最近幾年來，基質輔助雷射解吸電離飛行時間質譜（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight MassSpectrometry，MALDI-TOF MS）產品火爆，MALDI-TOF MS為什麼這麼火爆呢？原因很簡單，就是利用MALDI-TOF MS進行臨床微生物鑑定的市場太誘人，當然也有一些廠家開發出基因分型分析、生物標誌物鑑定、質譜成像等應用的發展，這樣MALDI-TOF MS越來越被臨床檢測領域所青睞。
這些火爆和青睞背後有些真真假假的事情，陸續推出系列MALDI-TOF MS的真真假假（僅涉及微生物方向，對於其他方向另議），供各位朋友交流，本交流僅代表個人觀點，僅供娛樂參考。
絕大多數專家學者和一些從業者，包括一些MALDI-TOF MS質譜廠家都認為MALDI-TOF MS檢測的是蛋白，甚至說成核糖體蛋白，核糖體蛋白在微生物體內相對穩定，如果檢測穩定物質，檢測技術就是可靠的，先看一下MALDI-TOF MS檢測的是蛋白的證據：
國內臨床微生物行業的聖經級參考書為CLSI，每年更新陸續有專家解讀，2017年4月CLSI發布了M58《Methods for the Identification of Cultured Microorganisms Using Matrix-AssistedLaser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry》（該文章還沒有看到有專家解讀），在這篇文章中提到「Many of these mass peaks represent small- andlarge-subunit ribosomal proteins, nucleic acid binding proteins, and heat shockproteins, which are typically well conserved.」由此印證了MALDI-TOF MS檢測的是蛋白。
另外一些專家學者的講稿、廠家的宣傳，不再展示，自行查詢。
為了探索究竟，我們先看一下MALDI-TOF MS的原理圖（圖1），雷射激發後，樣本成份（該圖上顯示樣本蛋白，確切表達應該是樣本成份）攜帶基質形成電荷雲，每個樣本成份攜帶幾個電荷？顯示到質譜圖上橫坐標是質荷比，縱坐標是強度（即量的多少），比如在質荷比4365處有一個峰，大多專家學者都認為是一個電荷，4365就是這個蛋白的分子量，但是MALDI-TOF MS技術本身是不能確定的帶幾個電荷的，質荷比4365如果是帶兩個電荷，其代表的分子量應該是8730，帶3、4……個電荷呢？假設是樣本蛋白攜帶基質形成電荷雲，有一個事實：蛋白質是20種不同胺基酸連接形成的多聚體，由一級結構、二級結構、三級結構和四級結構，這樣更加劇所帶電荷的不確定性。
再看CLSI M58中這句話「Many of these mass peaksrepresent small- and large-subunit ribosomal proteins, nucleic acid bindingproteins, and heat shock proteins, which are typically well conserved.」 其來源文獻1
這篇文獻中有下圖（圖2），該表格有個說明「Only the putatively assignedproteins peaks are shown.（見a）」表明該實驗室數據的蛋白是putatively assigned，不一定是真實的，該表格第一列是質譜圖顯示的m/z,第二列Possible protein identity，這兩列的對應關係是Possible，該文獻中並不能確認質譜峰代表蛋白，文獻中使用了「推定的」、「被分配的」和「可能的」等不確定性詞語。由此可見M58文中「Many of these mass peaks represent……」represent的表述是不妥的。
再看ATCC8739大腸埃希菌在不同基質下的質譜圖（圖3）,使用常規的CHCA基質得到峰圖與文獻對應的蛋白是匹配的（如4365、5096、5381、6255、6316、7158等），而使用SA基質這些峰是沒有的，如果MALDI-TOFMS檢測的是穩定的大小亞基核糖體蛋白、核酸結合蛋白和熱休克蛋白，那麼在SA基質輔助下這些峰應該有所表現。目前市面上一些資料庫都是基於CHCA的基質輔助。
舉例（或許不恰當）：利用MALDI-TOF技術對我們檢驗科所有人員（假設是一個有機體）進行分析得出一個質譜圖，其縱坐標為數量，橫坐標為體重如下圖（圖4），該圖只能反映科裡每個體重多少人，如55kg的10人，這10個人胖瘦不知道，高矮不知道，學歷高低不知道等等的不知道，可見MALDI-TOF技術還是有些局限的，它僅能得到一個縱坐標為強度，橫坐標為質荷比的質譜圖，其他信息都是可能、假定等等的不確定。
綜上所述，MALDI-TOF MS檢測的不一定是蛋白，是核糖體蛋白也就更不完善了，檢測的可能是蛋白、可能是核酸、可能是糖類、可能是抗體、可能是抗原……一切皆有可能。這樣MALDI-TOF MS檢測是多樣性的，並不是僅限於檢測蛋白，多樣性檢測需要前期大量數據的摸索。
編輯：豆芽 審校：Bling