氯仿的作用有多個方面，一是作為有機溶劑變性蛋白，使其沉澱並通過離心除去，同時也通過變性作1653用抑制RNase活性；二是RNA提取試劑中通常含有苯酚（Trizol主要成分就是苯酚，很多自己配試劑提的方法也用苯酚，抽提蛋白時也會用到苯酚），苯酚微溶於水，抽提烷之後水相裡有痕量的酚，如果不除去會損傷核酸，需要通過氯仿把水相裡參與的苯酚抽提掉；三是作為溶劑抽提樣品中的一些脂溶性雜質（比如油脂、脂溶性色素等），起到一定除雜作用。
由於DNA和RNA在化學組成與分子結構上存在一定的差別，因而對不同的染料有著不同的反應。所以，可以根據這一反應差異，來研究細胞中DNA與RNA的分布情況，RNA主要分布在細胞質中。
與DNA不同，RNA一般為單鏈長分子，不形成雙螺旋結構，但是很多RNA也需要通過鹼基配對原則形成一定的二級結構乃至三級結構來行使生物學功能。