《六祖壇經》的體例，主要有兩個部分：第一部分是紀傳體，講歷史經過；後面的一部分是他與弟子間的問答對話的語錄。
像《六祖壇經》這樣的書，肯定不是六祖大師本人自己寫下來的，而是他在說的時候，當時有人作筆記。不像今天這樣，我在這裡講說，底下有人錄音。如果當時有錄音的話，我想《六祖壇經》可能有一百多個這麼厚。他說的話肯定很多，不可能只有這麼兩萬字，二十萬字也不止，起碼有兩百萬字，所以是非常可惜，當時未能把六祖大師全部的思想都記錄下來。雖然這樣，它的內容依然是非常地豐富。是誰集錄的呢？門人釋法海集錄。
這位法海，不是「水漫金山寺」中的法海，那位法海是晚唐時期的人。這位法海是廣東曲江人，就是六祖在曹溪南華寺附近的一位弟子。
這個《壇經》的本子，是由他作的記錄。因為只可能由一位廣東人來記，為什麼呢？假使一個湖北人就不行，他聽不懂。
關於《六祖壇經》的版本，一直有很多爭論。我們現在用的本子叫「流通本」，它是在佛教界流通較廣泛的本子；社會上還有一種本子，能夠買到的，叫做「敦煌本」。它是從敦煌石窟中發現的《六祖壇經》的殘本，有人稱它為「古本」。
在五代末、北宋初，敦煌地區發生了重大的政治變動當時還沒有印刷術，只能是根據文字較多的本子，從自己的需要出發，摘錄出一個本子，作為個人讀誦之用，並非全部地抄寫。應該說這個本子是一個摘要本，這個本子比我們現在講經用的本子大概要少一半，只有九千多字。當時伊斯蘭東侵，進入敦煌工區。當時敦煌地區是內地佛教文化的發源地，是佛教文化的重鎮，那裡被稱為西域各國，即現在的新疆地區。但自從伊斯蘭侵入之後，強迫所有的佛教徒改變信仰，把那裡的佛教全部地摧殘了，所有的寺廟都被燒掉，所有的經書被焚毀。唯獨只有幾個有心人，在兵慌馬亂倉皇之際，把各個寺院抄寫的經書，亂七八糟地堆在一個石窟裡。由於那裡的氣候乾燥，經過幾百年也沒有爛。堆好之後，用磚頭封住，糊上泥，再在外面畫上一幅畫，就這樣保存了很大的一部分佛經。這其中，就有一兩本《六祖壇經》的抄本。
一直到本世紀光緒十年至二十年間，有一個老道發現了這個藏經洞。他是怎麼發現的呢？他經常坐在那個地方抽旱菸，抽完之後，就把菸袋在牆壁上磕兩下。他天天磕、天天磕，今天在這裡磕兩下，明天在那裡磕兩下。有一天，他就發生了懷疑，因為在某一個地方磕，響聲是實在的，在另一個地方磕，響聲是虛的——裡面有個洞，響聲就是虛的。所以他就產生了懷疑，是不是裡面有個洞呢？時間久了，他不放心，決定把它打開看一下。有一天晚上，他就從旁邊拆下一塊磚，果然裡面有東西。他點上蠟燭一照，嚇了一大跳!裡面竟然有那麼多的經書，一卷捲地堆滿了一洞。他一下子大喜過望：裡面竟然有這麼多的寶貝!因為在當時，已經有一些西方人在那裡探險，搜羅中國的文物、寶貝。這個老道發現這個洞以後，很快就與當地的縣官說了，並且從其中偷了幾卷出來送給縣官。那個縣官一看到，感到這可了不得，這些都是一千年以上的寫經!他就不斷地找老道來要，要到之後，就賣給那些西方人。為什麼敦煌石窟中的東西會流失到大英帝國博物館、蘇聯的博物館、法國的博物館、日本的博物館？就是因為當時有好幾個國家的探險隊在那裡搜羅。這個縣官，今天賣一點，明天賣一點，賣到的錢用來抽大煙。後來這個老道也懂得了，這些東西可以拿去賣錢。他也就拿去賣，並且把那個外國佬帶到那裡，讓他自己去挑。這樣，好東西外國人都挑走了。後來，清朝政府知道了這件事，就趕緊下命令，把藏經洞裡面所有的東西，用幾個麻袋裝好，一起運回北京。當時是用馬車拉的，一邊走一邊掉，拉回到北京就沒有了多少，全都是殘缺不全的。這真是一場文化劫難！現在不是有一個敦煌學嗎？
敦煌學就是在這藏經洞發現以後，為了研究那裡邊所收藏的中國典籍——以佛經為主的一門學問。
在這一份文化寶藏中， 不僅有佛經，四書五經都有，並有許多是在中國已經失傳的東西。比如民間說唱一類的俗文學也很多。《六祖壇經》也在這個洞裡面藏有兩本，是兩個卷子，紙摺疊起來的，很長，但是是殘本。現在的許多人，就認為那個本子是最真實的，因為它在那個洞裡藏了八九百年。但是他們並不知道，那是一個文化非常落後的地方，人們為了自己的應用，才有這樣一個節略本，恰好被收藏在那裡了。如果用那樣的一個節略本，來否定現在這個內容詳細的本子，沒有理由。
為什麼說沒有理由呢？因為六祖說法在曹溪，而六祖的衣缽(他吃飯的缽、穿的衣服、皇帝賜給他袈裟)都在曹溪保存下來。那麼，作為他的法語，作為他的語錄，沒有理由不在曹溪保存下來。因此，才有一個本子叫做《曹溪原本六祖壇經》。
現在學術界都否定那是從歷史收藏的角度來考慮的，但是我個人堅決不同意他們的意見。我也曾經寫過幾篇文章，與他們進行過一些辯論。講到《六祖壇經》的版本，日本人曾經印了一個《六祖壇經諸本集成》，把《六祖壇經》所有的版本匯集到一起成為一個本了，裡面一共有十三種版本之多。因為在古代，經本是抄寫的，不免這個和尚抄一次，少兩個字，那個和尚抄一次，又多兩個字，所以才弄得各個本子不統一。一直到宋朝有了木刻版以後，六祖大師的《壇經》才真正穩定下來。我們現在所用的，基本上就是曹溪原本。我認為這個本子最真實、最具體。