① 真核基因組比原核基因組大得多
② 原核基因組的大部分序列都為編碼基因，而哺乳類基因組中只有10%的序列編碼蛋白質、rRNA、tRNA等，其餘90%的序列，包括大量的重複序列功能至今還不清楚，可能參與調控。
③ 真核生物編碼蛋白質的基因是不連續的，轉錄後需要剪接去除內含子，這就增加了基因表達調控的層次
④ 原核生物的多順反子mRNA使得幾個功能相關的基因自然協調控制；而真核生物mRNA是單順反子。許多功能相關的蛋白、甚至一種蛋白的不同亞基也將涉及到多個基因的協調表達。
⑤ 真核生物DNA與多種蛋白質結合構成染色質，這種複雜的結構直接影響著基因表達；
⑥ 真核生物有核DNA與線粒體DNA，二者既相互獨立又需要協調。
1、增強子（enhancer): 增強子是一種能夠提高轉錄效率的順式調控元件
①屬於順式作用元件；
②與特異轉錄因子結合才能表現活性；
③不僅能夠在基因的上遊或下遊起作用，而且還可以遠距離實施調節作用；
④增強子作用與序列的方向性無關；
⑤增強子需要有啟動子才能發揮作用，沒有啟動子存在，增強子不能表現活性。
2、沉默子（silencer）:是一類基因表達的負性調控元件，當其結合特異蛋白因子時，對基因轉錄起阻遏作用。