國家基因庫投入運營:全球最大,採用阿里雲技術

2020-11-25 環球網

9月22日,位於深圳大鵬新區的中國首個、全球第四個國家級基因庫正式投入運營。國家基因庫是全世界最大的綜合性基因庫,1期建成後,綜合能力世界第一。

這裡既有保存動植物、微生物和人類組織細胞等樣本的「溼庫」,也有匯集各種生物信息的「幹庫」——數據中心。為了確保「幹庫」具備優良的數據吞吐能力和足夠安全可靠,國家基因庫運營方華大基因同阿里雲達成戰略合作,基於阿里雲飛天作業系統構建了基因檢測大數據分析平臺,解決了生物大數據高性能計算難題。

國家基因庫執行主任、華大基因研究院院長徐訊介紹說:「我們希望打造中國乃至世界最大的生物信息數據中心,像是生命健康數據領域的谷歌。」記者在現場看到,基因庫內擺放的多臺基因測序儀正不停的運轉。它們每天都產生著大量的基因數據,這些數據被傳輸到數據中心,並面向全球的科研機構和企業開放。

據了解,國家基因庫已實現對基因信息數據總量達20PB的訪問支持。20PB是什麼概念?以一部電影500MB計算,20PB(1TB=1024GB,1PB=1024TB)相當於4千萬部電影,一個人一天看一部電影需要10萬年才能看完。

國家基因庫是真正的『國庫』,比銀行的金庫還要寶貴。因此,技術是否自主可控、是否足夠安全,也成為運營方衡量的標準。阿里雲的飛天系統,由阿里巴巴的工程師自主研發,能夠將成千上萬臺機器變成一臺超級計算機,在存儲和計算性能上遠超國外技術。同時,具備支付寶、淘寶同量級的安全防禦能力。

徐訊說,在農業時代,一個國家擁有的耕地越多優勢越大;在工業時代,擁有的石油、礦產等能源越多優勢越大;而在生命時代,擁有更多的基因資源同時能對基因資源進行認知和利用,則意味著更大的優勢。

在國家基因庫建成前,我國每年產出的大量基因數據都存在國際三大資料庫——NCBI、EBI、DDBJ中,在基因數據已成為戰略資源的現在,國內不能保存我國獨特的基因數據,這本身就是一種風險。

阿里雲的計算能力還將為科學家解讀生命密碼提供幫助。徐訊說,「我們每個人大約有3個GB的基因組大小,但是我們真正能讀得懂的區域只有1%的區域,99%的區域我們是不理解的。」

基因庫的建立將推動基因的進一步解讀和利用。「怎麼樣能理解更多呢?就像我們做人工智慧研究一樣,機器要想學會下棋就需要看上萬部的棋譜。這個也是一樣的,要看懂人類基因組上的未知區域就必須依賴更多的數據,增加10%的理解至少需要一百萬到一千萬新增人的數據。所以,只有大量提供數據才能產生出新的理解,而產生出新的理解之後測序的價值就會更大。」

基因與雲計算的結合已成為一種趨勢。即將開幕的全球雲計算頂級會議——2016杭州·雲棲大會上,更是單獨為基因計算設置了專場討論,引發關注。

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