遙感影像解譯質量難以控制
目前開展生產建設項目水土保持遙感監管遙感影像解譯的方法主要是人工目視解譯法，其具有工作量大、效率低的特點，且需要解譯人員有豐富的地學知識和工作經驗，解譯質量受解譯人員的經驗、對解譯區域的熟悉程度等各種因素的的制約，具有很大的主觀性，難以把控。
項目防治責任範圍矢量圖質量仍待提高
項目水土流失防治責任範圍矢量圖與解譯出的擾動圖斑疊加進行合規性分析，可以初步判別出疑似違法違規項目，減輕現場覆核工作任務。目前可以從全國水土保持信息管理系統中獲取已批覆水土保持方案項目的防治責任範圍矢量圖。
但目前系統中的大部分生產建設項目存在防治責任範圍矢量圖上圖位置不準確、邊界不準確、只上傳主體工程矢量圖，未上傳相關臨時用地矢量圖、未上傳項目防治責任範圍矢量圖等問題，需要進行人工修正，增加了工作難度。
部分項目無法進行水土流失防治責任範圍圖矢量化
對於全國水土保持信息管理系統中無法獲取水土流失防治責任範圍矢量圖的項目，需收集項目紙質圖紙進行矢量化，但少部分項目無法收集到防治責任範圍圖；部分項目雖收集到防治責任範圍圖，但圖紙無拐點坐標、無法明確項目位置，無法進行合規性分析。
外業覆核部分項目獲取信息困難
在進行外業覆核時，由於項目停工、現場無法進入