上海專家:病原宏基因組測序5天內即可鑑定新冠病毒基因

2020-12-04 澎湃新聞

實時螢光定量PCR（RT-PCR）和基因測序是最早用於確診新型冠狀病毒感染的方法。目前，針對新型冠狀病毒的核酸檢測主要是基於RT-PCR的方法，而基因測序的方法應用相對較少。那麼，基因測序作為新型冠狀病毒確診的兩種方法之一，其檢測原理是什麼？在新型冠狀病毒鑑定中又有何優勢與挑戰？

近期，國家兒童醫學中心（上海）-上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心精準醫療實驗診斷中心陶悅、傅啟華、莫茜等三名研究人員聯合在《中華檢驗醫學雜誌》上發表了《病原宏基因組測序在新型冠狀病毒檢測中的應用與挑戰》。

文章指出：病原宏基因組測序（mNGS）是目前臨床上針對病原最常用的基因測序方法，是一種基於二代測序技術的無需培養、無偏好性的病原檢測技術，可一次性完成細菌、真菌、病毒和寄生蟲等多種病原體檢測。

此次疫情中，病原宏基因組測序 （mNGS）利用其技術優勢，在五天內就鑑定並分析出新型冠狀病毒的基因組，而2003年SARS的鑑定耗時5月餘、2013年H7N9的鑑定耗時1月餘。因此，病原宏基因組測序 （mNGS）為本次疫情感染病原體的進一步確認以及防控爭取了時間，也為後續的臨床診斷、治療和藥物研發指明了方向。

此外，病原宏基因組測序（mNGS）還可以同時對新型冠狀病毒以外的其他病原及混合感染進行綜合鑑定，實現對病原的「一網打盡」。

但另一方面，由於病原宏基因組測序（mNGS）操作複雜、檢測時間相對較長（需要24-72小時）等原因，在新型冠狀病毒的檢測上無法實現大範圍推廣、快速診斷的目的。

因此，病原宏基因組測序（mNGS）可與實時螢光定量PCR（RT-PCR） 技術聯合使用，實現優勢互補。

「RT-PCR由於其檢測速度快、操作流程簡單、成本較低的原因，更適用於大規模的篩查中，以便快速獲得是否為新型冠狀病毒核酸陽性的初步證據，而對於RT-PCR檢測陰性、但臨床表型高度疑似的患者，利用mNGS進一步確認可有效提高檢測結果的可靠性，並獲得是否有其他病原體感染的信息。」上述研究人員表示。

此外，上述研究人員建議，對於RT-PCR檢測陽性的樣本，也可以進一步利用mNGS進行病毒全序列的分析，從而幫助獲得病毒是否發生變異的信息，為疫苗、藥物研發等方面提供可靠證據。

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