確定建院初期的辦院方針與基本任務
據上述方針，中國科學院的基本任務為：一、確立科學研究方向：確定科學研究為人民服務的觀點，與實際密切配合，以矯正過去脫離現實、自流散漫的作風；根據近代科學發展的趨勢，並吸收國際進步科學的經驗，作有計劃的理論及實驗的研究，以期趕上國際學術水平；強調科學的計劃性與集體性，以加強各學科研究間的有機聯繫。二、科學研究人才的培養與合理分配：加強研究人員的政治學習，俾能把握馬列主義的觀點與方法；與各大學及其他專門人才訓練機構聯繫，相互協調，全面籌劃專才的訓練；調查全國科學人才，作有計劃的分配與補充；號召並協助留學國外的科學研究人才返回祖國工作。三、科學研究機構的調整與充實：暫以自然科學為重點，就原有基礎，合併性質相同而過去互不相謀的研究機構，並逐步加以充實；廣泛徵求國家財經工作機構的意見並與之建立密切聯繫，以便隨時按國家當前建設工作的需要，確定各學科研究工作的重點，建立地方工作站，集中力量，解決實際問題；對於國家建設有急切需要，而當前尚無工作基礎的學科，有計劃地逐步加以研究。
在以後的幾年中，科學院按這個總方針和基本任務展開了初創時期的各項建設工作。
確定研究機構的改組方案
1月15日起，計劃局分學科召開會議，就科學院如何組建新研究機構的問題，聽取院內外科學家的意見。全年召開會議28次，商定機構調整方案，把近30個原有研究機構，合併改組為17個研究所、臺、館，1個委員會，另設3個研究所籌備處。它們是：近代物理研究所(北京)；應用物理研究所(北京)；紫金山天文臺(南京)；物理化學研究所(上海)；有機化學研究所(上海)，附藥物研究室；實驗生物研究所(上海)；生理生化研究所(上海)；水生生物研究所(上海)；植物分類研究所(北京)，含4個工作站：華東工作站(南京)、廬山工作站、昆明工作站、西北工作站(陝西武功)；地球物理研究所(南京)；地質研究所(南京)；古生物研究所(南京)；工學實驗館(上海)；近代史研究所(北京)；考古研究所(北京)；語言研究所(北京)；社會研究所(南京)；數學研究所籌備處(北京)；心理研究所籌備處(北京)；地理研究所籌備處(南京)；動物標本整理委員會。5月19日，政務院第33次政務會議通過批准了科學院提出的15個研究單位的所長、副所長，臺長，館長名單。5月31日發出任命通知。
以上調整方案基本上得到順利實施，改變了以往機構重疊、工作重複、有限人力物力分散浪費的現象。調整工作也有個別失誤，原北平研究院化學所研究人員因對調整方案不滿而紛紛離院他就，延緩了在北京建立新的化學研究所的進程。
調查全國科學人才與研究機構
院計劃局在成立後，即根據科學院的基本任務，著手對全國自然科學人才與研究機構進行調查。在人員方面的調查內容包括：(1)自然科學專家調查。第一次於1949年12月12日開始至1950年1月底結束。以中央研究院院士名單為基礎，向其中的35人發出調查表，請他們在其專長或熟悉的學科領域中，推薦數人至20人的專家名單。收回調查表30張，被推薦的專家233人。第二次於3月9日開始至4月15日結束，向上述233人中的207人發出調查表，收回調查表182張。總結兩次調查結果，共推出數學、物理學、化學、生物學、天文學、地學和心理學專家865人，其中171人在國外。隨後，科學院從中聘任了近200人為院學術顧問——專門委員。(2)自然科學工作者調查。根據科代會籌備會的登記表和以往南京科學促進會的調查表，進行綜合；同時向全國大學助教以上自然科學工作者(主要是理科)發出調查表。在1萬5千名自然科學工作者中，選擇學術水平較高者1300人，整理出卡片資料。(3)對科學院各級研究人員的經歷、著作目錄和著述的調查。(4)對國外留學生和全國高等學校畢業生中數學、物理學、化學、地質學、生物學、氣象學與心理學等7個學系畢業生的人數調查。
