當寓意詮釋瓦解，文本被字面地理解時，一條詞指稱物、物又指稱其他物的鏈條隨即被斬斷了，物與物之間不再有寓意的聯繫，而成了一堆零散的物。眼下，需要重新組織自然物。此時自然依然具有神學含義，但神學含義不在於物的象徵含義，而在於重新組織自然物的另外兩種可能的出路：一為自然界的數學秩序，一為自然物的設計，或者說自然物之間的分類學關係。前者關乎無生命之物，後者關乎生命界。
笛卡爾先說自然界的數學秩序。一般認為，笛卡爾在《哲學原理》（
Principles of Philosophy）中第一次正式提出了「自然定律」的概念。他說，「上帝在創世時為各個物質部分賦予了各種運動，現在他以同樣的方式和過程維持著所有這些物質」。換言之，運動並非物質固有的屬性，而是神通過它的意志，強加給或者說外在地賦予物質的。這就是「自然定律」的起源或雛形。我們不能想像如果沒有基督教，還會有自然定律的概念。所謂西方從古希臘開始就在尋找自然定律，這是錯誤的。希臘人沒有一神論，也就不可能有這樣的概念，他們談的是自然的和諧，是物與物之間內在的和諧關係，而非外加的秩序。對於基督教，自然界的數學秩序正體現在自然定律上，而認為自然服從神憑藉意志所賦予的任意的定律，有助於激勵對自然運作進行實驗研究。在笛卡爾看來，「既然神在這裡可能制定了無數種不同的位形，只有經驗才能教我們他實際上選擇了哪些位形」，所以數學的自然定律和實驗哲學的興起有著內在關係。伽利略在《試金者》（
The Assayer）裡說的以下這段話是科學史上的名言：
哲學被寫在宇宙這部永遠呈現於我們眼前的大書上，但只有在學會並掌握書寫它的語言和符號之後，我們才能讀懂這本書。這本書是用數學語言寫成的，符號是三角形、圓以及其他幾何圖形，沒有它們的幫助，我們連一個字也讀不懂，沒有它們，我們就只能在黑暗的迷宮中徒勞地摸索。數或者幾何圖形是由神賦予的，並沒有內在的象徵含義。不過數學語言並不是重新組織自然物的唯一方案。
另一種方案認為，自然物的設計體現了神的意圖。這一方案與《聖經》文本有關：如果文本的含義等同於作者的意圖，那麼理解文本的最佳方式，便是去體悟作者設計文本時的構思。自然之書作為文本，其含義便等同於設計自然物的神的意圖。於是，一門新的學科——物理神學
（physico-theology，或曰自然神學）應運而生。作為傳統物理學與神學的交叉學科，物理神學意在調解《聖經》之書和自然之書，試圖提供一種新的理性話語，取代舊的象徵秩序。物理神學家特別喜歡顯微鏡，因為顯微鏡表明，即使是最小的造物也有內在的精細結構，被設計得異常縝密，從中可以體會出神意。
相形之下，望遠鏡似乎為目的論觀點設置了障礙：它讓地球成了一顆不起眼的行星。新的問題是，既然自然物已經失去了象徵含義，天體星辰不再作為聖潔的力量去指引人類，那麼它們的存在是為了什麼？目的何在？這時候便出現了地外生命假說，認為眾天體是作為其他生命的居所而被設計的世界——不管是人死後前往的，還是供未知的生命居住的。通過這種方式，新天文學得以被目的論傳統包容，但這也意味著人類中心主義目的論的終結，人再也不是宇宙的中心了。克卜勒大約在1610年出版了有史以來第一部科幻小說《夢》，圍繞一次月球之旅，小說談及從月球所見的地球情狀；法國科學院秘書豐特奈爾（Fontenelle）在1686年出版了一本名為「關於多重世界的對話」的書，講一個哲學家帶著一位侯爵夫人看星星，在此過程中向後者講述了日心模型，也談論了地外生命的可能性。這些十七世紀的作品裡會出現「科幻」內容，顯然不是因為克卜勒和豐特奈爾的想像力多麼發達——富有想像力的古人從未言及旅居外星——而是與特殊的時代背景密切相關，即自然物象徵含義消失，天體的設計意圖被理解為其他生命之居所。帕斯卡的《思想錄》中有如是名言：「這無限空間的永恆沉默，使我充滿恐懼。」帕斯卡所以恐懼，正是因為無垠的天空不再具有更高的意義，而今，人們面對的僅僅是陌生而冰冷的造物。
