復旦大學牽頭承擔國家重點研發計劃蛋白質機器與生命過程調控重點專項2016年度項目4項，分別是「病原菌核糖體調節因子的發現、鑑定及調控機制研究」、「表觀遺傳調控中關鍵蛋白質機器的結構功能研究」、「蛋白質組精準鑑定搜尋引擎及技術體系」、「鎂離子通道蛋白的結構和功能研究」。近期，在復旦大學召開了4個項目實施啟動會，邀請同行專家對項目研究計劃進行了深入論證，復旦大學科技處、相關院系和項目參與單位以及科技部高技術研究發展中心參加了會議。
項目負責人李繼喜研究員、徐彥輝教授、陸豪傑教授和服部素之研究員介紹了項目的總體情況，全面闡述了前期工作基礎、項目實施方案、預期成果、管理機制、項目執行可能出現的難點和風險點的控制、研究任務分工、經費使用等。各課題負責人詳細匯報了所承擔的研究任務、實施方案、人員分工等進行了的。與會專家對項目及課題的研究目標、技術路線、工作計劃等進行了評價，提出了意見和建議。
「病原菌核糖體調節因子的發現、鑑定及調控機制研究」項目針對我國臨床耐藥嚴重的兩類病原菌—結核分枝桿菌和腸桿菌，系統發現並鑑定新型核糖體結合/調控蛋白，探索與核糖體組裝及蛋白質翻譯相關的新調節因子和調控機制；深入研究細菌特有反式翻譯拯救失活核糖體過程以及核糖體蛋白翻譯後修飾過程，解析結構基礎；系統研究細菌特異性核糖體開關與藥物靶點關係，通過與哺乳動物核糖體比較，提高對抗生素藥物靶點的認識，發現並驗證相關抗菌藥物新靶點，為新型高效抗生素的開發奠定理論基礎。
「表觀遺傳調控中關鍵蛋白質機器的結構功能研究」項目圍繞表觀遺傳調控中關鍵蛋白質機器，以解析表觀遺傳調控蛋白質機器結構為切入點，研究複合物在核小體層面的動態過程，闡明相關組成、結構和功能，系統揭示調控基因表達和細胞命運決定的分子機制。項目將在分子水平上深入研究表觀遺傳調控的基本規律，推動表觀遺傳調控領域的發展，提升我國在表觀遺傳調控、結構生物學等領域的國際地位。
「蛋白質組精準鑑定搜尋引擎及技術體系」項目基於前期開發的我國首個具有自主智慧財產權的蛋白質鑑定搜尋引擎和蛋白質組學分析技術體系，進一步提升蛋白質組數據分析的靈敏度、速度和精準度，建立具有自主智慧財產權的下一代蛋白質組精準鑑定搜尋引擎及技術體系，助力實現我國在蛋白質研究領域的「領跑」。預期為生命系統中蛋白質機器的規模化研究提供重要技術支撐，為新藥研發、醫學診斷等領域提供更為可靠的蛋白質組學解決方案。
「鎂離子通道蛋白的結構和功能研究」項目以Mg
2+通道蛋白家族中唯一未有全長結構報導的受ATP調控的CNNM和服部素之研究員在世界上率先進行結構解析的MgtE 為對象，採取結構生物學、電生理學及化合物虛擬篩選為主的方法，研究Mg
2+通道的離子選擇性、門控機制、相互作用蛋白等調控機制及新型Mg
2+通道調控化合物的篩選和調控機制，揭示Mg
2+通道的三維結構及動態變化機制，全面理解離子通道蛋白運輸Mg
2+的分子機制。
作為項目牽頭單位，復旦大學建立完善科研項目和經費分級管理體制，根據「統一領導、分級管理、責任到人」的原則，由校領導和職能部門、院系（所）、項目（課題）負責人三級管理架構組成。復旦大學高度重視項目執行過程中的管理與條件保障，針對蛋白質重點專項目標導向明確、資助強度大、任務重、時間緊、考核嚴的特點，加強管理、落實責任、挖掘潛力、提高效率，協調相關資源，保障任務實施。根據蛋白質重點專項國撥經費的新方式，改進了學校科研管理系統，積極協助各項目負責人及時做好經費撥付等工作。為確保項目的組織實施，加強專業化管理，學校鼓勵項目負責人聘用科研財務助理，著手制定科研助理管理辦法，籌備項目科研助理培訓會，宣貫相關管理辦法，提高科研助理專業素質。