Nature Protocols:空氣微生物宏基因組測序新技術

2021-01-20 基因信息AGCT



2015年4月23日,Nature Protocols在線發表了題為Optimized DNA extraction and metagenomic sequencing of airbornemicrobial communities(空氣微生物DNA提取及宏基因組測序方法)的論文,報導空氣微生物宏基因組測序新技術。

大氣生物圈是一個與其它環境生物圈密切相關,且與人類呼吸系統及皮膚直接作用的重要生物圈。目前DNA測序和宏基因組學方法雖已被廣泛用於其它環境微生物研究,但將其應用於空氣微生物的研究一直存在樣品DNA含量少,傳統方法難以獲得足夠DNA進行測序等技術困難。朱聽課題組建立了一套從空氣顆粒物樣品中提取、純化DNA、測序及宏基因組學分析的技術。這套新技術的建立使得對空氣微生物的全面宏基因組研究成為可能,也為其它環境微生物研究提供了一種通用方法。因此,該技術的實驗方法被約稿在Nature Protocols上進行了詳細報導。




朱聽課題組的主要科研方向是研究、開發與核酸相關的生物新技術。自2012年初建立,朱聽課題組開始進入環境微生物領域,重點開展針對空氣微生物宏基因組測序技術的研究,2014年1月即在權威環境科學雜誌ES&T發表了題為Inhalable microorganisms in Beijing’s PM2.5 and PM10pollutants during a severe smog event的研究論文,首次完成對空氣微生物的宏基因組測序,並在「種」的水平上鑑別空氣中複雜的微生物組分。此項研究結果及其使用的新技術得到了包括Nature, Scientific American, Los Angeles Times, 參考消息、科技日報、北京日報等國內外學術、社會媒體的廣泛報導,同時也使關於大氣生物圈的研究逐漸成為環境微生物學的一個新興領域。


參考文獻:

Optimized DNA extraction and metagenomicsequencing of airborne microbial communities


