BioGRID 蛋白質相互作用資料庫

2020-08-28 深圳南博屹生物科技

生物通用交互數據集庫(BioGRID)是一個公共資料庫，用於存檔和傳播來自模型生物和人類的遺傳和蛋白質相互作用數據。BioGRID目前擁有超過1，500，000種來自高通量數據集和個人重點研究的互動，這些研究來自於初級文獻中的63，000多份出版物。

對所有文獻的完整報導包括出芽酵母(釀酒酵母)、分裂酵母(柚木)和田菁(A.thaliana)，目前正在努力擴大對多種後生動物的管理。當前的策展業側重於生物學的特定領域，以便深入了解與人類健康相關的保守網絡和路徑。BioGRID網絡界面包含新的搜索和顯示功能，可以跨多個數據類型和源進行快速查詢。

BioGRID為多個模型生物資料庫提供交互數據，例如Entrez基因、SGD、TAIR、FlyBase和其他交互元資料庫。

BioGRID 網站的主頁如下，使用起來也比較簡單，只需要輸入一個基因ID、關鍵詞或基因名，選擇物種，點擊搜索即可獲得基因互作的結果。


如何使用bioGRID資料庫下載數據呢？

直接點進去就能下載了，如下，整個BioGRID數據收集可以多種文件格式下載，包括IMEX兼容的PSIMIXML。



舉個慄子：


結果如下：

左邊包含了名稱、別名、轉錄後修飾、GO注釋信息、其他資料庫連接......

右邊統計每種相互作用類型的數目和比例。


感興趣趕緊去看看吧~

• END •

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