蛋白相互作用分析的資料庫有很多，至於為什麼選擇STRING，還是在於其強大的可視化，以及自定義功能。這樣我們可以得到數據結果的同時，還可以得到相對好看的圖。下面我們就來介紹一下STRING 資料庫如何使用吧~
我們在打開資料庫之後，在菜單欄可以看到很多種來進行相互作用關係預測的選項。如果我們有一個目標蛋白，想要查看這個蛋白的可能的相互作用蛋白可以選擇Protein by name；如果我們有很多蛋白，想要查看這些蛋白之間的相互作用關係，那就可以選擇Multiple proteins。
由於我們在之前的差異表達分析的時候，可以得到很多基因，所以我們這裡選擇Multiple proteins來進行下一步分析。這裡我們需要的輸入的就是基因名即可，基因名與基因名之間通過通過換行來間隔。另外需要做的就是選擇目標物種，由於我們做的是人的分析，所以選擇人即可。
接下來點擊SEARCH即可。這個時候需要注意的是，點擊完之後，頁面會馬上彈出來。但是對於目標蛋白是不是全部都輸入全了。我們需要一直往下拉頁面，在最下面看到continue這個按鈕。點擊最下面這個才算是加載完了。
我們點擊完之後，就可以看到直接分析的結果了。
首先我們看到的分析結果是就是一個相互作用網絡的圖。對於這個網絡，我們可以通過滑鼠來拖動每個node。來使得圖形更好看一些。這樣也可以導出來直接用了。
下面就是關於這個網絡的這種設定以及自定義了。
首先我們可以看到對於結果的注釋，裡面標註了不同的node和不同的edges代表什麼。（如果不知道node和edge是什麼，建議看一下昨天的帖子哦。）
在設定裡面，我們可以設置自定義來設定不同的結果。我們可以選擇不同的數據來源，可以設定相互作用的界限以及設定網絡圖的設置。
對於輸入的基因，這個資料庫也是可以進行GO和KEGG分析的。另外呢，由於是網絡分析，所以對於網絡的基本信息也是有簡單的描述的。
對於網絡的結果，我們可以在導出當中導出相關的結果。其中就包括，一開始看到的網絡圖，以及包含網絡edge信息的數據結果。
基本上對於STRING的蛋白相互作用分析就是這麼多。這個只是通過資料庫確定基因之間的相互作用關係，但對於尋找核心基因，還沒進行查找。明天我們來介紹一下如何進行核心基因的查找。