1368年，享國運不足百年的元朝被朱元璋領導的起義推翻了，末代皇帝元順帝孛兒只斤·妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是帶著他的三宮六院、王子皇孫和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原。
元順帝是元朝皇帝中少有的接觸漢文化較深的一個，大都陷落倉皇北歸的打擊，對於他來說是極大的，雖然依然還是蒙古各部的大汗，但也不能排解他「去國懷鄉」的憂愁。身居北元的元順帝不甘心失敗，仍然企圖重新入主中原，於是不斷組織力量反攻。
此時元順帝依靠的力量主要有三支：1、元河南王擴廓帖木兒(又名王保保)率領十餘萬軍隊，佔據山西、甘肅方面。2、北元丞相納哈出擁二十餘萬眾據守遼東。3、元梁王管轄之下的雲南還有十餘萬軍隊，策應北元皇帝的軍事行動。
1368年冬，惠宗命擴廓帖木兒從山西出兵奪回大都。軍行途中，明朝將領徐達乘虛襲擊他的後方太原。擴廓帖木兒回師救援，正中計謀，被明軍襲破大營。折兵四萬，僅率十八騎逃入甘肅，山西地區自此被明王朝佔據。
1369年春夏，北元遠相也速幾次進攻通州(今北京通縣)，但都被明軍擊退。明軍乘勢北進。惠宗從上都退往應昌(今內蒙古克什克騰旗達裡諾爾西岸)，宗王慶生、平章鼎住被明軍追及擒殺，一萬將士被俘。上都陷落。
1370年四月，駐守在沈兒峪口(今甘肅定西縣北)的擴廓帖木兒與徐達率領的明軍激戰。擴廓帖木兒大敗，僅與妻子和少數隨從北渡黃河，跑到漠北和林，八萬六千多官兵全部被俘。自此，陝西、甘肅等地區也被明朝佔據。
1370年五月元惠宗因痢疾剛剛去世，明朝大軍隨之而來，展開應昌圍城戰。一日而下，惠宗之孫買的裡八刺及后妃、諸王、官吏等多人被俘，而後被押解京師。惠宗之子愛猷識裡達臘(北元昭宗)率數十騎逃往和林，與擴廓帖木兒會合。
一年多的時間裡三次捲土重來，三次大敗，元順帝也因病在悲憤和鬱悶中死於沙拉木倫河畔的應昌。而剛剛繼位的北元昭宗，卻還在繼續厲兵秣馬，幻想著有朝一日重登中國皇位。可是，他沒有機會實現這一願望了，此時的明朝正打算宜將剩勇追窮寇，徹底打垮北元的勢力，以絕後患。
1372年，明朝大將徐達率軍攻向哈拉和林，這是蒙古黃金家族的大本營，是權力和榮耀的象徵，一旦被明軍攻破，蒙古帝國將徹底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被譽為「萬裡長城」的徐達一路上勢如破竹，愛猷識裡達臘幾乎到了絕望地邊緣。
不過，明朝的大軍由於戰線過長，後援不繼，受阻於土拉河畔。明朝在短時期內再沒有能力深入北方草原作戰，北元則爭取到了喘息時間，雙方在邊境地區不斷發生拉鋸式的衝突，雙方各有輸贏。1375年，擴廓帖木兒(王保保)死於漠北，使北元軍隊失去了一位能徵慣戰的驍將。這一年納哈出進攻明朝遼東州城，屢被擊敗。
愛猷識裡達臘的殘元政權維持了八年。1378年，愛猷識裡達臘懷著滿腔遺憾去世，其子脫古思帖木兒繼位，這位第三任殘元皇帝所能控制的領土已經縮小到蒙古帝國最初興起時的規模，恢復祖上的榮光更顯得毫無可能了。
1380年，北元國公脫火赤等經常進擾明邊，在亦集乃遭徵討被俘。次年，北元平章乃兒不花在邊境地區被徐達擊敗。1381年，據守雲南的元軍遭到明朝大軍的徵討。白石江(今雲南曲靖縣東北)一戰，十餘萬北元大軍潰敗，被俘者二萬有餘。梁王匝剌瓦爾密見大勢已去，帶著妻、子一同投滇池自殺。與漠北蒙古貴族逐相呼應的這支力量被消滅了。
1388年，一支10萬人的明朝軍隊在大將藍玉的率領下在合勒卡河和克魯倫河之間、貝爾湖南岸大敗脫古思的軍隊，殘元諸王、平章以下官員三千多人級軍士七萬餘人被俘，脫木思帖木兒逃走後被其部將縊殺。這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的殘元政權喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以至於大多數蒙古部落宣布脫離它而自立。
1399年，分布在葉尼塞河上遊沿岸的乞兒吉斯部首領鬼力赤，否認了最後一任殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1399年將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。1402年，殺坤帖木兒汗，自己被擁立為汗，去元國號，改稱韃靼。
此後，蒙古內部紛紛自立為汗，相互廝殺，這種情況一直延續到1635年，多爾袞與嶽託等領兵萬人渡河，招降林丹汗部眾於額哲，林丹汗的妻子和兒子歸降，交出可汗印信，整個漠南蒙古完全納入了後金帝國的版圖，蒙古帝國的汗位至此斷絕，而蒙古帝國，也永遠地消失了。
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