隨著養殖業的加速發展，在市面上出售的新鮮雞蛋中，七成以上屬「籠養雞蛋」。2007年，歐洲食品安全局經研究得出結論：籠養母雞比放養母雞感染沙門氏菌的機率高出25倍，所產的雞蛋感染沙門氏菌等危害人體健康細菌的機率也大大提升。
沙門氏菌常見於蛋、肉類和未經過殺菌程序的奶，可引致食物中毒。根據資料顯示，沙門氏菌可在蛋殼形成之前，經受感染的卵巢或輸卵管組織傳入蛋內，所以即使蛋殼完整，蛋內亦可能含有沙門氏菌；蛋殼沾上糞便是另一個感染途徑，蛋殼潮溼、雞蛋於室溫下存放、蛋殼破裂，都可導致沙門氏菌從蛋殼上的小孔或裂紋進入蛋內。
放養雞染菌風險較低
為何籠養母雞感染沙門氏菌的風險大增，最主要因素是雞群密度，愈密愈容易受感染，沙門氏菌通常隨糞便排出，工業式生產雞蛋的雞場，通常用金字塔式雞籠，一層疊一層，上層的排洩物會掉到下層，底層的雞更容易受感染。一般農場地面以水泥鋪砌，雞的排洩物會積聚在地面，清潔時才用水衝走。
而放養方式養雞，雞可以自由走動，曬太陽，出產的雞蛋則相對衛生。自行洗蛋不當破壞保護層反招菌
臺灣出售的洗選蛋以及部分從日本和泰國進口的雞蛋是經過清洗消毒處理的。生產商會把處理好的雞蛋，再塗上人工保護膜，防止雞蛋受到二次汙染。臺灣食品藥物管理署的新聞稿指出，洗選生鮮蛋品是指禽蛋搜集後，經洗淨、風乾、檢查、包裝，有助降低沙門氏菌汙染。但若過程處理不當，將蛋殼外的保護層洗除，有可能使蛋品受洗潔劑或微生物汙染。
自行洗蛋可不可行呢？這需要慎重處理。雞蛋殼本身是一個很好的天然屏障，如果清洗不當或會破壞表層膜，反而將細菌帶入蛋內，用冷水、室溫水會增加細菌進入蛋內的風險；應使用微溫水，能令蛋孔內的空氣膨脹，防止細菌進入。但搞不好就適得其反，所以不建議自行洗蛋。
食物安全中心工作人員建議，在一般情況下，雞蛋毋須清洗，若蛋殼沾有鳥糞，可用水清洗，之後應立刻烹煮。如果想儲存雞蛋，不是立刻食用的話，就不適宜洗蛋。
雞注射疫苗≠不含沙門氏菌
除了洗選蛋，超市亦出售印有不含沙門氏菌的雞蛋，聲稱雞蛋由注射過沙門氏菌疫苗的母雞產下。但注射疫苗只不過是增加雞對那種菌的抵抗力，亦不能100%保證不會感染沙門氏菌，因為沙門氏菌也可透過環境媒介傳染，若產蛋後，周邊的草、禽畜帶菌，也可能會汙染剛產下的蛋。
巴士德消毒較安全
不少甜品都會用雞蛋作材料，過程中未經加熱處理，例如義大利芝士蛋糕、布丁、慕司等，存有感染沙門氏菌的風險。建議選用經巴士德消毒法消毒的蛋或蛋製品，來製作不需要加熱處理的食品。巴士德消毒是一種在一段時間內把食物加熱至某個溫度，減低細菌總數的熱處理方法。
經巴士德消毒的雞蛋較安全，要製作不經烹調的蛋食品，除可選用巴士德消毒雞蛋，亦可用脫水的雞蛋粉，但老人、兒童、孕婦、長期病患者則要加倍小心。因細菌繁殖速度取決於存放環境的溫度和時間，一般較暖溫度有利細菌繁殖。所以，建議將雞蛋存放在陰涼及乾爽地方，最好是在冰櫃內4攝氏度以下，能減低細菌生長速度。