科研機構調查方面，為了解全國科研工作動態，並加強與各地科學機構的聯繫，3月24日科學院致函政務院有關部委和各省人民政府，請將其所領導的各種科學試驗研究機構的概況，按所附的調查表填寫寄回。
5月中旬，計劃局進行綜合、分析和統計，先後整理出《全國自然科學研究機構統計表》、《全國自然科學工作者調查統計表》、《全國科學研究機關研究技術人員統計表》、《全國農業科學、工程科學的研究及地質礦產測勘的機構調查表》以及《中國科學院京、滬、寧區各研究所及院本部人員統計表》等資料。
扶助國內專門學會出版學術期刊
2月14日，院出版編譯局召開「學會出版期刊問題座談會」，出席的有數學、天文、物理、化學、動物、植物、昆蟲、生理、心理、藥理、博物、古生物、地質、地理、地球物理、氣象、海洋湖沼等17個學會的代表和有關專家。與會者希望科學院對學會出版的學術刊物予以業務上的指導和物質上的支持，也希望與科學院各研究所出版的學術刊物有合理的分工和合作，避免分散力量和重複浪費。對國內期刊的發展方向，座談會一致認為應逐步做到論文或研究報告完全以中文發表，並須按期出版。會後，編譯局對科學院各所刊物進行調整，有的研究所暫時不出版期刊，研究論文交有關學會、研究會的刊物發表；同時起草了《中國科學院扶助國內各重要專門學會研究會等刊行科學期刊辦法》，規定科學院扶助的刊物的範圍，限於已有相當歷史且經認定為合格者；新成立學會的刊物，如合乎標準也可以考慮；受扶助刊物發表的內容，須有創造性，能為各門學科增加新知識，以及對提高學術水平、推進文化思潮有指導意義者；論文應用中文撰寫，特別有國際性意義的論文須用外文發表時，必須在論文前加較詳細的中文摘要。《辦法》對刊物的版式、封面等也做了統一規定。科學院對學會刊物的經費補助，以實際印刷費用為限。第一批獲得科學院經費補助的學會刊物有18種，如《中國物理學報》、《中國地球物理學報》、《中國化學學會志》、《地質論評》等。
統一與審訂自然科學名詞
中文學術名詞的統一，對科學研究學術交流，大專學校教科書、參考書的編寫，以及科學普及工作，都具有重要意義。科學院為此建議文委統一領導，聯合各有關機構組織專門委員會，主持這一艱巨的工作。4月6日，文委決定製訂《統一學術名詞工作的初步方案》，並設立「學術名詞統一工作委員會」，由郭沫若任主任委員，各有關部門的負責人任委員。委員會下設自然科學、社會科學、醫藥衛生、時事和文學藝術五個工作組，分別由科學院、出版總署、衛生部、新聞總署和文化部負責。自然科學組的工作範圍，文委規定包括天文學、數學、物理學、化學、動物學、植物學、地質學、地球物理學、古生物學、地理學、考古學、心理學、語言學、工程及農學等專門領域。隨後，科學院在編譯局成立學術名詞編訂室主持這項工作，先後聘請200多位科學家為工作委員。科學院主持的自然科學名詞審訂工作，自本年年中啟動至1951年初的半年時間內，編訂付印的有《動植物中文命名原則試用方案》、《化學物質命名原則》、《天文學名詞》等3種；已在審查整理中的名詞有16種；在編訂中的名詞有9種。自然科學學術名詞的統一與審訂是科學院的一項長期工作。1955年11月15日，根據國務院指示，文委撤銷後，學術名詞統一工作委員會歸科學院領導。
竺可楨率團赴東北地區考察科研工作
