研究蛋白質你的資料庫用對了嗎?常用蛋白質資料庫分享

2021-02-25 小張科研知識分享

1.UniProt (The Universal Protein Resource)

網址：http://www.uniprot.org/

簡介：由EBI(歐洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息資源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供詳細的蛋白質序列、功能信息，如蛋白質功能描述、結構域結構、轉錄後修飾、修飾位點、變異度、二級結構、三級結構等，同時提供其他資料庫，包括序列資料庫、三維結構資料庫、2-D凝聚電泳資料庫、蛋白質家族資料庫的相應連結。

2.PIR(Protein Information Resource)

網址：http://pir.georgetown.edu/

簡介：致力於提供及時的、高質量、最廣泛的注釋，其下的資料庫有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，與90多個生物資料庫(蛋白家族、蛋白質功能、蛋白質網絡、蛋白質互作、基因組等資料庫)存在著交叉應用。

3.BRENDA(enzyme database)

網址：http://www.brenda-enzymes.org

簡介：酶資料庫，提供酶的分類、命名法、生化反應、專一性、結構、細胞定位、提取方法、文獻、應用與改造及相關疾病的數據。

4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

網址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html

簡介：哺乳動物蛋白複合物資料庫，提供的數據包括蛋白複合物名稱、亞基、功能、相關文獻等。

5.IUPHAR-DB

網址：https://www.guidetopharmacology.org/

簡介：G蛋白偶聯受體、離子通道資料庫。提供這些蛋白的基因、功能、結構、配體、表達圖譜、信號轉導機制、多樣性等數據。

6.InterPro

網址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

簡介：蛋白質綜合資料庫，從大量的資料庫中整合而成的包括蛋白質結構域、蛋白質家族、功能位點等信息的資料庫。

1.SWISS-2DPAGE

網址：http://www.expasy.org/ch2d/

簡介：提供人類、小鼠、大腸桿菌、釀酒酵母、盤基網柄菌的2D-PAGE參考圖。

2.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

網址：https://omictools.com/syspimp-tool

簡介：通過質譜技術建立的蛋白質突變資料庫。當蛋白質某一胺基酸殘基發生改變時，其質譜圖也會發生改變，通過蛋白質質譜圖的改變，檢測與疾病相關的突變。

3.Sys-BodyFluid

網址：https://omictools.com/sys-bodyfluid-tool

簡介：人體體液蛋白組研究資料庫。提供人體各種體液的蛋白質組數據，包括血漿/血清、尿液、乳汁、淚、汗液、唾液、骨髓液、腦脊液、胃液等。

4.BloodExpress

網址：https://omictools.com/bloodexpress-tool

簡介：小鼠造血過程基因表達資料庫

5.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

網址：http://centrosome.dacya.ucm.es

簡介：人體中心體蛋白資料庫

6.ConsensusPathDB

網址：http://cpdb.molgen.mpg.de

簡介：人類功能作用網絡資料庫，與多個資料庫有交叉應用，提供蛋白質互作、生化反應、基因調控等作用網數據。

7.HPRD(Human Protein Reference Database)

網址：https://bio.tools/hprd

簡介：人體蛋白文獻資料庫

8.NOPdb

網址：https://omictools.com/nopdb-tool

簡介：核仁蛋白組資料庫

9.EndoNet

網址：http://endonet.sybig.de/

簡介：細胞通訊網絡資料庫，提供激素、激素受體相關信息

1.3DID(3D interacting domains)

網址：http://3did.irbbarcelona.org

簡介：搜集3D結構已知的蛋白質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

2.PiSite(Database of Protein interaction sites)

網址：http://pisite.hgc.jp

簡介：以PDB為基礎，在蛋白質序列中搜尋互作位點。

3.Binding MOAD

網址：http://www.BindingMOAD.org

簡介：致力於提供蛋白質-配體晶體結構數據信息。提供結構已知的蛋白質的相關配體，並附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數據。

4.Phospho.ELM

網址：https://omictools.com/phospho-elm-tool

簡介：蛋白質磷酸化位點資料庫

5.SBG（Structural Bioinformatics Group）

網址：http://bioinf-apache.charite.de/main/web_data.php

簡介：蛋白質中代謝物、藥物結合位點資料庫，提供結合機制、識別機制、保守結合位點等信息，涵蓋多個資料庫。

6.STITCH

網址：http://stitch.embl.de/

簡介：蛋白質-化合物作用網資料庫

7.Reactome

網址：http://www.reactome.org

簡介：人體生命活動路徑與過程資料庫，提供生化過程網絡圖，並對參與其中的蛋白質分子有詳細註解，與其他資料庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應用。

8.PID(Pathway Interaction Database)

網址：http://www.ndexbio.org/

簡介：由NCI和Nature共同創立，提供已知的人體細胞信號轉導、調節活動及主要細胞生命過的蛋白質路徑網，可通過輸入某個分子名或代謝過程名稱進行查詢。於2006年11月啟動，2012年9月，主動管理已停止，PID數據現在可在ndex的網絡數據交換中獲得。