《夢》《關於多重世界的對話》寓意世界觀的消亡更直接的證據來自自然志（natural history）著作，後者可以理解為對生物的分類和描述。1625年，著名的自然志家託普塞爾
（Edward Topsell，約1572-1625）在《四足動物志》（
The Historie of Foure-Footed Beastes，1607）的扉頁上寫了這麼一段話：「每一種動物的故事都被《聖經》、教父、哲學家、醫生和詩人的敘述進一步闡明：其中各種象徵、警句和其他好的故事都得到了闡明。」此時的自然志還涉及不少流傳下來的傳說、故事，甚至神話，也包括哲學家、醫生、詩人的解讀。但到1678年，約翰·雷
（John Ray，1627-1705）在他的《鳥類學》（
Ornithology）裡就明確表示，他不會討論「寓意、象徵、道德、寓言、預兆或其他屬於神學、倫理學、語法學或任何人文學問的東西」。可以說沒過多少年，自然志著作已然變得科學化、嚴格化了。在約翰·雷看來，「嚴格的」自然志必須與人文科學截然有別，它不討論傳說中的神話，以及歷代對它們的闡述，而只談我們現在理解的對於科學世界的精確描述。這一轉變在不同時代的自然志著作的插圖裡體現得非常充分：格斯納（Konrad Gesner）1511年《動物志》（
Historiae animalium，1551-1621）的插圖，仿佛儘是一些奇形怪狀、在自然界裡找不到現實對應的動物，反映出古代自然志旨在教化，而非精確描述實際的動植物；約翰·雷《鳥類學》的插圖則逼真許多，忠實於自然對象。
《動物志》插圖《鳥類學》插圖五寓意詮釋和象徵世界觀的瓦解對自然哲學造成的後果是內在原因能力的剝奪。所謂原因能力，即產生結果的能力。亞里斯多德通過物質組分的內在能力和性質來解釋世界的變化，在他的世界觀裡，萬物就像一個活的生命體，存在某種內在的動力引導它的發展變化。比如種子發芽，長成大樹，便是有內在目的。經院學者增加了造物主的觀念：自然世界有首要原因（primary cause）和次要原因（secondary cause），首要原因是神，次要原因是自然物的能力。在現實世界的變化裡，神和自然物本身各自起了多大作用，一直是個爭論不休的問題。笛卡爾的自然定律觀念的出現，意味著內在能力和性質的解釋開始走向盡頭，漸漸被神所強加的自然定律所取代。於是就產生了在現代早期起主導作用的自然哲學——機械論，認為物質與物質之間必須通過碰撞和接觸來產生相互作用，而不存在超距作用。因為如今自然物內在的因果能力沒有了，必須要靠外在的觸碰才可以發生作用。在這個意義上，牛頓引力不屬於嚴格的機械論世界觀。很多人試圖把引力還原為微粒之間的相互作用，但兩個東西相隔一段距離，不碰在一起，如何能夠相互吸引呢？誰吸引誰？當時的人們無法理解。
馬勒伯朗士
（Malebranche，1638-1715）在《真理的探尋》（
The Search after Truth）中說，「每一個事物的本性或能力都不過是神的意志罷了，所有自然原因都不是真正的原因，而只是偶然原因」——此即偶因論。在偶因論看來，神的意志決定一切，自然原因只是表面而偶然的原因，真正的原因來自神。類似的觀點可見於牛頓派學者塞繆爾·克拉克
