我們從小就被教育和告知科學的重要性，科學與理性精神被過分地、無限地拔高（這在沒有宗教信仰的國家尤甚）。在影片的劇情段落裡，蘇聯的科學家們聚在一起開始討論索拉利斯星上面的索拉利斯之謎。我們可以發現幾個細節：飛行員在敘述索拉利斯上面的災難時是怯懦的、科學家們對他的話是不屑的、鄙夷的。正是因為索拉利斯星上的事情是超科學的、不可被現世的理性把握的。因此科學家們一致認為飛行員精神出了問題。
到今天的時代，科學甚至使星際航行變成了現實。但是，這並不能補償人類自尊心的根本損失。宇宙的無限廣闊和人類棲居地的極其狹小，這一空間上的強烈對比無情地嘲弄了人類充當宇宙目的的自負心理。電影改編的小說原作者萊姆曾經說過一段非常有意思的話，他說：我們真的想徵服宇宙嗎，我們真的想認知宇宙嗎，不是，我們不過想把地球的邊緣推到宇宙的盡頭。另外一種類似的表達是：我們真的在尋找地球外生命嗎，我們真的在尋找外星人嗎，沒有！我們只不過是在浩渺的宇宙當中尋找人，尋找我們自己，宇宙世界是我們的一面鏡子，我們最終在其中照見了自己。
關於天體、地質、生物進化的理論則進一步從時間上顯示了人類棲居的太陽系、地球以及人類本身的暫時性，相當有把握地預言了人類的末日。現在，不但個人的生存，而且整個人類的生存，都失去了終極的意義，而只具有暫時的價值。人類通過科學增添自己的塵世福利，為此付出的沉重代價卻是喪失了對於永恆福樂的信念。與之相比，索拉利斯所代表的永恒生成變化的宇宙壯觀畫面對人類感情來說卻是過於殘酷了。 科學的泥足深陷帶來的是形上學體系的全面潰退。男主人公到達索拉裡斯星的時候，發現各種各樣的奇異之事。最典型的就是「客人」這種形態，它們竟然來自於每一個人的意識！這對於我們穩定的、唯物主義的哲學體系像是一顆重磅炸彈。
在電影當中，劇情設置的一個重要的環節就是當主人公進入了索拉利斯星，發現了他死去的同伴，發現了倖存者，但是倖存者之間無法交談，倖存者之間拒絕相互傳遞信息，傾訴內心，或者分享他們所遭遇的巨大的荒謬和恐怖，原因在於他們都是科學家，科學家的身份和科學家的知識框架及其知識儲備決定了他們的職業是探究，是獲知，是闡釋，而他們自己在索拉利斯星上所親身經歷的一切都是無法被闡釋的，是不能用語言去組織的，不能進入到理性主義的邏輯和順序當中的。他們如果承認自己身歷心歷的現實也就是承認自己已經置身於瘋狂，所以所有的他們在索拉利斯星上的經驗都被放置到了語言之外，以致沒有任何的交流，沒有任何有效的報告，這也構成了原作小說和電影當中的索拉利斯之謎。在這種程度上，塔可夫斯基讓科學與理性「失語」。 當男主角的亡妻出現時，情況有了完全的轉變。
男主亡妻第一次出現，男主持有一種抵抗的態度，果斷地訣別她。原因大概是男主也是科學家的身份讓他還沒有放下科學性的戒備，再者就是理性告訴他這是虛擬的，情感是被理性強力壓制的。而亡妻再次到來時發生反轉，男主決定接受她，於是他給妻子放映了他們自己的家庭錄像，這個時候屏幕裡和屏幕外的世界都是彩色的，形成的表述是主人公放棄了區分的努力，放棄了無效的掙扎，接受了存在於我們認知和理解之外的世界。在與妻子的實體重新相處的時間裡，樸實的、本源的情感浸潤了兩個人。妻子雖然作為「客人」，但在看到描繪世俗生活的畫面後產生了自我質疑的強烈感情。在深厚的、發源於內心的感情中，妻子得以成為一個真正的人。
文藝復興以來，科學在與宗教的衝突中節節勝利，給世界帶來空前的物質繁榮。這種情況曾經在短時間內造成一種樂觀主義氣氛，使人們普遍相信科學萬能，人類憑藉自身固有的理性能力可以徵服自然，求得永恆福樂，而這種福樂是宗教曾經許諾實際上卻無法兌現的。因此，上帝之死所留下的巨大空白一時未被人們感覺到。然而，正如尼採所指出的，科學有其自身的界限。這種界限集中表現在，科學一方面摧毀了傳統的最高價值，另一方面它本身卻又不能充當或重建新的最高價值。正是在這個意義上，產生了現代自然科學的虛無主義結果。
因此，大多數人都在信仰與無信仰的虛無主義狀態：對於實際存在的世界，他判斷說，它不應當存在，而對於應當存在的世界，又判斷說，他實際上不存在。而我們必須在這之間做出選擇。 影片的結尾，在父親的木屋的空間當中，主人公走近木屋透過窗子向內凝視，我們看到主人公飽含情感地望向父親的目光，以聖徒懺悔式的擁抱著父親，形成一幅極具宗教意味的畫面。畫面大幅地升拉開去，圍繞著索拉利斯的雲海再次出現，導演告訴我們，這是一座新生成的「島」，也是男主角最終內心的選擇。我認為這也是，至少是導演的一種選擇傾向，回歸一種終極價值，這種價值以一種耶穌式的對萬物飽含熱情的博愛為特徵。這是一種與尼採式對上帝與形上學完全摒棄的決絕所不同的。
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