超越ATCG!科學家首次合成包含六種鹼基的生命體,自然法則對生命40億年的統治終於被人類打破

2021-01-15 基因谷

地球上所有的生命形式都使用了相同的遺傳字母(鹼基):A、T、C、G。這類含氮化合物構成了DNA的基本材料(下圖),並組成了合成蛋白質的「指令」——密碼子(由3個鹼基組成,對應了組成蛋白質的不同胺基酸)。


A——腺嘌呤;T——胸腺嘧啶;C——胞嘧啶;G——鳥瞟呤;根據鹼基互補配對原則,A與T配對、C與G配對。(圖片來源:網絡)


40億年來,沒有任何生命能夠擺脫「上帝」創造的這套自然法則。


今天奇蹟終於發生了。


來自美國加州Scripps研究所的生物合成大牛Floyd Romesberg教授,成功打破了ATCG的束縛。他首次用自己在實驗室合成的、自然界中不存在的X-Y鹼基對和相應的胺基酸,成功在實驗室創造了包含ATGCXY6種鹼基的全新生命體。這一重要發現刊登在頂級期刊《自然》雜誌上(1)


Romesberg教授


高中生物告訴我們,組成DNA的ATGC四種鹼基可以隨機排列形成64種不同的包含3個鹼基的組合,形成生命的遺傳密碼,每個密碼編碼一種相應的胺基酸。


不過由於某些不同的密碼子,編碼著相同的胺基酸,例如CGC,CGA,CGG和CGT都代表精氨酸。所以事實上,地球上所有生命所需的蛋白質主要由20種胺基酸組成的,無論是細菌還是人類

 

正常DNA的化學結構組成


而在長達40億年的漫長進化過程中,即使基因為了更好的生存,不斷的讓DNA產生突變,但始終沒能掙脫「上帝」的束縛,永遠只能在64個密碼子、20個胺基酸之間隨機組合以產生新的生命。


雖然基因努力了40億年都沒能成功擺脫「上帝」的束縛,不過這並沒有讓科學家們喪失挑戰「上帝」法則,製造出具有全新功能生命體,實現生物合成領域終極夢想的信心(2)。


而為了實現這一夢想,最直接的想法就是創造一種全新的有生物活性的人造鹼基對。因為,一旦可以在DNA中插入一個新的鹼基對,將會使DNA由6種鹼基組成,理論上可以隨機組合形成216種密碼子,最終編碼172種胺基酸


我們可以想像一下,僅憑64個密碼子,20種胺基酸就能形成地球上那麼多的生命;那麼216個密碼子,172種胺基酸也就意味著,未來生命的形式更加會有無限可能,比如出現一個金剛狼什麼的。


 

當然,實現這一終極理想並沒有那麼簡單,需要很多科學家的共同努力。


幾十年發展歷史


事實上,科學家們最初設想「擴大遺傳字母表」要追溯到上世紀60年代初。1989年,該研究方向取得了首個成功。由化學家Steven Benner帶領的研究小組創造了含有修改版C和G的DNA分子。研究還證實,含這些修改版鹼基的DNA能夠在試管反應中複製、轉錄翻譯成RNA和蛋白質(論文見下圖)。


圖片來源:JACS


在過去的二十年裡,Romesberg教授的研究小組也一直在致力於這方面的研究。不同於傳統的鹼基對以及Benner的研究小組創造出的鹼基對(這些鹼基對通過氫鍵相連),Romesberg等開發的這些「外來鹼基」(foreign bases)是通過它們在水中的不溶性連接在一起(these foreign bases stick togetherbecause of their insolubility in water),這很大程度上模仿了油滴在水中的凝結。


不過,想要在活細胞中發揮作用,這些「外來鹼基」需要與天然存在的鹼基排列在一起,且不破壞DNA形狀或擾亂DNA的基本功能,如複製、轉錄。


2相關研究不斷取得進展


2014年5月,Romesberg實驗室取得了一項突破成果。他們在Nature雜誌發文,將大腸桿菌進行改造,插入了額外的鹼基對——X和Y——到它們的DNA中。然而,儘管科學家們在當時創造了DNA攜帶非天然鹼基對X-Y的大腸桿菌,但這使得大腸桿菌細胞分裂緩慢,並且,隨著時間的推移,細胞往往會失去攜帶「外來鹼基」的DNA。


