉功勞雖然很大，但過錯也不小，我給你都記著呢。
但是，藍玉似乎並沒有將朱元璋的提醒放在心裡，依舊我行我素，《明太祖實錄》用「專恣暴橫」形容藍玉。他私下收養幾千奴僕和乾兒子，此舉就屬於圖謀不軌；欺壓黎民百姓，強佔民田，人家告狀卻被他強硬壓制；強獲得戰利品，本應充公，結果被他據為己有。
在日常吃喝玩樂上，藍玉也多有僭越之舉：他的帳篷以金龍為裝飾，喝酒的杯子甚至比皇帝還珍貴。洪武年間，朝廷對於禮儀制度有嚴格的規定，文臣武將的衣食住行都有相應的等級，許多開國功臣就是因為僭越被賜死。明朝末年的學者李贄就曾指出，藍玉對元妃下手以及侵佔民田就已經是死罪了。
此外，藍玉還曾違法經商。他家房屋、傭人都成百上千，又在自家院子建造酒店商鋪，然後利用其權力強行與民交易；安排親信到雲南，佔用鹽引，並倚仗權力兌支食鹽。以兌支鹽引吸引商人到北方運糧一直是洪武年間的重要經濟舉措，藍玉這是公開破壞朝廷的章法，影響惡劣。朱元璋對這類事情一向是零容忍，即便自己的女婿走私茶葉，也被其賜死。
朱元璋對藍玉，真的是一忍再忍，而藍玉卻不知悔改。其實，多年前的「胡惟庸案」，藍玉就是參與者。如果不是看在他有價值，以及帶點親戚關係，早就會將其除掉。
洪武二十五年，藍玉出徵前，帶著十幾人跟朱元璋告別。朱元璋要單獨談話，命令藍玉的部下先走，結果沒人響應。藍玉大手一揮，他們趕緊撤走。將士只聽藍玉的軍令，不聽皇令，朱元璋能不猜忌？到了邊疆，藍玉完全不顧朱元璋懷柔四海的用意，拼命地用兵，最後軍心渙散，不得不停止行動。將軍擅自用兵，犯了帝王的忌諱。
這年九月，皇太子朱標去世。這位被寄予厚望的繼位人英年早逝，讓朱元璋悲痛不已，幾近奔潰。無奈之下，朱元璋只好立朱允炆為皇太孫。此時的朱允炆，只是小年輕，也沒經過大風大浪。朱元璋看這個孫子性格軟弱，擔心他將來無法駕馭這群開國將領。
這個時候，朱棣又跑到南京祭奠朱標。藍玉曾在朱標面前，多次說過朱棣的壞話，因此，朱棣恨透了藍玉，剛到南京，就到處散布各種不利於藍玉的消息，說他有尾大不掉之勢，說他有謀反的嫌疑。朱元璋聽到這些流言蜚語後，更加忌憚這些開國將領。
到了年底，藍玉剛剛打完勝仗，又要求繼續徵戰，其目的就是為了通過戰功，謀得一個太子太師的職位。朱元璋不僅沒有批准，反而命令他班師回朝。藍玉悶悶不樂地回朝，聯想到自己與胡惟庸有過勾搭，再回顧這些年很多功臣的悲慘下場，越想心裡越害怕，擔心秋後算帳。
於是，藍玉心裡一橫，趁著現在還有實力，手中握有兵權，準備反了老朱家。他到處打探消息，聯絡舊部，一起謀劃造反之事。但是，道高一尺魔高一丈，他的那點事，朱元璋通過錦衣衛，看的清清楚楚。
洪武二十六年二月初八，藍玉帶著「謀反方案」，剛剛入朝就被捉拿，第二天就被錦衣衛審查，第三天就被朱元璋所殺。整個過程，迅速而殘忍，一代名將就此隕落。
秋媚說：朱元璋殺藍玉，一是他胡作非為，咎由自取；二是自己身體不行了，擔心孫子朱允炆鎮不住。手段之殘忍，主要是因為藍玉恩將仇報，朱元璋多次忍讓，他卻想反咬一口，只好拿他下手，以提醒其他人。