（Samuel Clarke，即《萊布尼茨與克拉克論戰書信集》裡的克拉克），他說，「自然進程只不過是神的意志以持續、規則、不變和齊一的方式產生某些結果罷了，這種行動方式在每一刻都是完全任意的，在任何時候都很容易改變或維持」。
《真理的探尋》當所有「自然」變化都被理解為神的直接活動時，人們最終懷疑，是否真的存在自然原因。在哲學史上，休謨（1711-1776）有一個非常典型的看法，他說因果關係本質上是心理的，而不是本體上的，因果關係存在於人的心靈中，而不在世界中。自然世界本身已經沒有內在的產生因果作用的能力了。牛頓第三定律其實也反映了這一點：作用力與反作用力相等，我推一個桌子，桌子也在推我，我是主動原因，桌子是被動的，但在物理世界看來，我推桌子和桌子推我是完全平等的。這非常鮮明地體現了原因概念的消失，在物理世界裡無所謂原因，只有數學的定律——作用力等於反作用力，談不上誰是原因，誰是結果。
一個附帶的後果是，自然與超自然的區分被打破。如今所有事件變得同等自然或超自然，既可以說全是自然原因引起的，也可以說全是神的原因引起的，於是我們便不難理解斯賓諾莎為什麼會有「神或自然」（
Deus sive natura）這樣的概念，因為神與自然成了一回事。自然定律可以作兩種描述，既是神的法則，又是自然的法則，這樣距離單純的自然法則只有一步之遙，為一種徹底的自然主義埋下了種子，以至於後來拉普拉斯說，「我不需要上帝這個假設」。弔詭的是，像馬勒伯朗士、克拉克這樣的偶因論者，本意是把神捧得特別高，最後卻使神和自然的地位被壓到了同一個層面。此刻，說「一切都是神引起的」和說「一切都是自然引起的」並無本質區別——事與願違。
六中世紀的寓意詮釋假定《聖經》包含著超越時間和空間的永恆真理。《聖經》的真理性遠超凡人的理解，不同時代的人能從中找到適用於自己時代的真理。在這個意義上，《聖經》並不只有歷史價值，比如按照傳統解經學，所謂「世界末日」並非世界發展到某一天忽然結束了，它不是時間中的某個時刻，而是意味著時間的終結。但對於現代讀者來說，一個文本最明顯的特徵就是其歷史性，一個人想理解一個文本，得先知道它是什麼時候由誰寫的，帶著什麼樣的構思和意圖寫的。新教改革之後，歷史意義成了《聖經》的首要意義。今人所謂《舊約》是一部猶太人的歷史書，便自此而來。摩西成了一個「神聖的歷史學家」，他對地球的最初階段做了歷史記錄，只不過他的記錄可能比其他歷史學家更好、更準確。
按照傳統的理解，《聖經》所有段落的經文全都涉及道德或神學意義，但按字面解讀，一些段落確實無論如何也讀不出這樣的含義，於是現在便認為，這些經文提供了科學知識。比如一直以來，人們將伊甸園比作內心的天堂，賦予其心理意義或寓意意義，類似於佛教說惡念即地獄——地獄並非人死後去的某個物理的地方，而是在人的心裡。但此後直到現在，都有人試圖確定伊甸園在地球上的位置。再比如，諾亞方舟按照傳統解讀主要象徵教會，方舟分成三層象徵三位一體，大洪水象徵泛濫的激情，有時候也象徵洗禮的聖潔之水。到了十七世紀，當人們把《創世記》當作一種歷史記載時，大洪水故事的細節就變得與世俗的科學問題相關了。人們開始追問大洪水從哪裡來，到哪裡去，大洪水導致地球發生了怎樣的變化，諾亞方舟是如何建造、航行的，諾亞以何種方式將這麼多生物保存在船中，食物存在哪——這些都是後勤學的問題。