圖片來源:Nature


今年1月,Romesberg團隊又有了新的進展。他們在PNAS雜誌上發表的論文中,描述了一種更健康的半合成大腸桿菌。不過,儘管這種大腸桿菌變得不輕易排斥外來DNA,但依然缺乏使用它們的能力(即,用它們進行轉錄翻譯等)。


值得高興的是,在科學家們的不斷努力下,在最新發表在的這篇Nature論文中,他們終於創造出了能夠使用外來DNA合成蛋白質的健康細胞。為了讓細胞能夠使用這些非天然的鹼基,研究人員創建了一種修改版的tRNAs,它的功能是讀取密碼子,並將合適的胺基酸運送到細胞的蛋白質工廠——核糖體中。研究實現了將兩種非天然存在的胺基酸——PrK和pAzF整合到綠色螢光蛋白中。這些新的胺基酸沒有改變綠色螢光蛋白的形狀或功能。


Bacterial cells used their expandedgenetic code to make a modified version of a green fluorescent protein.(Images by William B. Kiosses)


3業內反響及應用前景


對於這項成果,西北大學化學和生物工程師Michael Jewett評價稱:「這是一篇多麼漂亮的論文!


University of Richmond的生物學家和生物化學家Eugene Wu認為,這是工程學領域的一次「壯舉」。


而英國卡迪夫大學的生物化學家Nigel Richards則感慨道:「一切都運作地很好,這是非常令人驚訝的。因為,這其實是一個非常複雜的系統,很多地方都可能會失敗。」


By adding a new base pair, X and Y, toDNA's A-T and G-C pairs, researchers will enable organisms to build proteinsfrom as many as 172 different amino acids.


那麼,「非天然的外來鹼基」究竟能用來做什麼呢?科學家們說,天然存在的4種DNA鹼基編碼了20種胺基酸,但額外加入非天然的X=Y鹼基對能夠額外產生多達152種胺基酸,這可能會成為新藥和新型材料的「基石」。


據悉,基於這些發現,Romesberg教授還創立一家生物技術公司,致力於將非天然的胺基酸整合到基於蛋白質的藥物中。這種方法有望幫助設計更容易被細胞吸收或毒性更低的藥物。

