↑↑點上面藍色小字 | 關注↑↑
本文內容原創
【如需轉載，請在後臺留下您的公眾號，
獲得授權後方可轉載】
今天盧瑟菌給大家隆重推出一個超級好的網站，網站名字叫KOMODO(Known Media Database)，沒錯，網站作者就是嚴(tiao)肅(pi)地把科莫多巨蜥的照片放在了網站主頁，見下圖1左上角。言歸正傳，這個網站的神奇之處就在於可以根據細菌或古菌16S rDNA的序列來預測培養該菌的培養基配方！文章發表在2015年10月13號的Nature communication上[1]，見下圖2。
圖1 KOMODO網站主頁截圖
圖2 15年10月發表在NC上的微生物培養基預測文章
1. 該網站的意義
這是個很了不起的工作，說他了不起是因為目前環境中的微生物絕大多數（90%~99%）是不可培養的[2]，因對不同微生物培養條件(尤其是培養基配方)的不了解，阻礙了微生物的分離培養。隨著高通量測序技術的發展，目前有大量文章是在做基於16S rDNA的微生物非培養多樣性，但拿不到菌種使得目標微生物的應用和機理研究成為空中樓閣。有了這個網站就可以有依據的預測目標微生物的培養基配方了。因此可將基於16S rDNA的微生物多樣性數據與目標菌株的分離培養有機銜接起來，大大加速從生態研究到微生物資源挖掘的進程，研究思路如下圖3。
圖3 KOMODO將非培養的16S rDNA多樣性研究與目標微生物分離有機結合起來
2. 該網站的原理
該網站結合了NCBI的微生物分類和微生物培養基資料庫(DSMZ)等（圖4A），依據傳遞預測模式(Transitive prediction schema)，即若微生物A和B均可利用培養基1、微生物B和C可利用培養基2，微生物C可利用培養基3，那麼依次傳遞推理，微生物A應該也可以利用培養基3（圖4B）；和協同過濾預測(collaborative filtering predictor)，即根據16S rDNA的系統進化相似性，根據已知培養基的物種來推斷其相似性高的近緣物種的培養基（圖4C）。
圖4 KOMODO網站工作原理
3. 該網站的用法
(1) 打開連結(http://delta-tomcat-vm.cs.tau.ac.il:40678/komodo/growrec.htm)進入KOMODO頁面，如下：
(2) 輸入相應內容後，點擊提交。如下圖以某石油降解菌的16S rDNA為例。
內容填寫時注意：
Is organism Aerobic (Yes|No|Unknown):根據實際情況填寫物種的需氧情況，只能填Yes或No或Unknown；
Does Organism grow in Saltly Media (Yes|No|Unknown): 根據實際情況填寫物種的鹽度情況，只能填寫Yes或No或Unknown；
Maximal phylogenetic distance (range:0.0 - 1.0, default:0.04):可輸入0-1之間的數字，一般默認即可。
NCBI taxon ID (optional parameter - can be replaced by 16S data):和下面的16S data (optional parameter - can be replaced by NCBI Taxon ID):兩者只能輸入一個，建議最好直接在16S data右邊的框裡輸入FASTA格式的序列即可。
Blast 'Identities' Low Limit % 表示與你16S序列相似的最低限是多少，默認85%，可根據實際情況適當提高。
如上圖中，填寫完整後，點擊左下角「submit」提交後等幾分鐘即可得預測結果，如下圖：
網站會根據你填寫的信息給出推薦的不同培養基，如上圖例子中給出了四種培養基，點擊培養基對應的連結可以直接下載PDF版的培養基配方，如下圖PDF版推薦培養基示例：
哦，對了，網站的作者很歡（dou）樂（bi），因為，如果你輸錯了參數就會出現下面的一幕。。。。。
參考文獻：
[1] Oberhardt M A, Zarecki R, Gronow S, et al. Harnessing the landscape of microbial culture media to predict new organism-media pairings[J]. Nature communications, 2015, 6.
[2] Schleifer K H. Microbial diversity: facts, problems and prospects[J]. Systematic and applied microbiology, 2004, 27(1): 3-9.
答謝：
感謝微生物物種分類領域的專家劉陽博士對此文章的推薦 ，歡迎各位專家同仁積極推薦優秀文章或撰寫投稿~
這裡是「微生物生態」，「科學思想值得傳播」，歡迎轉載！
長按掃描下方二維碼關注我們：