在國際學術期刊上發表科研論文，是科研工作者與同行交流、取得國際影響的必經之路。有些國內的科學家實驗做得很漂亮，但常常苦惱於論文寫作力不從心，成為國際交流的一大障礙。本文從筆者的親身體驗出發，給博士生、博士後以及年輕的PI（課題組長）提供一個借鑑。
我大學時的同班同學都知道，那時我的英語不算好（英語四級考試僅為「良」），寫作尤其糟糕。初到美國之時，對英文環境適應得很差，讀一篇《生物化學雜誌》（JBC）的文章要五六個小時，還常常不理解其中一些關鍵詞句的意思，壓力極大。
很幸運，1991年4月我在約翰霍普金斯大學（Johns Hopkins University）攻讀博士學位時遇到了學兄和啟蒙老師John Desjarlais。聽了我的苦惱後，John告訴我，「每天花45分鐘讀《華盛頓郵報》，兩年後你的寫作能力會得心應手」。這條建議正合我意。
我原本就對新聞感興趣。於是，我每天上午安排完第一批實驗後，都會在10點左右花一個小時閱讀《華盛頓郵報》，主要看A版（新聞版）。剛開始，我一個小時只能讀兩三個短消息或一個長篇報導，中間還不得不經常查字典看生詞。但不知不覺間，我的閱讀能力明顯提高。1992年老布希與柯林頓競選總統，我跟蹤新聞，常常一個小時能讀上幾個版面的消息或四五個長篇報導，有時還把剛看到的新聞繪聲繪色地講給師兄師姐聽。
閱讀直接提升了我的英文寫作能力。看完一些新聞後，我常常產生動筆寫自己感想的衝動。1992年巴塞隆納奧運會，中國遊泳隊取得了四金五銀的好成績，美國主要媒體紛紛指責這是中國運動員服用違禁藥物，但沒有任何檢測的證據，完全憑美國運動員的感覺。此事讓我很氣憤，我生平第一次給《華盛頓郵報》和《巴爾的摩太陽報》（The Baltimore Sun）各寫了一封信，評論報導的不公平。沒想到兩天後，《巴爾的摩太陽報》居然原封不動地把我的信刊登在《讀者來信》欄目。同事祝賀，我也洋洋得意。受到此事鼓勵，我在此後三年多的日子裡常常動筆，有些文章發表在報刊上（大部分投稿石沉大海），也曾代表中國留學生寫信向校方爭取過中國學生的利益。有時還有意外的驚喜。1995年的一天，一位朋友打電話告訴我：今天出版的《巴爾的摩太陽報》上有我的評論文章。我急匆匆趕到街頭買來5份報紙，果然，在A版的倒數第二頁，以15釐米×15釐米的篇幅發表了我一個多星期前寄給報社、本以為不會發表的一篇抨擊吳宏達的文章。
以上是我個人英文寫作能力提升的一段過程。但是，科研論文不同於讀者來信，有其專業特點甚至是固定格式。
1994年，我第一次完整地寫科研論文，感覺很差。好不容易寫完的文章，連我自己都不願意讀第二遍，勉強修改之後交給了老闆Jeremy Berg。他拖了3周沒看我的文章，我實在忍不住了去催他。上午9點，Jeremy告訴我：今天看。11點，我去他辦公室催，秘書攔住我，說Jeremy正在辦理重要事務，兩點前不得打擾。我心中惴惴，不知Jeremy在幹什麼。下午一點半，Jeremy急匆匆過來找我，拿了一疊紙，「這是初稿，你看看如何，我們可以試試《科學》」。我仔細一看，天啊！一共7頁，4個多小時，Jeremy已經把文章的整體寫完了，只是缺少方法（Method）和參考文獻（references）。讓我鬱悶的是，他根本沒有用我的初稿。
其實，寫文章貴在一氣呵成。我也沿襲了Jeremy的風格。2006年10月，在我們處於劣勢的激烈競爭中，有兩個課題面臨被「scoop」（取消）的危險，我曾經兩次一晚上趕出一篇文章。第一次是10月15日，傍晚8點左右開始寫，通宵工作，第二天早晨10點完成一篇按照《細胞》雜誌格式的論文，包括摘要（abstract），引言（introduction），結論（results），討論（discussion），仔細閱讀一遍後於下午4點半完成網上投稿。這篇文章最終發表在12月份《自然》子刊《結構與分子生物學》上（電子版於11月10日發表）。另一次是10月18日，傍晚6點開始寫，通宵工作，第二天早晨8點完成，上午9點半完成投稿，最終發表在12月15日的《細胞》上。當然，能通宵完成一篇文章，還有一個重要前提，就是對研究領域非常熟悉，對文章整體的大概思路已經深思熟慮，所有的圖表（Figures）都事先做好了。這些前期工作即使全身心投入也需要3～4天。
