馬丘比丘被稱為「消逝在雲霧中的城市」，也被形容為神秘的「空中之城」。建於萬丈深淵之上
馬丘比丘被稱為印加帝國的「失落之城」，距當時的都城庫斯科120公裡，坐落在安第斯山脈最難通行的老年峰與青年峰之間陡峭而狹窄的山脊上，海拔2400米。在印加語中，馬丘比丘代表「古老的山巔」。
外界公布的馬丘比丘發現者是美國人海勒姆·賓厄姆三世，賓厄姆先生是電影《奪寶奇兵》中印第安納·瓊斯教授的原形。其實早在他之前就有一名德國工程師到此地一遊，不僅繪製了詳細的地圖，還帶走了大量的文物。其實當時賓厄姆先生本來想找的是另一個古城，但是嚮導以為他要找的就是馬丘比丘，就帶著他來到這裡。而賓厄姆就像世界宣稱是他發現了馬丘比丘。
秘魯的馬丘比丘遺址距古代印加帝國的都城庫斯科120公裡左右，全城面積約9萬平方米。馬丘比丘實際上很小，甚至都稱不上一個城市，這裡有200座建築，包括神廟、房屋、倉庫和一些公共設施，由切割整齊的石頭砌成。而這些切割整齊的石頭建築正是馬丘比丘留給世界的未解之謎。
一方面，馬丘比丘建築採用的石塊都是最光滑和平整的巨石，巨石之間沒有任何黏合物，卻嚴絲合縫到連一張薄紙都無法插進。這種工藝的秘訣無人知曉，也沒有相關的記錄流傳下來，人們對此雖然做過許多推測，但是並沒有得到確切的答案，甚至曾經有人提出，印加人大概發明出了一種可以讓石頭變軟的化學藥劑，讓石頭才能彼此之間契合的如此緊密。
另一方面，就是運輸問題。對於古代建造大型建築，現代人一直都有多方的揣測，比如說馬丘比丘這裡，成千上萬塊巨大的花崗巖石，來自於山下600米的採石場。但是如何運輸到這裡就是個未解之謎了，要知道，哪怕在可以動用滑輪、電纜、飛行器等大型運輸工具的今天，要把海量的巨石運上懸崖也極為困難，沒有人知道印加人是如何做到的。
雖然馬丘比丘在考古學上首屈一指，名堂響亮，可是對於它的歷史卻是略知皮毛而已。由於印加文化裡沒有文字，歷史全憑口述流傳，根本沒有任何記載。有人猜測，當時印加人不願讓城堡被西班牙人佔領，個個守口如瓶不提以致失傳。況且城堡建於陡峭狹窄的山脊，又被四周的崇山峻岭包圍遮蓋住。
因此也沒被西班牙人發現。大部分挖掘出來的遺體都是女性，所以有人猜測，馬丘比丘是特地用來贍養婦女以供男人所需。但從建築的結構來看，它並不適宜居住，只是作為舉行慶典儀式之用罷了。