為了解東北經濟建設中的需要，以作為科學院有關部門制定科研計劃的參考，由竺可楨副院長率中國科學院代表團一行16人5月9日離京，赴東北地區考察。歷時約一個月。考察團重點了解東北金屬冶煉、機械、化工、藥物、農林等方面的生產與科研情況。在分組考察過程中，代表團的科學家對上述幾個領域存在的科學技術問題、解決辦法與途徑以及科學院將如何配合工作等，提出許多具體的意見或建議。例如，在煉鐵方面，東北鐵礦95%以上是貧鐵礦，選礦問題極為重要，選礦方法的研究必須重視和大力推進。在煉鋼方面，針對東北低磷低硫生鐵多，建議電爐煉鋼和平爐煉鋼，採用酸性貝式麥爐——鹼性電濾二重煉鋼法，以提高產品質量，縮短冶煉時間，降低成本。此外，對熱處理、耐火材料、鋼鐵標準等方面也提出具體意見。在機器製造方面，針對東北各大廠注意加工製造而忽視機件物理性能的情況，建議配料、熔合、造型與澆鑄的合理化，以改進鑄件品質。在農林方面，對土地合理利用、耕作方法、施肥、種子、病害防治、護林育林，以及農林牧三方面的結合，提出了意見。考察團對東北經濟建設中必須解決的幾個帶有普遍性的問題提出了以下意見或建議：(1)迅速增加技術人才；(2)注意產品質量；(3)提高農業生產技術；(4)調整科研機構以配合建設。當時東北人民政府有關部門向考察團提出願意將東北科學研究所及其大連分所交科學院領導，並希望將若干研究所遷到東北。
6月3日，考察團召開結束會議並擬寫科學院與東北各有關機構的合作辦法。不久，韓戰爆發，東北局勢緊張，科學院與東北合作問題暫時擱置。
舉辦科學講座和中學教員暑期自然科學學習會
為了向中學教師、幹部和大學生普及最新科學知識，本年，院聯絡局舉辦了兩期科學講座，一期暑期自然科學學習會。科學講座，第一期安排10講，自5月6日開始至6月24日結束；第二期有14講，於9月23日開始至12月23日結束。主講人都是院內外知名科學家，如華羅庚、葛庭燧等。講演內容新穎，切合需要，深受聽眾歡迎。
首次講座成功後，北京市文教局希望科學院在暑假期間專為北京市中學自然科學教師舉辦一次有系統的自然科學學習會。在學習會舉辦前，院聯絡局請北京市文教局通知各中學數學、物理學、化學、生物學四個學科的教師，提出在教學上希望解決的實際問題。這些問題經聯絡局集中整理後，分別送給有關專門學會，請他們據以擬定講題，推薦專家主講。學習會會場設在北京四中禮堂，自7月25日開始至8月15日結束，36位專家主講34個專題。學習會是為中學教師舉辦的，也有很多幹部、高年級中學生和大學生旁聽。中學教師還可以請主講人解答問題。學習會在舉辦過程中引起了各方面注意，不少中學來信索取講演記錄。學習會結束後，科學院編印出版了《1950年北京市中學教員暑期學習會自然科學講座》，當年12月初版發行1萬冊，很快銷售一空，次年5月再版，產生了良好影響。
《科學通報》創刊
由編譯局主辦的綜合性刊物《科學通報》於5月15日創刊。院長郭沫若寫了發刊詞。《科學通報》為月刊，主要報導與介紹有關中央人民政府的科技政策，院內外研究機構與學術團體的工作概況，生產技術部門的活動，國際重要學術動態，國內外科學的發現與發明，學術論著的評價等。在國際學術活動方面，特別注重對蘇聯和東歐國家的介紹。此外，它還刊登帶有指導性的科學論文、簡短的研究報告。
科學院第一批研究所成立
5月19日，政務院第33次政務會議通過批准近代物理研究所等15個單位負責人名單。
6月20日，副院長兼計劃局局長竺可楨，在中國科學院第一次擴大院務會議上宣布首批15個研究機構成立。
1、近代物理研究所(北京) 所長吳有訓，副所長錢三強。由北平研究院原子學所和中央研究院物理所的原子核物理學實驗室合併組成，主要研究領域：理論物理、原子核物理、宇宙線和放射化學。1950年底吳有訓調任副院長後，錢三強任所長，王淦昌、彭桓武任副所長。
2、應用物理研究所(北京) 所長嚴濟慈，副所長陸學善。由中研物理所的金屬和光學部分與北研物理學所合併調整而成，主要研究領域：光學、光譜、結晶、金屬。
