First published: 29 April 2019
本文是一篇指導性的短文，分享了很多資源。原文沒有分類，這裡分類簡要介紹。
Ecosystem function and microbial diversity
https://www.frontiersin.org/research-topics/1786/linking-ecosystem-function-to-microbial-diversity
這個網站匯集了一些微生物結構及其功能的文章。目前有10篇，不是很全。
Scaling laws and microbial diversity
https://www.pnas.org/content/113/21/5970
這篇文獻之前分享過，見
Preserving microbial diversityhttp://science.sciencemag.org/content/362/6410/33
這篇觀點文章認為工業化改變了人類的飲食，從而改變了人類腸道微生物群所處的環境，進而改變了群落結構。
Microbial diversity in natural ecosystemshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4852739/
這是一篇綜述，討論了當前測序技術帶來的影響，及像地球微生物組計劃這樣的項目對探索地球不同生態系統中的微生物多樣性的影響。
fusionDB: Microbial diversity and environmental data
https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D535/4588109
該資料庫包含了1374種不同的細菌及其生態學和生理學的數據(生境/生態位，適宜溫度和氧氣利用)。
NCBI Taxonomyhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy
這個不用多說。
16S Refseq records:NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=33175%5BBioProject%5D+OR+33317%5BBioProject%5D
這個也不用多說。
BacDive databasehttps://bacdive.dsmz.de
微生物多樣性的資料庫，2012年推出，目前包括超過50000種細菌和古菌的分類、形態學、生理學、培養、起源和自然棲息地的信息。可由下面介紹的DSMZ進入。
https://img.jgi.doe.gov
是支持美國能源部聯合基因組研究所(JGI)而建立的資料庫，包括微生物基因組和微生物組數據集的注釋、分析和分布。可用於自己數據的注釋和分析。
Microbial diversity: Then and nowhttps://learn.genetics.utah.edu/content/gsl/diversity/
網站提供有關微生物多樣性及其與環境相關性研究的簡短但有用的指南。
Earth microbiome projecthttp://www.earthmicrobiome.org
大名鼎鼎的地球微生物組計劃。
https://www.dsmz.de/bacterial-diversity.html
該網站與多個網站連接，提供與微生物多樣性、基因組、生理學和環境相關的信息。
http://gcm.wfcc.info
網站提供世界範圍內菌株的培養信息。目前包括429105種菌株；53615個種；126種培養基。涵蓋了47個國家和地區。
http://www.bacterio.net
該網站提供微生物菌株的分類學、分離條件和基本性質的信息。
http://eawag-bbd.ethz.ch/servlets/pageservlet?ptype=allmicros
網站包含生物降解活性為特徵的細菌和真菌的信息，包括降解途徑、基因和酶的信息。
Reference:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1462-2920.14625
一個環境工程專業卻做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困擾。想給自己一點壓力，爭取能夠不定期分享學到的生信小技能，亦或看文獻過程中的一些筆記與小收穫，記錄生活中的雜七雜八。
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