諾亞方舟於是，兩個新的問題出現了。首先，《聖經》中的科學記錄如何教化現代讀者？《聖經》最終需要教化人，但純粹的科學記錄怎麼能夠教化人呢？一個傳統的回答是預表論（typology）：將《舊約》和《新約》中的人物一一對應起來。最典型的例子是亞當和基督之間的對應：亞當是「預型」（type），基督是「對型」（antitype）；亞當是第一個人，基督是完美的人；亞當是原罪的初創者，基督是贖罪者；亞當是以色列人的先祖，基督是「新以色列」即教會的統領。預表論假定，神依賴於歷史事件而不是自然界，將他的啟示傳達給人類。在這個意義上，預表論既不是字面解讀，也不是寓意解讀，因為寓意強調的是物，預表論強調的是人和事；寓意是在空間範圍展開的，預表論是在時間範圍上運作的。
亞當和基督第二個問題：倘若《聖經》的說法與笛卡爾、牛頓的新科學相符，或者看起來一樣的話，能否認為《聖經》的作者們知曉自然的秘密？摩西打算向其同時代人傳達多少科學信息？是否他說的所有細節都是正確的？類似的問題也同樣存在於佛教。現在不少佛教信仰的捍衛者聲稱，佛經裡早就有「佛觀一缽水，八萬四千蟲」，早就知道細菌的存在，只是時人理解不了細菌，佛教只能以一種比較遷就的方式作出調整。《聖經》同樣依照最初受眾的心智能力，調適（accommodate）了科學知識，用比較樸素的說法將它們傳達給世人。於是，憑藉先進的科學，後人就可以辨識特定經文的隱秘含義，重建摩西的真正想法。許多十七世紀的學者嘗試按照笛卡爾或牛頓的體系重讀《創世記》，意圖從對自然之書的發現揭示《聖經》中被忽視的科學寶藏。笛卡爾派學者亨利·摩爾
（Henry More，1614-1687）第一次嘗試將笛卡爾的宇宙起源論和神聖史
（即摩西敘述的創世史）結合起來，認為當地球過於靠近太陽時，世界末日就會最終來臨。他把世界末日拉回到了歷史的時間之中，作為歷史的一刻。
當時產生了不少著名的「地球理論」著作。所謂「地球理論」並非簡單的關於地球演化的理論，而是特指把地球的變化與《聖經》的神聖史結合起來的特殊題材。這些書都認為地球中心的火把地下水加熱，使之衝破地殼，引發了大洪水，淹沒了地球。按照它們的計算，大洪水比下了四十天的雨還要多，這些水只能從地下來。託馬斯·伯內特（Thomas Burnet）的《地球的神聖理論》（
Telluris Theoria Sacra，1681）裡有一幅插圖，是個很好的例子：圖的最上方是基督，主宰著地球從出生到毀滅的整個過程。地球由一個黑暗的星體甦醒，起初並不完美，非常光滑，後來大洪水令地殼破裂，才有了山巒疊嶂，千溝萬壑，最後是末日大火燒毀了整個星球……在地球理論中，世界末日同樣被納入了歷史時間的範疇。
《地球的神聖理論》插圖與此同時，一些人開始在物理宇宙中尋找天堂和地獄的可能位置——是在慧星？太陽？還是地心？還有人試圖為人體的復活、淨化和神化尋求科學解釋。他們認為有三種「自然」過程可以作為人死後身體變化的可能機制：一是鍊金術，猶如賤金屬轉變為黃金的質的飛躍；另外兩種是種子的萌發和昆蟲的變態，比如化繭成蝶就好像一個全新的開始。這些自然現象的變化機制被用來解釋《聖經》中所說的人的身體變化。
上述這些綜合代表了科學與宗教關係史上的一個重要階段：《聖經》的字面真理與新科學的理論真理被認為是完全一致的。自然知識可以幫助詮釋《聖經》，《聖經》知識也可以幫助理解自然。這是科學與宗教關係史上最好的時光，雙方水乳交融，不分彼此。但衝突的種子也就此埋下：就像自然與超自然區分被打破一樣，當科學和宗教處於同一個層面時，戰爭爆發指日可待。
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