宏基因組技術在婦產科領域的廣泛應用

2021-03-02 予果微碼

今年Nature子刊Nature Communication發表了全面的非冗餘基因目錄揭示人類陰道內廣泛的物種多樣性,通過使用多個數據集,以及多樣本的核酸提取,文庫構建以及宏基因組和宏轉錄組測序,構建人類陰道非冗餘基因目錄(VIRGO),並對其進行分類和注釋。構建蛋白質家族的陰道直系同源群(VOG),並進行生物學分析。

常見的宏基因組學和宏轉錄組學數據分析有一定難度,多組學數據的擴展工具就能滿足此類研究需求。而VIRGO是一個大型陰道微生物組資料庫,旨在研究陰道微生物組及其與婦女健康的關係。

其實在這個「神器資料庫」開發之前,就已經有研究人員進行了女性陰道微生物的研究。2015年一篇研究報導了產前產後的陰道內微生物的變化,文章招募了42位單胎妊娠婦女,進行了陰道微生物群的檢測。在整個懷孕期間均採集了樣本(懷孕8-12、20-22、28-30和34-36周,以及產後6周)。使用16S rRNA MiSeq測序,分析這些女性陰道的細菌。研究發現陰道微生物群落中乳酸桿菌屬佔大部分。產後6周獲得的樣品中,多樣性顯著增加,並且孕婦陰道的主要微生物群落結構變化與種族無關。

近來國內綜述也發表了宏基因組技術在陰道微生態的研究情況,總結了不同技術在研究應用中的特點。

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