如果需要PDF原文,請留下聯繫方式郵箱


來自於:生物通,nature等

AGCT-CHINA

基因測序資訊AGCT

第三方信息平臺,彙編生命科學資訊。

專注生命及移動互聯醫療行業:涉及科研動態,文獻速覽,投資動態,技術前沿,名人趣事等。

QQ討論群:390135684 。小編個人微信號:wx-jungang ,歡迎加友,共同探討分析。

需要你的分享關注


相關焦點

  • 空氣微生物研究,不可錯過的DNA提取和宏基因組學測序新方法!!!
    清華大學生命學院朱聽課題組於2015年4月23日在Nature Protocols在線發表了題為Optimized
  • 宏基因組測序助力新冠病毒檢測
    一個是宏基因組,另外一個是二代測序。宏基因組學(Metagenomics)的概念最初由Jo Handelsman提出,其研究對象是樣品中的微生物群體基因組,通過測序和功能基因篩查來分析和研究微生物的種群結構、進化以及與環境之間的互作。在描述基因組時,經常用到下面這張圖。有基因組之前是釣魚,有基因組之後是網魚。基因組學家們先把魚撈出來,生化學家們再去研究功能。
  • 宏基因組測序(mNGS),風口還是泡沫?
    宏基因組學(Metagenomics)又叫微生物環境基因組學、元基因組學,通過直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA或RNA,構建宏基因組文庫,利用基因組學的研究策略研究環境樣品所包含的全部微生物的遺傳組成、群落功能,並可開發新的生理活性物質(或獲得新基因)。隨著基因測序技術的迅猛發展,基於二代測序的宏基因組學(宏基因組測序)成為了臨床的焦點。
  • 宏基因組測序和16S rDNA測序有啥區別?
    編者按 16S rDNA測序及宏基因組測序都是微生物研究和應用的重要方法,那麼問題來了:兩者到底有什麼區別呢?什麼情況下需要做16S測序?什麼情況下需要做宏基因組測序?什麼情況下需要二者結合使用呢?那麼在開始宏基因組測序專題前,小編需要給大家解決一個非常重要的問題——16S測序和宏基因組測序的主要區別是什麼?
  • 疫情中發揮重要作用的宏基因組測序,在本季度獲得資本追捧
    在病毒檢測過程中,一種測序技術獲得了市場的廣泛關注,這個技術就是宏基因組測序(mNGS)技術。宏基因組學(Metagenomics),是以特定環境樣品中整個微生物群落基因組作為研究對象,無需分離培養,直接提取環境樣本的 DNA 進行高通量測序。對於臨床而言,mNGS 可以精準的分析患者樣本全部微生物,這一點對於感染性疾病的病原體研究具有極高的應用價值。
  • 基於「三+二」宏基因組測序的抗性基因和可移動元件的精確研究
    今天美格基因的佳作推薦基於「三+二」宏基因組測序策略提出了一套高效組裝宏基因組數據的分析流程,為抗性基因和可移動元件的精確研究提供了可靠方法。,但沒有結合短序列和長序列的測序方法技術。2、宏基因組組裝:分別使用組裝流程OPERA-MS(圖1)和其他組裝器進行宏基因組組裝,並對組裝集進行質量評估。3、人工構建GIS20腸道微生物群落及其測序:將20種已知的細菌菌株的DNA混合在一起,菌株DNA的豐度為0.1%到30%,再進行三代測序。比較不同工具對該數據的組裝效果。
  • 【安捷倫】鑑定新型冠狀病毒,宏基因組二代測序(mNGS)技術十分關鍵!
    宏基因組測序:病原體檢測的新風口1998 年,威斯康辛大學的 Jo Handelsman 提出宏基因組學(Metagenomics)的概念,並將其定義為:一種以環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象,以功能基因篩選和測序分析為研究手段
  • 三代宏基因組測序探究人類腸道中染色體外的可移動基因元件
    目前宏基因組研究主要是通過二代測序來進行研究,隨著三代測序技術的發展,PacBio SMRT測序技術應用場景越來越廣泛。與二代測序方法相比,採用PacBio SMRT長讀長測序技術的三代宏基因組可以減少部分拼接錯誤,提高基因組組裝注釋的準確性和微生物群落鑑定的解析度。
  • 快速看懂腸道菌群宏基因組測序分析報告
    宏基因組測序(Metagenomics Sequencing)是對環境樣品中全部微生物的總DNA進行高通量測序,主要研究微生物種群結構、基因功能、微生物之間的相互協作關係以及微生物與環境之間的關係。宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制,擴展了微生物資源的利用空間,為環境微生物群落的研究提供了有效工具。
  • Nature:微生物培養技術發展迅猛,未來要搞定一切!
    宏基因組測序技術的出現讓我們能夠了解不同環境中微生物組的組成,然而僅僅依靠宏基因組測序技術無法解決所有問題,比如,這些微生物究竟吃什麼?
  • 三代nanopore宏基因組測序數據分析,北京,11月7-9日
    11月7-9日,我們將在北京,聯合北京金果殼生物醫學工程技術有限公司(nanopore官方代理)開啟今年的首場線下培訓班。本期主題圍繞「nanopore宏基因組測序數據分析」,nanopore測序實時,快速,便攜,長度長,高通量等諸多特點,特別適合微生物研究。在新冠病毒研究以及後續病毒溯源方面都會有重要的應用。
  • From 16S rDNA測序 To 宏基因組學研究—技術發展及異同點
    主要內容:1.16S rDNA測序2.宏基因組測序3.宏基因組的由來及發展過程4.16S rDNA測序與宏基因組的優勢和局限性5.16s rDNA測序與宏基因組技術差異—————————————————————1.
  • Nat Med:科學家成功利用宏基因組測序技術快速識別人類體液中的病...
    2020年11月16日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,一項刊登在國際雜誌Nature Medicine上的研究報告中,來自加利福尼亞大學等機構的科學家們通過研究發現,利用宏基因組測序技術(metagenomic sequencing)或能快速檢測人類體液樣本中的病原體,文章中,研究人員描述了他們如何對多種人群開展宏基因組測序檢測,其中大部分人群都是因病住院的患者
  • Nanopore宏基因組測序揭示汙水處理過程中可移動抗生素抗性基因組
    本研究報導了第一個基於Nanopore和Illumina測序的快速分析遺傳位置並跟蹤ARGs的宿主的workflow,尤其是在汙水處理過程中可能攜帶ARGs的病原體的。此外,結合培養和Nanopore測序技術,確定了三種WWTPs進水和出水中多重耐藥菌的表型與基因型之間的相關性。
  • 一文讀懂測序技術在新冠病毒檢測中的應用
    測序技術在新冠病毒檢測中的意義和價值 在科學研究方向,採用高通量測序技術,可在第一時間獲取新發未知病毒的基因組序列信息,為突發疫情的防控和後續研究提供了幫助,例如通過構建進化樹揭示其病原相關特性、分析新冠病毒的進化來源、研究新冠病毒的致病病理機制等。
  • 諾禾致源宏基因組測序再發力,引爆你的科研味蕾
    諾禾致源宏基因組測序一直處於行業領先地位,與全國多家科研院所合作發表了高水平文章,部分文章刊登在Nature Communications、the
  • 2019微生物組—宏基因組分析專題培訓第三期
    宏基因組/微生物組是當今世界科研最熱門的研究領域之一,為加強本領域的技術交流與傳播,推動中國微生物組計劃發展,中科院青年科研人員創立「宏基因組」公眾號,目標為打造本領域純乾貨技術及思想交流平臺。成立20個月,分享專業技術原創文章600+,關注人數37,000+,累計閱讀量5,000,000+。
  • 宏基因組方法學研究取得進展
    ,已成為研究微生物群落組成、結構及功能最主要的技術手段。宏基因組研究通常採用16S rRNA測序以獲得物種譜信息,或採用全基因組隨機測序WGS以得到功能基因譜信息,或兩種策略同時採用。但是受測序技術和實驗方法本身的限制(即短序列和小片段文庫),這些研究會割裂物種譜和功能譜之間的聯繫。
  • 微生物多樣性16S+宏基因組的組合您見過嗎?| 醫學篇
    前言很多老師會遇到這樣的問題:通過微生物多樣性測序可以篩選到關注的差異菌群,但想要進行功能研究該如何做呢?「16S+宏基因組」就可以解決這個問題:先進行大樣本量的16S測序,找到組間微生物組成上存在的顯著差異,然後從中挑選代表性樣本進行宏基因組測序。
  • 微生物測序及微生物基因組大數據分析服務商「予果生物」完成千萬...
    )北京】6月29日報導獵雲網近日獲悉,微生物測序及微生物基因組大數據分析服務商「予果生物」宣布完成千萬元Pre-A2輪融資,由中國科學院院士陳新滋領銜的真善美創投完成。予果生物專注於微生物核酸檢測,專注於將宏基因組技術應用於病原感染診斷,現在北京建立近4000平米的總部;在西安建立了近2000平方米的醫學檢驗實驗室,具備臨床基因擴增檢驗資質。天眼查信息顯示,予果生物科技(北京)有限公司成立於2017年2月,法定代表人為夏涵。