從1994年自己寫第一篇科研論文的艱難，到現在寫起來得心應手、駕輕就熟，我總結出如下經驗。
1.要寫好科研論文，必須先養成閱讀英文文章的習慣，爭取每天30～60分鐘。剛開始可以選擇以讀英文報紙、英文新聞為主，逐漸轉為讀專業雜誌。我會在近期專門寫一篇文章介紹一套行之有效的增強讀專業雜誌能力的辦法。
2.寫科研論文，最重要的是邏輯。邏輯的形成來自於對實驗數據的總體分析。必須先討論出一套清晰的思路，然後按照思路來做圖表（Figures），最後才能執筆。
3.具體寫作時，先按照思路（即Figures）寫一個以subheading（小標題）為主的框架，然後開始具體寫作。第一稿，切忌追求每一句話的完美，更不要追求詞語的華麗，而主要留心邏輯（logic flow），注意前後句的邏輯關係、相鄰兩段的邏輯關係。寫作時，全力以赴，儘可能不受外界事情幹擾（關閉手機、座機），爭取在最短時間內拿出第一稿。還要注意：一句話不可太長。
4.學會照葫蘆畫瓢。沒有人天生會寫優秀的科研論文，都是從別人那裡學來的。學習別人的文章要注意專業領域的不同，有些領域（包括我所在的結構生物學）有它內在的寫作規律。科研文章裡的一些話是定式，比如「To investigate the mechanism of……，we performed……」（為了探索……的機制，我們做了……），「These results support the former，but not the latter，hypothesis……」（這些結果支持了前面的觀點，而不是後面的，假設……），「Despite recent progress，how……remains to be elucidated……」（儘管最近的進展，如何闡明……）等等。用兩次以後，就逐漸學會靈活運用了。在向別人學習時，切忌抄襲。在美國一些機構，連續7個英文單詞在一起和別人的完全一樣，原則上就被認為抄襲（plagiarism）。
5.第一稿寫完後，給自己不要超過一天的休息時間，開始修改第二稿。修改時，還是以邏輯為主，但對每一句話都要推敲一下，對abstract和正文中的關鍵語句要字斟句酌。學會用「Thesaurus」（同義詞替換）以避免過多重複。第二稿的修改極為關鍵，再往後就不會大改了。
6.第二稿以後的修改，主要注重具體的字句，不會改變整體邏輯了。投稿前，一定要整體讀一遍，對個別詞句略作改動。記住：學術期刊一般不會因為具體的語法錯誤而拒絕一篇文章，但一定會因為邏輯混亂而拒絕一篇文章。
這套方法行之有效，我對所有的學生和博士後都會如此教導。
我的第一個博士後是柴繼傑，1999年加入我在普林斯頓大學的實驗室。柴繼傑當時的英文閱讀和寫作能力很差。我對他的第一個建議就是「每天花半小時讀英文報紙」。難能可貴的是：他堅持下來了！經過幾年的努力，2004年柴繼傑已經能寫出不錯的項目經費申請書（grant proposal），2006年他的第一篇獨立科研論文發表在《分子細胞》（Molecular Cell）上，隨後相繼在《自然》發表兩篇論文，在其他一流學術期刊發表十多篇論文。他的寫作能力開始成熟。
發表論文是一件值得高興的事情，但要明白：論文只是一個載體，是為了向同行們宣告你的科研發現，是科學領域交流的重要工具。所以，在科研論文寫作時，一定要謹記於心的就是：用最簡單的話表達最明白的意思，但一定要邏輯嚴謹！其實，中文和英文論文皆如此！