String：蛋白互作網絡(PPI)分析資料庫

String資料庫是一個搜索已知蛋白質之間和預測蛋白質之間相互作用的資料庫，該資料庫可應用於2031個物種，包含960萬種蛋白和1380萬中蛋白質之間的相互作用。它除了包含有實驗數據、從PubMed摘要中文本挖掘的結果和綜合其他資料庫數據外，還有利用生物信息學的方法預測的結果。

研究蛋白之間的相互作用網絡，有助於挖掘核心的調控基因，目前已經有很多的蛋白質相互作用的資料庫，而string絕對是其中覆蓋的物種最多，相互作用信息做大的一個，網址如下：

https://string-db.org/

打開搜索界面簡潔明了，有多種方式進行檢索：

好了下面我們來舉個慄子，點擊#1進行檢索，圖中每個節點表示一個蛋白，默認情況下節點的顏色分成紅色和白色，紅色代表是你的查詢蛋白，白色代表與查詢蛋白具有相互作用關係的其他蛋白。由於白色不太好看，string會根據與相互作用的score值對顏色進行映射。

在Legend頁面，可以看到每個蛋白的顏色和對應的score值，示意圖如下：

點擊圓圈節點就可以顯示該蛋白的具體信息，如下圖：

圓圈節點之間的直線代表該直線連結的兩個蛋白之間的相互作用關係，如圖：

不同顏色對應不同的相互作用類型，當然你也可以在Settings進行設置，只展示需要的相互作用類型，如圖：

在Analysis頁面，對於蛋白質相互作用網絡中的基因，提供了GO和KEGG富集分析的結果，如圖：

在Exports頁面，可以導出相互作用網絡的圖片，支持PNG, SVG格式，也可以導出對應的相互作用表格和蛋白序列，注釋等信息，如圖：

如果有多個感興趣的目標蛋白，想查看它們之間的相互作用關係，則可在搜索界面選擇多個蛋白質檢索，把目標蛋白的名稱輸入搜索框，點擊搜索。

需要注意的是，如果我們輸入的是單個蛋白質名稱，資料庫將會輸出與該蛋白質互作的所有蛋白質的互作圖；但如果我們一次輸入多個蛋白質名稱或者序列，資料庫將只輸出輸入蛋白質之間的互作網絡圖。

好了今天就介紹到這裡，更多細節大家可以上官網研究。

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