3、物理化學研究所(上海) 所長吳學周。由中研化學所的物理化學、無機化學、工業化學部分改組而成，主要研究領域：熱力學、化學反應動力學、量子化學、分析化學、電化學、催化劑與光譜學。1952年底該所遷抵長春。
4、有機化學研究所(上海) 所長莊長恭。由中研化學所有機化學部門擴建而成。它所屬的藥物研究室由北研藥物所和中研藥學所籌備處合併組建，室主任趙承嘏。該所主要研究領域：有機化學基本問題，天然藥物和中藥的研究。
5、生理生化研究所(上海) 所長馮德培，副所長王應睞。由中研醫學所籌備處改建。主要研究領域：神經肌肉系統；酶與維生素；桔黴素的化學、生物學、藥理學及臨床應用。
6、實驗生物研究所(上海) 所長貝時璋，副所長童第周。下設三個研究室。1)發生生理研究室，由北研生理學所改建，主要研究領域為實驗細胞與胚胎學。主任朱洗。 2)植物生理研究室，由中研植物所的植物生理、病理、形態等部門改建，主要從事植物生理、植物細胞胚胎等方面的研究。主任羅宗洛。 3)昆蟲研究室，由北研動物學所和中研動物所兩所的昆蟲學部分合併組建，從事昆蟲調查與分類等方面的研究。室址北京，工作在京滬兩地進行。室主任陳世驤，副主任朱弘復。
7、水生生物研究所(上海) 所長王家楫、副所長伍獻文。該所研究有關水生生物的基本學理，以配合水生動植物生產的需要。主要任務包括水生生物資源調查，水生生物與環境的關係，養殖與育種實驗。所內的太湖淡水生物研究室，由中研動物所(除昆蟲學部分外)及中研植物所的藻類學部分合併組建，室址無錫蠢園，主任伍獻文。青島海洋生物研究室，由北研動物學所水生動物學部分遷青島擴建而成，主任童第周，副主任曾呈奎、張璽。1954年底，水生生物研究所遷往武漢市，太湖室撤消。青島室於1954年1月獨立。
8、植物分類研究所(北京) 所長錢崇澍，副所長吳徵鎰。由北研植物學所和靜生生物調查所植物部合併改建，以植物調查和分類學研究為主，也做一部分植物病理和經濟植物的研究。研究所在京外有四個工作站：1)華東工作站，由中研植物所的分類學、森林學部分從上海遷南京組建而成。2)廬山工作站，由廬山森林植物園改建。3)昆明工作站，由雲南農林植物所和北研植物所云南工作站合併組建。4)西北工作站，由設在陝西武功的中國西北植物調查所改建。
9、地球物理研究所(南京) 所長趙九章，副所長陳宗器、顧功敘。由中研氣象所、北研物理學所地球物理學部門合併而成。後於1951年又接收中央地質調查所的地球物理學部門。研究領域包括氣象、地震、地磁、物理探礦等方面。1954年遷北京。
10、紫金山天文臺(南京) 臺長張鈺哲。由中研天文研究所改建，主要研究領域：天文觀測、理論研究、儀器研製。
11、工學實驗館(上海) 館長周仁，副館長周行健。由中研工學研究所改建，主要工作圍繞冶金、玻璃、陶瓷進行。
12、近代史研究所(北京) 所長范文瀾。由華北大學研究部歷史研究室擴建而成。
13、考古研究所(北京) 所長鄭振鐸，副所長梁思永、夏鼐，由北研史學所與中研歷史語言所的歷史組、考古組合併組建。
14、語言研究所(北京) 所長羅常培，由中研歷史語言所語言組擴建。
15、社會研究所(南京) 所長陶孟和，副所長巫寶山。原為中央研究院社會所。該所於1952年遷北京。
另成立數學研究所籌備處(主任蘇步青)、心理研究所籌備處(主任陸志韋)和地理研究所籌備處(主任竺可楨)。
召開第一次擴大院務會議
