科學家提出高通量鑑定人單核苷酸多態性

2020-12-04 科學網

科學家提出高通量鑑定人單核苷酸多態性

作者：

小柯機器人

發布時間：2019/7/27 10:16:59

荷蘭癌症研究所Bas van Steensel團隊取得一項新突破。他們的最新研究提出了用高通量的方法調查和鑑定影響調控元件活性的人類單核苷酸多態性。 該研究於2019年7月發表於國際學術期刊《自然—遺傳學》上。

研究組利用高通量和高解析度的調控元件調查(SuRE)報告技術來調查590萬個SNPs(包括57%的已知常見SNPs)對增強子和啟動子活性的影響。研究確定了有超過30,000個SNP可以影響一些假定的調控元件的活性，並且部分以細胞類型特異性的方式影響調控元件的活性。將這一數據集與GWAS結果相結合，可能有助於查明SNP在影響人類特徵方面的作用。

據了解，人類基因組中數以百萬計的snp中，大多數是非編碼的，而且許多與假定的調控元件重疊。全基因組關聯研究(GWAS)已將許多snp與人類特徵或基因表達水平聯繫起來，但很少有足夠的解析度來鑑定出有因果關係的SNP。以前，基於報告實驗的功能性篩選的通量很小，不足以測試如此大量的SNP對調控元件活性的可能影響。

附：英文原文

Title: High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Author: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Vsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel

Issue&Volume: Volume 51 Issue 7, July 2019

Abstract: Most of the millions of SNPs in the human genome are non-coding, and many overlap with putative regulatory elements. Genome-wide association studies (GWAS) have linked many of these SNPs to human traits or to gene expression levels, but rarely with sufficient resolution to identify the causal SNPs. Functional screens based on reporter assays have previously been of insufficient throughput to test the vast space of SNPs for possible effects on regulatory element activity. Here we leveraged the throughput and resolution of the survey of regulatory elements (SuRE) reporter technology to survey the effect of 5.9 million SNPs, including 57% of the known common SNPs, on enhancer and promoter activity. We identified more than 30,000 SNPs that alter the activity of putative regulatory elements, partially in a cell-type-specific manner. Integration of this dataset with GWAS results may help to pinpoint SNPs that underlie human traits.

DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

Source: https://www.nature.com/articles/s41588-019-0455-2

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