9.UniHI(Unified Human Interactome database)

網址：http://www.unihi.org

簡介：人體蛋白-蛋白相互作用資料庫，可根據蛋白質名稱、代謝路徑等進行查詢。

10.VirHostNet 2.0

網址：http://virhostnet.prabi.fr/

簡介：病毒-宿主分子互作網資料庫，提供病毒-宿主蛋白質互作信息及這些蛋白質的相關注釋。可通過輸入基因、蛋白質、路徑等關鍵詞進行查詢。

11.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)

網址：https://omictools.com/bionemo-tool

簡介：搜集與生物降解代謝相關的蛋白質、基因數據，包括蛋白質序列、結構域、結構；基因序列、調控元件、轉錄單元等信息。除此之外還包括生物降解的代謝路徑圖、相關生化反應等。

1.PDB(Protein Data Bank)

網址：http://www.rcsb.org/pdb

簡介：生物大分子結構資料庫，提供蛋白質、核酸等生物大分子的三維結構數據、序列詳細信息、生化性質等。

2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)

網址：http://10.life.nctu.edu.tw/iSARST/

簡介：高效的蛋白質結構比對資料庫

1. CDD(Conserved Domain Database)

網址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

簡介：蛋白質的功能與其結構密切相關，一個蛋白質的保守結構域在一定程度上體現了該蛋白質的功能。CDD，蛋白質保守結構域資料庫，收集了大量保守結構域序列信息和蛋白質序列信息。檢索者通過CD-Search服務，可獲得蛋白質序列中所含的保守結構域信息，從而分析、預測該蛋白質的功能。

2.CPDB(database of circular permutation in proteins)

網址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb

簡介：蛋白質環形序列重組基序資料庫。蛋白質的環形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一起，然後在另一處產生新開口。雖然當前已有很多知名的蛋白質家族被發現有CP成員，而且也有研究指出蛋白質結構資料庫中可能存在著不少CP實例，高效率的CP搜尋工具卻很罕見。CPSARST提供了一套有效的CP搜尋工具。

3.MegaMotifbase

網址：http://caps.ncbs.res.in/MegaMotifbase/index.html

簡介：蛋白質基序家族、超家族資料庫，提供已知基序的3D定位圖、轉角距等數據。

4.Minimotif Miner

網址：http://mnm.engr.uconn.edu

簡介：蛋白質基序檢測資料庫，提供在蛋白質序列中尋找基序的服務。

1.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)

網址：https://omictools.com/interprets-tool

簡介：提供通過三級結構預測蛋白質相互作用的服務，可輸入兩個蛋白質的序列信息進行查詢。

2.Predictome

網址：https://omictools.com/predictome-tool

簡介：預測蛋白質間功能關係的資料庫。這些蛋白質間的關係是基於將3種計算機預測法，即染色體相鄰法、系統發育譜法、結構域融合法應用與44個基因組上而得到的。

相關焦點

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    《科學時報》訊 歐洲生物信息科學研究機構的目的是滿足它的研究人員未來對蛋白質序列資料庫的需要，如今美國正在積極行動起來幫助它實現這一目標。    據近期出版的《自然》雜誌報導，美國國家衛生研究院(NIH)將在未來3年內提供1500萬美元的經費幫助建立一個聯合蛋白質資料庫(United Protein UniPro)，即蛋白質序列和功能的全球化資料庫。
  • 生物質譜譜圖資料庫支撐蛋白質組學研究
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  • BioGRID 蛋白質相互作用資料庫
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  • 全球三大蛋白質資料庫將合而為一
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  • 蛋白質結構研究入門,你都知道嗎(上)?
    (可以到蛋白質結構資料庫PDB中查詢其結構是否被解析)，但是很多小夥伴們的研究目標的結構還沒有被解析（實際上是大部分蛋白結構都沒有被解析）。蛋白質結構資料庫PDB：http://www.rcsb.org/那麼，在實驗之外，有其他方法獲得生物大分子的結構嗎？
  • 用訓練BERT的方法解碼蛋白質,我們能讀懂生物界的語言嗎?
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    NLP領域的這一成果對蛋白質研究有何重要意義呢？我們一起來看。蛋白質幾乎是萬能的。在你閱讀本文時，你血液中的血紅蛋白正在將氧氣移動到肌肉中，轉運蛋白正在泵送鈉以產生神經元激發所需的動作電位，而眼睛中的感光蛋白正在區分這句話中字母的邊界。了解什麼因素會破壞蛋白質的自然功能，可以幫助我們了解疾病的分子基礎，並幫助我們找到更好的治療方法。
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  • 蛋白質組學研究進展與趨勢
    90年代初期，各種技術已比較成熟，在這樣的背景下，經過各國科學家的討論，才提出蛋白質組這一概念。        國際上蛋白質組研究進展十分迅速，不論基礎理論還是技術方法，都在不斷進步和完善。相當多種細胞的蛋白質組資料庫已經建立，相應的國際網際網路站也層出不窮。