6月20日至26日，科學院第一次擴大院務會議在北京召開。參加會議的主要是院直屬各機構負責人和京區高級研究人員。專門委員和政府各部門負責人也應邀出席會議。本次會議，總結建院8個月以來的工作，明確辦院方針，建立制度，加強院內外的聯繫。會議對文委下達的關於中國科學院基本任務的指示進行深入學習，取得了共識，並確定了各研究所的中心任務；對提供討論的《中國科學院暫行組織條例》、《中國科學院專門委員聘任暫行規程》、《中國科學院研究所暫行組織規程》、《中國科學院研究人員任用暫行細則》和《中國科學院技術人員任用暫行細則》等5個條例表示同意。通過這次會議，也加強了院內外之間的溝通。
6月24日下午，中國人民解放軍總司令朱德、政務院總理周恩來和政務院文委副主任陸定一到會講話，號召科學工作者要不分畛域，通力合作，有重點有計劃地配合國家經濟建設的需要，進行科學研究工作。周恩來特別提到東北是全國工業建設的基礎，希望科學院為此發揮作用。
地球物理所與軍委氣象局合作
新中國誕生初期，氣象業務部門研究技術力量薄弱。在竺可楨、趙九章和涂長望的倡導下，地球物理所與中國人民革命軍事委員會氣象局(現為國家氣象局)密切合作。6月25日，地球物理所與軍委氣象局籤訂合同，合作設立「聯合天氣分析預報中心」和「聯合資料室」。地球物理所從事氣象研究的人員，有半數到上述兩單位工作，並由顧震潮、陶詩言和張寶堃
分任兩單位的負責人。聯合機構調動了各方面的積極性，在建立天氣預報業務，特別是寒潮、颱風警報等災害性天氣預報業方面，在培訓預報人員、總結提高預報技術經驗等方面，都發揮了很好的作用。通過總結天氣預報的實踐經驗，發現了中國鋒面和氣旋的一些特殊性，對於東亞主要天氣系統有了較全面的了解，對影響中國的一些重大災害性天氣的活動規律有了一定認識，並結合中國地形特點，初步總結出高原地區天氣分析方法，從而為進一步提高天氣預報的準確率創造了良好條件。中、長期天氣預報的業務也在內部試行。聯合資料室根據經濟建設和國防建設需求不斷增加的情況下，採取了日常性、階段性和專業性三種方式，進行氣象資料整理編纂工作，出版了各種氣象記錄。「聯合天氣分析預報中心」和「聯合資料室」為新中國氣象業務的創建作出了重要貢獻。1955年，由於國家氣象局系統已培養出一定數量的技術幹部，兩個機構的原定任務業已完成，地球物理所的人員撤回研究所工作。
吳有訓率團參加德國科學院成立250周年紀念會
7月11日和12日，以近代物理所所長吳有訓為團長，數學所籌委會副主任、清華大學教授華羅庚、近代物理所研究員王淦昌、辦公廳副主任惲子強為團員的中國科學院代表團，在柏林參加德意志民主共和國科學院成立250周年的慶祝活動。各國科學家對這遠道而來的新中國科學家倍加關注。團長吳有訓在7月11日慶祝會開幕式上致詞，讚揚德國科學的光輝歷史，指出許多德國科學家的中國學生在國內科學和教育戰線擔任著領導工作，祝願中德科學交流很快地發展起來。代表團在德期間參觀了德意志民主共和國科學院的研究所和耶拿大學。此後，吳有訓和華羅庚作為中國科學家代表，參加於8月27日至9月3日在布達佩斯舉行的第一屆匈牙利數學會議，9月24日回到北京。這是中國科學院建院後首次派往國外的科學家代表團。
聘任各學科專門委員為科學院學術顧問
文教委員會於8月1日核准中國科學院報送的《中國科學院各種學科專門委員聘任暫行辦法》。專門委員具有科學院學術顧問性質，為名譽職，由院長聘任。科學院從籌建時起，就注意依靠國內高水平科學家參與學術領導。建立專門委員制度，是在經歷了評議會、科學工作委員會、專門委員會等方案幾度討論與演變後才確定的。專門委員可參與的工作有：被商請研討科學院各研究部門的工作計劃、執行情況與工作報告；高級研究人員、技術人員的聘任和升級；與院外的合作；對院外各種學術研究的補助；科學發現發明和著作的審核；國際學術合作等。科學院進行上述學術事項商討時，除依其性質隨時向個別專門委員徵求意見外，還可召開某一組專門委員會議或幾組專門委員的聯席會議。按科學院已經成立的17個研究所與正在籌備的3個研究所，將專門委員分成相對應的20個學科組。到1953年初，專門委員人數達253人。建院初期，科學院在許多重大問題決策前，如機構調整與設置、辦院方針、籌建學部等，都聽取專門委員的意見。由於組織上的缺陷，專門委員沒有形成委員會組織，各組不設組長，難以發揮群體作用。1953年底，科學院開始醞釀建立學部委員制度，專門委員制度即告結束。
