假定在一個雙鏈DNA分子內某些片段含有較多G-C鹼基對,根據它們局部Tm值差,用電子顯微鏡就可以觀察和測量到這些片段,如在DNA某一片段內含有較多的A-T鹼基對,在某一個溫度時就可能出現雙鏈解離的現象。但在同一溫度下,含G-C對較多部分仍然保持雙鏈結構。這是一種非常有用的技術。
變性DNA只要消除變性條件,二條互補鏈還可以重新結合,恢復原來的雙螺旋結構,這一過程稱為復性(renaturation)。通常DNA熱變性後,將溫度緩慢冷卻,並維持在比Tm低25~30℃左右時,變性後的單鏈DNA即可恢復雙螺旋結構,因此,這一過程又叫做退火。復性後的DNA,理化性質都能得到恢復。倘若DNA熱變後快速冷卻,則不能復性
影響復性速度的因素很多,同樣條件下,DNA順序簡單的分子復性很快,如polyd[T]和polyd[A]由於彼此互補識別很快,故能迅速復性。但順序較複雜的DNA分子復性則較慢。因此通過變性速率的研究,可以了解DNA順序的複雜性。DNA片段的大小也影響變性的速率,因為DNA片段愈大,擴散速度愈低,使DNA片段線狀單鏈互相發現互補的機會減少。因此,在復性實驗中,有時將DNA切成小片段,再進行復性。同樣條件下,同一種DNA濃度愈高,復性速度也愈快。溶液的離子強度對復性速度也有影響,通常鹽濃度較高時,復性速度較快。
Doty研究小組是最早對DNA變性過程進行深入研究的。它們所獲得的結果表明,在達到Tm值時,兩條DNA單鏈分離開。如果在加熱之後慢慢地冷卻,則出現部分復性,即DNA的一部分回復到雙螺旋結構。復性的程度取決於DNA濃度及信息含量的多少。病毒DNA(信息含量少)比哺乳動物DNA容易復性,而DNA濃度較高時,有利於復性,快速冷卻使DNA仍然處於變性狀態,這時自由單鏈成鏈線團結構。對這種情況,人們稱之為螺旋-線團轉化過程(helix-coil-transition)。快速冷卻時消光係數固然有所下降,但比天然DNA的數值始終要大。