通過總RNA提取可獲得高純度及高質量的總RNA，
可用於螢光定量PCR，cDNA文庫構建，
基因克隆等實驗。
常用總RNA提取試劑
異硫氰酸胍法和Trizol法是動物組織及動物細胞總RNA提取最常用的方法，異硫氰酸胍法操作簡單快捷，適用於樣本足夠大的常規動物組織。
Trizol法裂解能力較強，尤其適合小樣本及特別難提取的組織，如兔子皮膚，動物結締組織等總RNA的提取；另外Trizol作為一種通用型的裂解試劑，還可以用於植物組織、細菌、真菌等組織的提取。
對於含多糖多酚的植物組織如油茶、茶葉、油菜等還可以使用CTAB法進行總RNA的提取。
怎麼知道自己提取的RNA質量情況是好是壞？
首先我們來確認RNA的質量
目前普遍有以下兩種方法來確認RNA質量：
1）檢測RNA溶液的吸光度
280、320、230、260nm下的吸光度分別代表了核酸、背景（溶液渾濁度）、鹽濃度和蛋白等有機物的值。一般的，我們只看OD260/OD280（Ratio，R）。1.8<R>2.0時，我們認為RNA中蛋白或者時其他有機物的汙染是可以容忍的，不過要注意，當你用Tris作為緩衝液檢測吸光度時，R值可能會大於2（一般應該是<2.2的）。當R<1.8時，溶液中蛋白或者時其他有機物的汙染比較明顯，你可以根據自己的需要決定這份RNA的命運。當R>2.2時，說明RNA已經水解成單核酸了。
2）RNA的電泳圖譜
電泳的目的是在於檢測28S和18S條帶的完整性和他們的比值，或者是mRNA smear的完整性。一般的，如果28S和18S條帶明亮、清晰、條帶銳利（指條帶的邊緣清晰），並且28S的亮度在18S條帶的兩倍以上，我們認為RNA的質量是好的。
以上是常用的兩種方法，但這兩種方法都無法明確的告訴我們RNA溶液中有沒有殘留的RNA酶。下面，我們介紹一個可以確認RNA溶液中有沒有殘留的RNA酶的方法。3）保溫試驗方法很簡單的，按照樣品濃度，從RNA溶液中吸取兩份1000 ng的RNA加入至0.5 ml的離心管中,並且用pH7.0的Tris緩衝液補充到10 ul的總體積，然後密閉管蓋。把其中一份放入70℃的恆溫水浴中,保溫1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。時間到了之後，取出兩份樣本進行電泳。電泳完成後，比較兩者的電泳條帶。如果兩者的條帶一致或者無明顯差別（當然，它們的條帶也要符合方法2中的條件），則說明RNA溶液中沒有殘留的RNA酶汙染，RNA的質量很好。相反的，如果70℃保溫的樣本有明顯的降解，則說明RNA溶液中有RNA酶汙染。
實驗步驟（以組織為例）
1.取50—100mg的組織,加入1ml Trizol試劑，用勻漿器打勻(Trizol先放於冰上)。
2.將勻漿室溫放置5min。
3.加入200μl氯仿,劇烈震蕩混勻30s，冰上靜置3min。
4.12000rpm，4℃離心15min。
5.將上清液小心轉移到新的1.5ml離心管中（取400μl），加入等量體積的異丙醇，上下顛倒幾次混勻，室溫下放置15min。（此步中注意：不要吸取任何中間層物質，寧缺勿爛。）
6.12000rpm，4℃離心15min。
7.小心移去上清液，防止RNA沉澱丟失。
8.用70%乙醇（DEPC處理的水配製）洗滌1次，加入700μl乙醇，將RNA沉澱彈起，漂洗。（此時RNA是不溶解的）
9.8000rpm，室溫離心10min。
10.儘可能徹底地吸走上清，防止RNA沉澱丟失。
11.真空離心乾燥3—5分鐘，或放在室溫下使乙醇完全揮發掉。
12.沉澱用30μl DEPC-H2O溶解。如發現沉澱難溶，68℃處理10min。
13.RNA檢測
(1)測定樣品在260nm和280nm的吸光值按1OD=40μg/ml RNA計算RNA的產量。
OD260/OD280在1.8-2.0。
(2) 進行甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳,確定RNA的完整性和汙染情況。
RNA提取實驗方法技巧分析
下面是RNA提取實驗中應該需要注意的事項
RNA提取注意事項
1、組織樣本要儘可能的新鮮，避免反覆凍融。
2、提取時組織要充分研磨，組織量不宜過少，更不宜過多。
3、加入裂解液後應給予充分的孵育時間，使樣本充分裂解。
4、在用Trizol法提取時，分層後吸取上清的原則是「寧願少吸，不能多吸」，千萬不能提取到中間層，否則會導致嚴重的基因組DNA汙染。
5、洗滌時洗滌液應充分浸潤到管壁的四周，確保洗滌徹底。
6、柱式提取法，洗滌完後除了對柱子進行空離後，還應當將吸附柱置於超淨臺內吹風5~10 min，使有機溶劑充分揮發乾。
7、柱式法最後洗脫時候，當加入DEPC水後還應孵育3~5 min，或者提前將DEPC水加熱至60℃，可提高洗脫得率。傳統的Trizol裂解異丙醇沉澱法最後RNA是用DEPC水溶解沉澱，則應當給予適當溶解時間，並用槍頭不斷吹吸離心管底部。
其他原因及解決辦法
1.獲得RNA效率低有一下原因
a:樣品裂解或勻漿處理不徹底
b:最後得到地RNA沉澱未完全溶解
2.A260/A280＜1.65原因
a:檢測吸光度時，RNA樣品不是溶於TE，而是溶於水。低離子濃度和低PH條件下，A280值會較高
b:樣品勻漿時加地試劑量太少
c:勻漿後樣品未在室溫放置2分鐘
d:水相中混有有機相
e:最後得到地RNA沉澱未完全溶解
3.RNA降解原因
a:組織取出後沒有馬上處理或冷凍
b:樣品或提取地RNA沉澱保存於-5--20度，未在-60--70度保存
c:細胞在胰酶處理時被破壞
d:溶液或離心管未經RBase去處理
預防RNase汙染，應注意以下幾個方面：
1. 經常更換新手套。因為皮膚經常帶有細菌，可能導致RNase汙染。
2. 使用無RNase的塑料製品和槍頭，避免交叉汙染。
3. RNA在Trizol試劑中不會被RNase降解。但提取後繼續處理過程中應使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150 ℃烘烤4h，塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10min，然後用水徹底清洗，再滅菌，即可去除RNase。
4. 配製溶液應使用無RNase的水（將水加入到乾淨的玻璃瓶中，加入DEPC至中濃度0.1%(v/v)，放置過夜，高壓滅菌。註：DEPC有致癌之嫌，需小心操作）。