網絡藥理學|08 PPI網絡的構建

PPI是protein-proteininteraction的簡稱,即蛋白質與蛋白質的相互作用，蛋白質間的功能連結通常能夠從編碼它們的基因間的基因組相關性中推斷，而相同功能所需要的一群基因趨向於顯示相似的物種覆蓋，通常定位在基因組(在原核生物中)上非常鄰近的位置，並且趨向於參與基因融合事件。

1、準備好Drug_Disease.txt文件，並複製好其中的內容。

 

2、打開string的網站https://string-db.org/，選擇多種蛋白質multiple proteins。在輸入框黏貼上之前複製好的疾病和藥物交集的基因名稱。再手動選擇下面的物種為人類，點擊搜索即可。

 

 

 

 

 

3、如無特殊要求，網站會默認選擇得到的第一條基因序列，將滾動條拉到最後，點擊繼續。

4、此時會得到注釋信息和基本圖示，有些游離的點我們不想要，可以點擊setting，勾選隱藏不連接的點，之後更新設置即可。如果連線太多不能放到文章裡可以在setting裡設置過濾得分。

 

 

5、導出，選擇400ppi的高清png格式和tsv格式，兩個都需要。

 

 

注意：tsv格式用excel打開時請用複製打開，以免改變制表符，導致以後r不能識別。