人體微生物組~2~新發現的人類進化夥伴

2020-08-29 葫蘆島堂主

人體微生物之後加了一個「組」,為什麼非要加這麼一個「組」字呢?背後大有講究。但是回答這個問題之前,需要先解決一個問題:為什麼要研究人體微生物呢?

答案很簡單,因為我們遇到了困難了,解決不了問題了。

我給你舉一個例子。海苔,就是吃的那種海苔,特別有營養。日餐裡的壽司、手卷外面包裹的那片綠色的東西,就是海苔。

但生物學家解碼了基因,發現人類沒有消化海苔的基因。也就是說,人類根本就沒辦法消化海苔。

人的各種能力都是基因的某種表達,這個觀念已經深入人心了。科學家也做了大量的研究發現。基因參與決定了你的方方面面,比如身高的上限,嗅覺的靈敏度,酒量好不好等等等等。

這就有衝突了。你沒有消化海苔的基因,但是你能消化海苔。這怎麼解釋呢?

答案只能指向一個方向:我們的很多能力,並不完全來自基因。

來自誰呢?科學家找到了這個幫手。這就是這一講的標題,「微生物組,新發現的人類進化夥伴」身上。這個標題,有三個關鍵詞:新發現的、微生物組和進化夥伴。我們下面一個一個來解釋。

*

先說「新發現的」。怎麼算是「新發現」呢?

微生物組的研究方法,是一個全新的思路。

研究微生物組的科學家相信,人類,還有其他多細胞的生物,都不是我們原來以為的獨立「個體」,而是和幾十萬億微生物一起,組成的一個集合體。

按照這個思路,他們建立了新的研究方法,開發了新的研究工具,比如基因測序技術和數據分析技術,通過這些技術,獲得了對這個集合體的新認知。

我們的問題是,這個研究思路,是什麼時候建立的呢?我們不能用第一次出現類似想法的時間作為起點,因為想法很多,隨時都能冒出來。

但是一個想法,很多科學家開始相信,並且逐漸誕生新的研究綱領,有大量的聰明人和科研經費投入,特別是形成了一個關鍵的裡程碑事件,這才算「開始」的起點。

選來選去,我找到一個重要的裡程碑事件,那就是2007年,作為全球科技風向標的美國投入2億多美元,啟動了「人類微生物組計劃」。這個計劃的主要內容是,對人體內微生物的基因組序列進行測序,讓我們知道了人體內的微生物到底有多少,都有什麼。我覺得,這是微生物組這個研究思路獲得科學共同體認可的標誌。

2007年距離2020年,是多長時間呢?只有13年。

我們再看近10年科學共同體對這個領域的評價。2011年,《科學》雜誌把腸道微生物研究評為年度十大科學突破之一。2012年之後,包括《科學》雜誌在內的各大頂級雜誌,都陸續推出了各自的微生物組專輯。2020年1月,頂級學術雜誌《自然》,把微生物組當成了「年度十大最值得關注的生物科技」之一。

這麼一看,說「新發現的」,應該還是成立的吧。

當然,這個學科的拼圖沒有拼完整,很多地方還很模糊,但是已經不影響我們看到一個新的圖像,一個新的世界。

*

接下來,我們說說「微生物組」,為什麼微生物之後要加一個「組」字?

你肯定注意到,科學家有時候說「基因」,有時候說「基因組」。差別在哪裡呢?

基因是指一個可以遺傳的DNA片段,這個片段可以編碼我們的某種能力。比如你能不能喝酒,就看在編碼的基因當中,分解酒精的酶能不能產生,活性高不高,活性高,你分解酒精的能力就強,酒量就好。

而基因組是指,生物體內全套的遺傳物質。注意啊,基因組大於基因的總和,因為全套的遺傳物質當中,有編碼區和非編碼區,還有一些我們還沒搞清楚的部分。編碼區裡的就是基因,非編碼區裡是DNA,但不是基因。

所以,加了一個「組」字,就是指「全套」的所有遺傳物質。

理解這個區別,我們就知道為什麼前面提到的那個裡程碑事件,叫「人類微生物組計劃」了。我們也要對微生物組的「全套」遺傳物質進行測序。

不過,對微生物組測序的工作量,要比基因組大得多。因為人體基因組是一套遺傳物質,但是人體微生物有很多種,比如一般人體中有大腸桿菌這樣的細菌,有酵母菌這樣的真菌,甚至還有一種叫噬菌體的病毒,它們的基因都要進行測序。我們是在對多物種的無數套遺傳物質進行測序。