相關焦點

  • 《自然》重磅:超越ATCG!科學家首次合成包含六種鹼基的生命體,自然法則對生命40億年的統治終於被人類打破|科學大發現
    改良後的tRNA識別密碼子這一試驗的成功表明,人工合成的鹼基對也能完成信息的儲存和提取。意味著人類真正意義上打破了「上帝」定下的規則,即所有生命都由ATGC四個字母控制。所以接下來,我們現在需要仔細想想到底要造什麼功能的生命體了(例如萬磁王orX教授)。 正如Romesberg教授所說,「這就好像一個孩子跑進了糖果店,過去的20年裡,這個孩子一直為進入糖果店而痴迷。突然之間,他需要考慮想要什麼樣的糖果了(6)。」
  • 六個遺傳密碼的人造生命體,翻開合成生命新篇章
    地球上物種豐富多樣,形態各異,忠實地記錄著由4種核苷酸(ATCG)組成的遺傳信息。除了這四種鹼基之外,有沒有其他的可存儲生命遺傳信息的物質?對於這個問題,早在上世紀60年代,就有科學家感興趣,並猜想遺傳信息的存儲,是否會更加豐富多樣。  直到最近幾年才有一些重要進展開始出現。
  • 不再只有ATCG!含8個鹼基的DNA首次合成
    Benner認為,擴充版的密碼本,同樣可以支持生命。他們這項最新的這項研究首次系統性地證明,互補的非自然鹼基能夠相互識別並結合,它們形成的雙螺旋結構能保持穩定。這項成果引發了多方關注和讚譽。「這是一個真正的裡程碑。」未參與研究工作的美國斯克裡普斯研究所的化學生物學家Floyd Romesberg說,這項研究表明,地球上進化的這四種化學物質並沒有什麼特別的魔力或特別之處。
  • 「人造生命」意味著多少可能性
    本報記者 王昱         造出世界上不存在的蛋白質  地球上的生命雖然千姿百態,但卻有著一定之規。在地球上所有形式的生命體中,遺傳信息都是由四個「字母」排列而成,即核苷酸G、C、A和T,自從生命誕生的那一刻起,所有生物的「命運」就被它們所控制。40億年來,沒有任何生命能夠擺脫「上帝」創造的這套自然法則。  然而,就在最近,奇蹟發生了。
  • 人類再次扮演上帝?科學家首次合成含8個鹼基的DNA
    科學家將生命體既有的鹼基進行配對,合成了兩對新的鹼基。 近日,美國科學家在實驗室中首次合成包含8個鹼基的DNA。實驗表明,這些合成的DNA具有類似於天然DNA的存儲和轉錄信息能力。實驗成熟後,新的DNA可用於製造新生命,也可以用來合成新的藥物或者工業產品。
  • 生命字母表新成員含這4位!科學家首次展示含有8種不同鹼基字母的DNA
    科學家首次展示含有8種不同鹼基字母的DNA  Evelyn Zhang • 2019-03-10 16:21:43 來源:前瞻網
  • 「超自然」鹼基對成功生效,已在半人造生命體中合成新蛋白
    (《麻省理工科技評論》中英文版APP現已上線,年度訂閱用戶每周直播科技英語講堂,還有科技英語學習社區哦~)在過去的數十億年中,自然界只存在 4 種鹼基——腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鳥嘌呤。
  • 「超自然」鹼基對成功生效,已在半人造生命體中合成新蛋白
    ,自然界只存在 4 種鹼基——腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鳥嘌呤。現在,研究人員打破了這些規則,在 Floyd Romesberg 位於聖地牙哥的實驗室,科學家通過擴展基因編碼,在培養的細菌中增加了一對「超自然」的鹼基對:X 和 Y。更令人驚奇的是,細菌可以利用這對超自然鹼基對編碼新蛋白!這一突破一舉改變了大眾對於生命遺傳信息的認知,堪稱「顛覆遺傳密碼」的成果。
  • 美國科學家創造含人造鹼基的新生命體 向「人造生命」邁出重要一步
    數十億年來,所有天然生命的DNA都只有4個「字母」:ATCG。數年前,美國科學家創造了兩種「新字母」,並把它們引入了大腸桿菌中。 但當時還沒有生物體「認識」這兩種新字母,它們要麼排斥新的鹼基,要麼直接死去。 最近,美國研究者在這項「創造人工生命」的工作中邁出重要一步,他們培養出了一種包含人工鹼基的活生命體。這個新型生命體能合成全新的蛋白質。
  • 包含8個鹼基的合成DNA問世,或有助於搜尋外星生命
    地球生命的DNA包含四個鹼基,現在,美國科學家將生命「字母表」的數量增加了一倍,首次合成出包含八個鹼基的DNA。實驗表明,合成DNA似乎能像天然DNA一樣存儲和轉錄信息。發表於22日出版的《科學》雜誌的最新進展表明,宇宙中或許存在其他生命形式,這對於外星生命搜尋非常重要。
