令古人聞之色變的南方瘴氣，從字面意思來理解就是中國南方溼熱山林裡因動植物腐敗而產生的能致病的有毒氣體，而實際上的瘴氣不止有毒氣體，還包括各種熱帶和亞熱帶流行疾病。由於古人對熱帶病的了解不夠深入，就認為這些疾病是由看得見的氣體所引起的。
「瘴氣」這一詞彙出現較晚，由「障」字演變而來，最早和疾病聯繫起來是在《淮南子·墬形訓》裡的「障氣多喑，風氣多聾」。隨著越來越多的人口進入嶺南，「障」逐漸向「瘴」字演變。
在中國古代，人口主要分布在黃河和長江中下遊，當時的嶺南地區氣候溼熱，降水豐沛，森林茂密，毒蟲猛獸如雲，被人們視為極危險的化外之地，當時士大夫最害怕的就是被貶到嶺南，很多文人都在詩文裡表達了對瘴氣的恐懼，比如白居易的《送客南遷》中寫道「春畬煙勃勃，秋瘴露冥冥」。韓愈在給唐憲宗的表章中寫道「州南近界，漲海連天，毒霧瘴氛，日夕發作」。李德裕被貶到崖州，作詩感慨「愁衝毒霧逢蛇草，畏落沙蟲避燕泥」。瘴氣甚至成為中國古代詩文當中極重要的意象。
古人對於瘴氣的恐懼是有道理的，當時嶺南地區還未大規模開發，人們對嶺南的地理環境和生物知之甚少，僅僅是水土不服就能把中原人折騰得死去活來，更別說各種各樣的毒蟲猛獸和殺人於無形的熱帶疾病。
現代學者認為，令古人聞之色變的南方瘴氣，實則主要為蚊蟲叮咬所傳播的瘧疾和因水土不服而產生的痢疾。後來「瘴氣」逐漸成為化外之地不明疾病的統稱，比如青藏高原、蔥嶺（帕米爾高原）、蒙古在漢代至清代的史書當中也是瘴氣出沒的地區。而在晚清的文獻當中，南洋（東南亞）、非洲和拉丁美洲也成為「瘴氣」瀰漫之地。
所以，瘴氣不是氣體，而是熱帶疾病。直到今天，熱帶地區仍然是傳染病多發區域，熱帶的空氣溼度大，容易滋生病毒，豐富的物種也會成為病毒的宿主，從而傳播給人類。
那嶺南的瘴氣是如何消失的呢？主要有三點。
一是隨著人口大量南移，嶺南地區被開發，人們對嶺南的了解逐漸深入，原始森林被砍伐殆盡，瘴氣的神秘感也逐漸消失。
二是醫療水平進步，人們認識到致人死亡的主因是疾病，學會了對症下藥。加之人們在南方定居幾代，逐漸適應了南方的氣候。
三是我國氣候變化，熱帶範圍縮小，目前我國熱帶僅存於雲南南部和海南島，而在兩千多年前，我國的長江下遊都是熱帶範圍，最典型的例子就是亞洲象。亞洲象是熱帶物種，在夏商時期甚至連中原地區都有亞洲象分布，後來亞洲象隨著熱帶一路退到了雲南。
古人的認知水平有限，對很多事物無法清楚認識，就比如目前肆虐全球的新冠肺炎，在古代也會被認為是瘴氣導致的。