焦磷酸(甲基化驗證)測序注意事項

2021-02-23 琳琳貓基因

根據最近的反饋,大家對焦磷酸測序的一些注意事項還不太了解,一個個解釋太累了,還是匯總一下,希望大家能認真的看。

一、樣本製備

焦磷酸測序對樣本量要求不高,

1、濃度30ng/ul,其實幾個ng也可以,只是濃度達標了成功率高些,平時的石蠟切片,糞便裡的細胞等提取的DNA,其實都可以做的,所以大家不用太在意濃度,但送樣時需要交代清楚(我們會根據濃度採用不同擴增方法)。

2、純度1.8左右(這個是硬性規定),雜質多會對實驗有影響。

3、體積一般要達到30ul,主要是怕管壁容易粘著,體積越少越容易損失,用量其實不多,多餘的樣本都會返還(除非客戶發郵件確定樣本不要了),不用擔心樣本會丟掉。

二、評估流程

1、客戶需要提供的信息

a、物種類型(方便我們查找序列)或者直接提供序列標記出需要做的CG位點

如果是晶片驗證,則提供晶片版本號以及對應的資料庫版本、位點編號、染色體編號

b、樣本數和基因數或者位點數(樣本太少一般不接的,湊板難湊齊,人工費也耗費的多),特別是基因數多,位點少的,客戶也不划算,因為測序沒幾個,就光給合成引物了,引物費貴(修飾引物)

c、樣本類型(比如石蠟切片,樣本類型不同,評估的方式也不一樣)

d、提供以上信息後,我們會評估(流程見上一篇),評估後客戶根據自己需要,選擇相應的片段來做。

e、確定好樣本個數,所要做的基因片段或者位點,請提供給我們單位信息、開票所需的資料,我們做好合同,開票(預付60%)到款後開工(或者打個人押金立即開工,款到後退還押金)。

三、費用計算

計算公式:

引物費=引物套數*引物單價

亞硫酸鹽處理費用=樣本個數*亞硫酸鹽處理單價

測序費用=樣本個數*引物套數*測序單價

以上三項費用合計起來就是總價

備註:

1、測序平臺有Q96與Q48,評估出來是哪個平臺,就按哪個測序單價計算。

2、測序單價是按總反應數梯度價進行選擇,如果樣本有95個,有2套引物,一套適合Q96(常規款),另一套適合Q48(最新款,測序長度更長,上樣量更低,可以測更多結構),分別單獨計算,不能兩個平臺都按95*2的價格計算,只能單獨按95個反應計算。

3、請不要還價,我們沒有銷售,已經把價格壓到最低了,如果希望價格低,那只能多些反應數,按照梯度價格表了。全部用的qiagen的試劑,試劑成本大家都可以在qiagen官網查詢,再包括人工,房租,水電,儀器折舊,稅,利潤所剩無幾了,我們也就是賺個人工費,希望大家諒解。

另外也不要覺得比誰家貴一點點,qiagen的亞硫酸鹽處理試劑盒是可以保存半年左右,很多老師都是陸陸續續增加位點做的,多數試劑盒處理的基本都是2周左右開始降解,2周時間一花就沒了,再增加一個基因,又得重新處理,再收一次費,不光多花了時間,還多花錢。

4、本實驗室僅對樣本測序結果負責,舉個簡單的例子:大家平時測突變的時候,這個樣本沒有突變,峰圖都給你了,測序質量也沒問題,但你非要突變,那這個我們是不負責的,我們保證實驗數據的真實性。

每次遇到學校寒暑假財務關門的時候,都沒有收大家的錢,提前開工了,但是現在快5月了,一部分錢還沒收回來,希望大家體諒一下我,催實驗結果的時候,我們春節都沒放假給大家加班,一直拖著,大家於心何忍?我們買qiagen的試劑,是必須付全款才能拿到貨的,琳琳姐心都碎了,每次催帳都要糾結幾天才敢發個信息問一下,生怕得罪了你們,我就感覺是自己欠錢了一樣。

回款晚點,我都能理解,畢竟很多醫院報銷慢,但至少得讓我心裡有個數,告訴我大概回款時間對不?

我知道你們不是故意拖欠,只是有拖延症,畢竟這個事沒有影響到你們生活,可我要靠這個生活的哇,拜託大家了!

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