本研究應用MALDI-TOF MS原理，在Clin-ToF-Ⅱ飛行時間質譜系統上，建立了PCR-核酸飛行時間質譜檢測SARS-CoV-2的方法。並通過對 COVID-19 疑似患者的核酸樣本進行檢測，評價檢測性能及實際應用價值。
PCR-核酸飛行時間質譜方法可應用於SARS-CoV-2核酸檢測，有較好的特異性和敏感性，樣本檢出率高於實時螢光定量 PCR 方法，尤其對實時螢光定量 PCR 報告疑似樣本有較高的陽性率，可明確判斷結果，降低漏診率。在現有SARS-CoV-2臨床診斷及密切接觸者確診環節中，存在大量可疑樣本需要實驗室檢測的多次驗證，該方法的建立大大提高了檢測效率，減少了實驗室重複驗證的過程，更早地提供了實驗證據，也為疫情研判縮短了時間。
樣本的病毒含量、標本類型、試劑盒質量、採樣方法，樣本運輸等問題均可能導致核酸檢測結果不準確，且容易出現「假陰性」現象，本研究通過對咽拭子和痰液標本的檢測結果分析，發現無論是實時螢光定量PCR法還是PCR-核酸飛行時間質譜法，疑似COVID-19病例的痰液樣本陽性檢出率明顯高於咽拭子樣本，且假陰性率低於咽拭子樣本。這與SARS-CoV-2 易於在下呼吸道繁殖生長相吻合，提示樣本採集應儘量採集下呼吸道標本。
飛行時間質譜技術在應用方面不僅可以進行蛋白質多肽檢測、微生物鑑定、糖基化檢測，同時還可以進行基因的SNP、突變、甲基化及拷貝數變異（copy number variation，CNV）分析。在臨床檢測領域，其基因檢測的功能還未得到充分的開發，但鑑於其靈敏度高、特異性強，檢測成本低、高通量和高準確性等特點，在核酸檢測方面具有廣闊的應用前景。