1644年3月18日，農民軍兵在李自成的帶領下，兵臨城下。崇禎皇帝召見仨兒子，讓他們換上百姓服裝，在太監們的護送下逃出去，期望日後光復大明。李自成次日進城，崇禎帝在煤山自縊。太子朱慈炯從此下落不明。
清順治、康熙年間自稱為崇禎太子的人不斷出現。號召人民起兵抗清的事在各地也很多，多是百姓因為不滿清朝的統治，借太子的名義抗清。有個別一直鬧到北京的。例如順治元年，一自稱太子的男子找到周奎，周奎上報給朝廷後，朝廷派了多個人來審理，可是真假難辨，最後將之處死。康熙十二年發生三藩之亂的時侯，北京自稱是崇禎三子或自稱崇禎太子的人趁勢響應吳三桂，他們在兩廣招兵應和，之後兩人被捕，送至北京，對質公堂時竟然互不認識，都被處死。
曾經還有過南明弘光假太子的事件。一從北方逃到浙江的男子，自稱太子。南明朝廷派內監將他帶回南京，召集了大臣馬士英等，福王朱由崧對他進行盤問時，他竟然能對答如流，甚至連一些在場的大臣名字也能叫得出來出。原宮中內監是由北京南逃來的，也認為他就是太子朱慈炯。但是，另一些作為太子應該認識的大臣他卻不認識。最後，在酷刑之下，他才招了，他是一位駙馬的侄孫，名叫王元明，是來假冒太子的。因為對宮中的事略知一二，想投機一下，碰碰運氣。當時，南明朝廷的派系鬥爭本來就十分的激烈，一些大臣對這樣的結果極為不滿，左良玉當時是是鎮守長江中遊的將領，他領兵沿江東下，造成了極大的內亂。這樣就加速了南明王朝的滅亡。後來，因為對南明福王政權不滿，百姓堅信此人就是真正的崇禎太子，在清兵南下、未到達南京而福王又逃離的空隙裡，把他擁立為王監國。攻破南京後，清豫王多鐸把擄他到北京，想必為清廷所害，反正從此不知所終。
崇禎太子的下落引起很多人的關注，假太子們的出現破壞了的了剛剛建立起來的秩序，也留給中國歷史的一樁奇案——真太子朱慈炯到底哪裡去了？流傳的說法有幾種。
有人說，太子在李自成掌握之中。
李自成進城之後，太子被太監慄宗周獻給了李自成。李自成讓軍營中交劉宗敏看管他。後來還將太子封為宋王。可有說法稱，吳三桂與清兵聯合作戰敗了李自成，雙方談判時，吳三桂要求「歸還太子」，因此，李自成將太子交給了吳三桂。還有人說，李自成山海關大敗後，晚上放火燒了宮殿和九城門樓，第二天一早，挾崇禎的3個兒子往西撤退，此後無人再知道太子的消息了。
有人說，太子削髮為僧。
說是李士淳帶著太子，逃到廣東東嘉應州陰那山的靈光寺，在那裡太子削髮為僧，並且度過了餘生。
李士淳，明朝翰林院編修，曾做過太子的講官。明亡之後，他被迫與太子同在一處，接受李自成封的官職。劉宗敏在戰鬥中負傷，農民軍節節敗退，李士淳帶著太子逃跑。後來，他的後人李大中公開在《二何先生事略》中承認了其祖先曾救了崇禎太子。太子的一篇詩作被在李士淳所編的《陰那山志》一書中：
誰人伸臂劃虛空，裂碎迷雲千萬重。
掌握明珠山吐月，周天星鬥五輪中。
天畫棋盤星作子，指彈日月照將軍。
不知何處神仙著，花落棋山還耳聞。
詩中隱含的帝王之氣，不像是普通僧人所作。
還有人說，他是被清廷處死的。
太子先被一民間老太收留，在民家藏匿了3個月，之後因為家貧無力收養，太子被送到親屬周奎家。周奎不敢收留他，聽到清廷的搜捕命令，就將太子上交給了刑部，擔心崇禎太子會成為明末遺民的中心，不利於大清社稷的穩定，清統治者下令將明太子處死了。
除此之外，許多種奇怪說法層出不窮不一而足。例如說從吳三桂軍中逃出後，太子先在皇姑寺暫住，後有和太監高起一起，從天津乘海船南下；還有人說太子逃亡時，死在亂軍之中。