而且,每個微生物都是獨立的生物,我們不僅要對它們的基因進行測序,還要研究它們作為一個生物實體的作用和功能。

在這些工作全都完成之後,才有下一步的分析。

「人體微生物組」當中的「人體」是一個總稱,它包括口腔、腸道、皮膚各個位置。比如我們說「腸道微生物組」的時候,那就是說人體腸道內,腸道微生物的遺傳物質總和。

之前,有些科普文章也把「腸道微生物組」叫作「腸道菌群」,是一個意思。我們強調的,不是腸道這個位置,而是這個範圍內的微生物作為一個整體所提供的功能。

就比如我們開頭提到的那個問題,為什麼人類明明沒有消化海苔的基因,但是卻可以消化呢?答案就在我們的腸道微生物組裡。

海洋中一些細菌裡,有能分解海苔的酶,腸道微生物如果能從海洋細菌那裡借來這種酶,那問題就解決了,你就可以放心吃海苔了。

還有一個重要的問題要澄清。我們到處走動,一會兒去哈爾濱,一會兒去三亞,肯定會遇到各種各樣的微生物。那麼人體微生物組的內容不就太龐大了嗎?和自然界當中的微生物種類不就幾乎一樣了嗎?那還有什麼研究價值呢?

所以,我們必須對哪些微生物屬於人體,哪些不屬於,給出一個標準。

哪些微生物屬於人體微生物組呢?那些能適應人體環境,能在人體繁衍的微生物,才算是人體微生物組的一部分。

學科上,我們把這種狀態叫「定殖」,固定下來,成功繁殖。再強調一下,能在人體內定殖的微生物就算是人體微生物組。

能定殖非常不容易,我拿腸道微生物組來舉個例子。

腸道微生物主要來自食物,但能經過胃酸的考驗,成功到達腸道的微生物,數量特別少。而且食物當中的微生物大部分都需要氧氣,而腸道裡的氧氣濃度非常低,有些微生物即使成功到達腸道,因為受不了缺氧的環境,也完不成繁衍,迅速就死掉了。

再比如皮膚微生物組,皮膚上氧氣多,微生物沒有缺氧的煩惱,但皮膚經常很乾燥,更耐旱的微生物才能定殖。

我想提醒你,在我課程裡,使用「人體微生物組」的時候,更多地偏向說人體整體或者某一個部位的全部微生物組合。而使用「人體微生物」的時候,更多地偏向說這是一個虛擬的行為主體。

*

微生物組對人類來說意味著什麼呢?用一句話來回答,就是我們這一講標題的後半部分,「人類的進化夥伴」。

什麼樣的夥伴,可以稱為進化夥伴呢?

能為人類提供價值,同時依賴人類完成它自己的生存和繁衍,和人類建立了穩定、長期關係的生物,都可以稱為人類的進化夥伴。

比如,愛斯基摩犬,就和在北極圈生活的人結成了穩定的長期關係。在北極那樣的環境下,全年冰天雪地,食物種類又特別少,每年還有好幾個月見不到太陽。在這麼嚴酷的條件下,人類怎麼活下來呢?這多虧了愛斯基摩犬。

人類在北極的各種活動,比如外出打獵、搬家、運送貨物,都得靠愛斯基摩犬,人類離不開它們。而愛斯基摩犬,在那樣的環境下也不可能獨自生存。在北極,愛斯基摩犬就是人類的進化夥伴。

從這個角度說,微生物組也是當之無愧的人類進化夥伴。

我舉幾個例子。

人體微生物能幫助我們轉化能量。咱們早就知道,小腸可以把食物轉化成能量給人體供能。現在科學家發現,這些能量當中的10%,其實來自微生物。它們會把人本來消化不了,或者不好消化的食物,就比如海苔,轉化成人體能用的能量。

人體微生物能幫助我們合成營養物質。有研究者測算了一下,人體血液裡運輸的小分子營養物質,最多有36%都是微生物組提供的。

人體微生物能幫助我們的免疫系統提升能力。比如一些革蘭氏陰性菌的菌體成分,能協助人體免疫系統正常工作,幫助人體維持健康。

我們在課程接下來的部分會詳細討論。這裡就不再多說了。

有人說,人類的基因組,是「極簡基因組」。意思是說,我們現在的基因,是能適應環境的最少基因,因為有了微生物組,我們不用對每個能力都編碼。微生物組替我們編碼了多少基因呢?

跟你說一個數據,人體基因組只有2萬多個基因,而我們可以調動的,是微生物組中的988萬個基因。

你看,你哪裡還是你自己,你是你和微生物組,共同組成的「超級生物體」。

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