NIH承諾資助全球化蛋白質資料庫

2021-01-09 中國科學院

    《科學時報》訊 歐洲生物信息科學研究機構的目的是滿足它的研究人員未來對蛋白質序列資料庫的需要，如今美國正在積極行動起來幫助它實現這一目標。
    據近期出版的《自然》雜誌報導，美國國家衛生研究院(NIH)將在未來3年內提供1500萬美元的經費幫助建立一個聯合蛋白質資料庫(United Protein UniPro)，即蛋白質序列和功能的全球化資料庫。歐洲研究院將是這筆資助的主要接受者。
    NIH計劃於近期宣布，2/3的經費將用於幫助維護兩個蛋白質資料庫：Swiss-Prot和Trembl。Swiss-Prot是一個持續增長的蛋白質序列資料庫，提供包括功能描述、結構和差異性在內的高水平注釋。Trembl是一個由計算機注釋的主要蛋白質資料庫，它所收集的蛋白質序列還未合併到Swiss-Prot。這兩個資料庫分別是由位於英國劍橋附近的歐洲生物信息科學研究所(EBI)以及位於瑞士日內瓦、洛桑的瑞士生物信息科學研究所(SIB)的小組開發出來的。
    NIH剩餘的經費將用於支持位於美國的蛋白質信息資源資料庫(PIR)，喬治亞大學醫學中心負責該資料庫的管理。這一數據也將與它從前的歐洲對手合併。
    EBI的Rolf Apweiler說：「這是NIH在美國之外資助的基礎設施項目中最大的一筆經費，意義非凡。它表明美國已經意識到蛋白質序列數據的重心在歐洲。」
    Swiss-Prot作為PIR資料庫的補充版本創辦於1986年。目前它已成長為世界最大的蛋白質序列資料庫，一些研究人員說它所擁有的補充編輯和功能信息，以及與其它基因和生物信息資料庫的豐富連結已經讓它成為最有用的資料庫。NIH的官員說，NIH支持Swiss-Prot是因為它認識到Swiss-Prot為通過全球化的努力和裝備良好的資料庫為生物學界提供了最好的服務，而不是又發展出一個對手。
    在這一項目經費的資助下，PIR將不再維持它的資料庫，但將輔助UniPro管理和輸入數據。PIR所擁有的數據將合併入Trembl和Swiss-Prot。新經費讓PIR保持現有的規模，但可資助EBI和SIB快速擴展其蛋白質生物信息項目。
    對實驗室的生物學家們來說，在蛋白質數據迅速膨脹的今天，這一舉措將保證他們能獲得穩定和可靠的蛋白質序列和功能數據資源。資料庫的官員說，新的資助將會產生更高質量的編輯數據和更高級的數據導航工具。
    但是有關NIH提供資助的新聞在歐洲也帶來了一些政治麻煩，迫使極不情願的歐盟委員會為生物信息基礎設施提供經費。
    歐洲的一位生物和信息學專家說：「美國為我們提供經費，而歐盟卻似乎希望這些基礎設施從天而降，這真是一個諷刺。」專家們指出，美國的投資不可避免地意味著美國在歐洲的生物信息基礎設施方面有更大的發言權。
    (王丹紅)

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