  • 8鹼基DNA的誕生,會是外星生命的遺傳密碼麼?
    ,因經過光譜分析後,地球上的元素與外太空的元素是一樣的,因而科學家們相信外星生命DNA與地球生命也是一樣的,幾十年來,一直以地球生命存在的方式來尋外星生命,但始終未嘗有所得。氫鍵供體原子用藍色標記,受體原子用紅色標記,每組中左邊兩對為天然鹼基核苷酸,右邊兩對為人工合成鹼基核苷酸其實,早在上個世級70年代,就已經有一些學者對上帝的自然法則發出挑戰,期望能對遺傳字母表進行擴展,只不過一直沒有成功。
  • 人工合成酵母染色體 打破生命與非生命界限
    基因工程是把一個物種的基因延續、改變並轉移至另一物種,而合成生物學是要建立人工生物系統,「讓它們像電路一樣運行」。  重塑生命,這正是合成生物學這一新興科學的核心思想。它致力於從零開始建立生物基因組,從而分解、改變並擴展自然界在40億年前建立的基因密碼。  自40多億年前生命體系誕生以來,自然遺傳規律是生命代代相傳生生不息的基本規律。
  • 突破生命法則極限!8鹼基DNA誕生,會是外星生命遺傳密碼?
    而演化的基礎就是DNA了,DNA用4個鹼基的排列組合完整地保存著遺傳信息,並利用RNA至蛋白的方法進行解碼,構築起整個生命體的基礎結構。這種DNA的4鹼基模式被認為是生命的基本存在形式,但是DNA只有4種鹼基才能存在嗎?Science上的最新文章給出了答案:8種鹼基的DNA也能存在。
  • 不再只有ATCG!科學家擴充了生命的遺傳密碼:ZPSB
    Benner認為,擴充版的密碼本,同樣可以支持生命。他們這項最新的這項研究首次系統性地證明,互補的非自然鹼基能夠相互識別並結合,它們形成的雙螺旋結構能保持穩定。這項成果引發了多方關注和讚譽。「這是一個真正的裡程碑。」未參與研究工作的美國斯克裡普斯研究所的化學生物學家Floyd Romesberg說,這項研究表明,地球上進化的這四種化學物質並沒有什麼特別的魔力或特別之處。
  • 科學家創造由8種鹼基組成的DNA,能像天然DNA一樣存儲和轉錄信息
    四種不同類型鹼基的排列組合,就如同計算機語言中的「0」和「1」一樣,儲存著地球上所有生命的遺傳信息。但是現在,研究人員通過將 4 種人工合成的鹼基,與天然存在的四種核苷酸結合,創造出由 8 種鹼基組成的 DNA 分子,命名為「hachimoji」(在日語中 hachi 代表 8,moji 代表符號),並且能夠像天然 DNA 一樣存儲和轉錄信息。
  • 科學家創造出由8種鹼基組成的DNA,能夠像天然DNA一樣存儲和轉錄信息
    但是現在,研究人員通過將 4 種人工合成的鹼基,與天然存在的四種核苷酸結合,創造出由 8 種鹼基組成的 DNA 分子,命名為「hachimoji」(在日語中 hachi 代表 8,moji 代表符號),並且能夠像天然 DNA 一樣存儲和轉錄信息。
  • 不再只有ATCG!科學家新擴充了生命的遺傳密碼:ZPSB
    地球上所有生命的遺傳信息都儲存在四種關鍵的化學物質中,也就是大家熟知的鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)。現在,有科學家腦洞大開,試圖擴充這套生命的密碼本。Benner認為,擴充版的密碼本,同樣可以支持生命。他們這項最新的這項研究首次系統性地證明,互補的非自然鹼基能夠相互識別並結合,它們形成的雙螺旋結構能保持穩定。這項成果引發了多方關注和讚譽。「這是一個真正的裡程碑。」
  • 不再只有ATCG!科學家新擴充了生命的遺產密碼:ZPSB
    Benner認為,擴充版的密碼本,同樣可以支持生命。他們這項最新的這項研究首次系統性地證明,互補的非自然鹼基能夠相互識別並結合,它們形成的雙螺旋結構能保持穩定。   這項成果引發了多方關注和讚譽。「這是一個真正的裡程碑。」
  • 《自然》:科學家發現DNA鹼基合成新路徑
    》:科學家發現DNA鹼基合成新路徑 有助於開發出高選擇性新型抗生素
  • 含8個鹼基的DNA首次合成
    地球生命的DNA包含4個鹼基,現在,美國科學家將生命「字母表」的數量增加了一倍,首次合成出包含8個鹼基的DNA。實驗表明,合成DNA似乎能像天然DNA一樣存儲和轉錄信息。發表於《科學》雜誌的最新研究成果表明,宇宙中或許存在其他生命形式,這對於外星生命搜尋非常重要。