補助院外的研究工作
9月13日，院長郭沫若批准《中國科學院對院外研究工作暫行輔助辦法》。12月4日，院廳局聯席會議通過《中國科學院為補助院外科學研究公告》。此舉是為了推動國內的科學研究工作，配合國家經濟建設和文化建設，更好地發揮全國科學家的作用。《辦法》規定，凡國內從事科學研究工作的團體或個人，進行科學研究工作確實有困難的，可以申請補助。申請者要詳細說明研究計劃與目的，現有設備，缺乏的條件，希望補助的種類和範圍。補助分為三類：一類是研究者本人或進行研究必需增加工作人員的生活費補助；一類是器材補助；一類是研究費用補助，包括調查、採集、化驗等費用。個人申請的經費由所在單位代管並監督。按規定，每年定期接受申請並定期公布受補助的名單。科學院對院外研究工作的補助，此前實際已經啟動。本年接受補助者，大學中有北京大學、北京農業大學、燕京大學、中山大學、廣西大學、四川大學等校的所屬單位；研究機構中有中國科學社生物研究所、中山大學農林植物研究所、廣西大學經濟植物研究所等；接受補助的個人，有燕京大學翦伯贊等。1951年前9個月又有32項院外的研究工作獲得資助。
地質所和古生物所劃歸地委會領導
11月，中國地質工作計劃指導委員會(簡稱「地委會」)接收中國科學院地質研究所和古生物研究所。接收後，兩個研究所名稱不變。
科學院於1950年初接收南京中研地質所後曾設想設立地質與古生物兩個研究所，因副院長李四光尚在英國，調整方案暫時擱置。李四光回國後受命主持全國地質工作， 9月6日，政務院批准李四光提出的方案，成立由李四光任主任委員的「中國地質工作計劃指導委員會」，在政務院財經委員會、文教委員會領導下，擬定全國地質工作方針、工作計劃，統一調配人力、物力。在8月22日李四光提出的方案中提到，中國科學院早有成立地質研究所和古生物研究所的計劃。兩所成立後，在工作人員調配上及工作配合上，受地委會領導。8月24日，臨時院務匯報會議同意成立地質所和古生物所，兩所以在南京的中央研究院地質所、中央地質調查所和礦產勘測處為基礎進行調整組建。地質研究所，代所長侯德封，副所長程裕淇、張文佑；設土壤研究室與動力地質、礦物、巖石、區域地質等研究組。於1954年由南京遷往北京。古生物研究所(南京)所長李四光，副所長趙金科、盧衍豪。設新生代研究室，脊椎古生物、無脊椎古生物、古植物3個研究組。
11月，地委會接收了中國科學院籌建的地質所和古生物所。1952年9月，地委會撤銷，成立地質部，兩所改由地質部領導。1955年1月，地質部將兩所交還科學院。
建立副院長對院屬研究所分工領導的制度
10月30日，院長郭沫若召集院臨時行政工作會議宣布，為加強院務管理，對各研究所採取由副院長分工負責領導的制度。除原來幾位副院長外，再呈請中央任命吳有訓為副院長。幾位副院長分工如下：李四光領導地質所和古生物所；陶孟和領導社會所、語言所、近代史所和考古所；竺可楨領導地理所籌備處、地球物理所(及其北京工作站)、實驗生物所、水生生物所、植物分類所和生理生化所；吳有訓領導近代物理所、應用物理所、物理化學所、有機化學所(及藥物研究室)，工學實驗館(及其昆明工作站)、紫金山天文臺和數學所籌備處。
12月26日，中央人民政府委員會第10次會議通過，任命吳有訓為副院長。吳已於10月31日先行到院部辦公。
