用異硫氰酸胍和有機溶劑提取RNA

2020-11-24 生物谷

用異硫氰酸胍和有機溶劑提取RNA

來源:來源網絡 2007-08-29 21:34

收集細胞,離心5000r/min ,5分鐘,棄上清,加入異硫氰酸胍變性液(異硫氰酸胍4mol/L;檸檬酸鈉25mmol/L,Sarkosy10.5%,β-巰基乙醇0.1mol/L)500ml,混勻,振蕩10秒,加2 mol/L醋酸鈉50ml,水飽和酚500m l和氯仿/異戊醇(49:1)100m l顛倒混合數秒鐘,冰浴15分鐘,4℃離心10,000 r/min,15分鐘,吸取上清,加入等體積異丙醇或2倍體積無水乙醇,4℃離心10,000 r/min,10分鐘,棄上清,70%酒精洗滌一次,抽乾,加35mlDEPC處理水溶解,取5ml經稀釋後紫外測定RNA提取量,其餘30ml分裝,-20℃保存備用。
mRNA的分離
  與rRNA和tRNA不同的是,哺乳動物細胞的絕大部分mRNA在其3』端均有一poly(A)尾,因此可以用oligo(dT)-纖維素親和層析法從大量的細胞RNA中分離mRNAdmonds等,1971;At Leder,1972)。在構建cDNA文庫時, 必須經上述純化步驟製備mRNA模板。
進行Northern雜交或Sl 核酸酶作用圖分析時,與總RNA相比,採用poly(A) RNA能獲得更為滿意的結果。 可以按照Gilham(1964)所述方法製備Oligo(dT)-纖維素,也可以買現成的產品。
1)用0.1mol/L NaOH懸浮0.5-1.0g 0ligo(dT)-纖維素。
2)將懸浮液裝入滅菌的一次性層析柱或裝入填有經用DEPC處理並經高壓滅菌的玻璃棉的巴期德吸管中, 柱床體積為0.5-1.0ml,用3倍柱床體積滅菌水衝洗柱床。柱床體積為1m的oligo(dT)-纖維素最大量為10mg總RNA,如果總RNA的量較少,則應減少oligo(dT)-纖維素的使用量以防止poly(A) RNA在過柱以及後續步驟中損失。
3)用無菌的1x層析柱加樣緩衝液衝洗柱床直至流出液的pH值小於8.0。1x層析柱加樣緩衝液
20mmol/L Tris.Cl(pH7.6)
0.5mol/L NaCl
1mmol/L EDTA(pH8.0)
0.1%SDS
可按以下方法製備滅菌的層析柱加樣緩衝液;將適量無RNA酶的Tris. Cl(pH7.6)、氯化鈉和EDTA貯存液(參見344頁)混合在15lbf/in2(1.034x105Pa)高壓下蒸氣滅菌,待其次序卻至65℃左右時加入已在65℃預熱30分鐘的10 %SDS貯存液。也可以用0.05mol/L檸檬酸鈉代替Tris.Cl 然後用DEPC處理檸檬鈉-NaCL-EDTA和SDS的混合溶液。
4)用滅菌水溶解RNA,於65℃溫育5分鐘後使迅速冷卻至室溫,加等體積的2x層析柱加樣緩衝液,上樣,立即用滅菌的試管收集洗液。 當所的RNA溶液均進入柱床後,加1倍體積的1x層析柱加樣 ,繼續收集洗出液。加熱RNA可以破壞可能涉及poly(A)尾的二級結構。
5)當全部溶液流出後,將收集液置於65℃溫育5分鐘,重新上樣,並收集流出液。
6)用5-10倍柱床體積的1x層析柱加樣緩衝液洗柱,分部收集洗出液,測定每一收集管的OD260。最補由於不帶poly)A)的RNA洗過柱床,OD260會很高,後來OD260值則很小或為零。在某些方案中,上述步驟後還用5倍柱術體積的含0.1mol/L NaCl的1x 層析柱加樣緩衝液洗柱床,然而由於洗出的不帶poly(A)的RNA很少甚至沒有, 因此這一步驟可以省略。
7)用2-3倍柱床體積的經滅菌且無RNA酶的洗脫緩衝液洗脫mRNA,以1/3-1/2柱床體積分部收集洗脫液。洗脫緩衝液
10mmol/L Tris.Cl(pH7.6)
1mmol/L EDTA(pH8.0)
0.05%SDS
用於配製洗脫緩衝液的Tris. Cl 和EDTA貯存液應為新近高壓的溶液可用適量的滅菌水稀釋上述貯存液配製洗脫緩衝液。洗脫緩衝液不能高壓處理,因高壓會使溶產生大量氣泡。
8)收集液置於透明的小溶器內,測定OD260, 使用前比色杯須用濃鹽酸:甲醇(1:1)浸泡1小時,再用經DEPC處理並高壓處理過的水徹底衝洗合併含有RNA的洗脫組分。經上述一輪oligo(dT)-纖維素親和量層析後得到的RNA中,帶與不帶poly(A)的RNA,其含量近乎相等。如欲進一步純化mRNA,可將洗脫液於65 ℃溫育3分鐘,迅速冷卻至室溫,加入NaCl至終濃度為0.5mol/L,用同一oligo(dT)纖維素柱進行第二輪層析。
9)收集oligo(dT)-纖維素柱層析的洗脫液,在mRNA溶液中加入3mol/L乙酸鈉(pH5.2)至終深度為0.3mol/L並混勻。加2.5 倍體積用冰預冷的乙醇,混勻,冰浴至少30分鐘。
10)於4℃以10 000g離心15分鐘回收poly(A) RNA,小心棄去上清液,用70 %乙醇洗滌沉澱(通常看不見沉澱),離心片刻,在空氣中晾乾核酸沉澱。
11)用少量水重溶RNA,置於比色杯內,測定OD260, 使用前比色杯須用濃鹽酸:甲醇(1:1)浸泡1小時,再用經DEPC處理並高壓處理過的水徹底衝洗
12)將mRNA溶液由比色杯移至聚丙烯離心管內,加3倍體積乙醇,混勻,於-70℃保存備用。回收RNA時,只需取出一小份貯存液,加3mol/K乙酸鈉(pH5.2)至終濃度為0.3mol/L, 混勻,用微量離心機於4℃以12 000g離心5分鐘即可。

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