吳有訓(1897-1977) 物理學家。江西高安人。1921年赴美留學，1926年獲芝加哥大學博士學位。回國後歷任清華大學教授、物理系主任、理學院院長，西南聯合大學理學院院長，中央大學校長。以驗證康普頓效應知名於世。1948年當選中央研究院院士。1949年7月擔任上海交通大學校務委員會主任，同年9月作為無黨派人士赴北平出席政治協商會議。翌年4月任華東軍政委員會文教委員會副主任、教育部部長。6月，兼任中國科學院近代物理所所長。
爭取並協助在國外的科學家回國
科學院成立後，為爭取並協助在國外的科學家回國參加建設，做了多方面努力。由於中國政府和有關部門支持，研究所和國內科學家積極配合，許多旅外科學家排除艱難險阻，回國工作。到科學院工作後即擔任研究員的科學家，1949年底到1950年有李四光、趙忠堯、葛庭燧、高怡生、曹日昌等，1951年至1957年陸續來院的，有李薰、張沛霖、殷宏章、吳文俊、徐仁、錢學森、郭永懷、汪德昭、張文裕、張香桐、熊慶來、陸元九、林蘭英、程茂蘭等。據不完全統計，從1950年到1956年7年間，回國到院屬生物研究部門工作的副研究員以上的科學家達36人，佔當時生物學部門高級研究人員總數五分之一以上。又如回國到從事原子核科學研究的近代物理所工作的科學家，1950年至1953年有13人，1955年以後又有十幾位。海外學子的回歸，加強了研究所的學術領導力量，許多新興學科或空白薄弱領域得以建立、填補或充實。由於原有科學家和新回國科學家團結共事，科學院成立後新組建的許多研究所，在不長時間裡得到迅速發展，成為國內各有關學科領域的重要研究基地或中心之一，為國家建設和推動科學發展作出了貢獻。
開展與大學的多方面合作
科學院在建院依始就注意與大學開展多種形式的合作。(1)資助研究經費：1950年補助北京大學、燕京大學等校所屬單位或教授的研究經費，佔科學院全部對外補助研究經費支出的80%.(2)合聘高級研究人員：院屬研究所與大學合聘高級研究人員，其工資由科學院和大學各支付一半。合聘人員以一半時間在大學教學，一半時間從事研究工作。就北京而言，合聘人員有清華大學5名，北京大學2名，北京農業大學4名，燕京大學1名。涉及學科有數學、物理學、昆蟲學、植物生理學、社會學和語言學等。(3)科學院高級研究人員在高校兼課，每周可在高等學校兼課4小時。1950年，有28名副研究員以上人員在大學或專科學校兼課。1951年又有15名高級研究人員在北大、清華、北師大、輔仁、華北大學工學院、人民大學等校兼課，分別講授宇宙線、原子核物理、理論物理、植物生理、植物分類等課程，其中也有完全盡義務者。上海、南京等處的研究人員也有不少在大學兼課。(4)借調和講學：為解決部分大學教學人才缺乏問題，科學院同意高校借調高級研究人員去哈爾濱、瀋陽、西北、浙江等地大學任教。也有高級研究人員去邊遠地區高校短期講學。(5)合作研究：如心理所籌備處與清華和浙大分別進行兒童心理與兒童生理發展的合作研究；近代史所與北大合作整理明清史料檔案等。此外還通過扶助各專門學出版學報，間接幫助大學教師解決發表研究結果的問題。
1月14日，院務匯報會議討論通過《中國科學院1950年工作計劃綱要(草案)》。草案中提出了近幾年科學院的辦院方針與基本任務。政務院文委於3月23日批准該計劃綱要草案，6月14日以《中央人民政府政務院文化教育委員會郭沫若主任關於中國科學院基本任務的指示》下達給科學院。文件中指出中國科學工作的基本方針是：按人民政協共同綱領規定的文教政策，改革過去的科研機構，以期培養科學建設人才，使科學研究真正能夠服務於國家的工業、農業、保健和國防事業的建設。