小麥的主要病害有：條銹病、白粉病、紋枯病、赤黴病、全蝕病、黃萎病。
1.小麥條銹病
症狀：條銹病主要發生於葉片上，也可發生在葉鞘、稈和穗上，在葉片的正面形成很多鮮黃色橢圓形的夏孢子堆，沿葉脈縱向排列呈虛線狀，常幾條結合在一起成片著生。夏孢子堆中產生大量鮮黃的粉末，即夏孢子。小麥接近成熟時，在葉鞘和葉片上產生短的黑色冬孢子堆，埋於表皮下。
⑵防治方法：①選用抗病品種：在銹病易發區，不宜過早播種；及時排、灌水，降低麥田溼度，抑制病菌夏孢子萌發；清除落粒自生苗，消滅當地越夏菌源。②藥劑拌種：用99% 天達惡黴靈2克加天達 2116 浸拌種型 25 克(1袋)，對水2-3千克，均勻噴拌麥種50千克，涼幹後播種，可兼防白粉病、全蝕病、根腐病、紋枯病和腥黑穗病等。 ③噴藥防治：在小麥拔節至抽穗期，條銹病病葉率達到1% 左右時，開始噴藥。每畝用15% 粉鏽寧可溼性粉劑55-60 克加水20-30千克噴霧，可防治條銹病和葉銹病，防治稈銹病每畝用藥量應增加到110克。在噴灑粉鏽寧或三唑酮時每15千克水加入25 克天達 2116 糧食專用型可明溼提高防病效果，噴藥時添加天達有機矽6000倍，省水、省藥、下雨無需再重噴。 同時可增加小麥抗倒春寒、抗倒伏、抗乾熱風的能力。
2.小麥葉銹病
症狀：葉銹病主要發生在葉片，但也能侵害葉鞘，很少發生莖稈或穗部。發病初期，受害葉片出現圓形或近圓形紅褐色的夏孢子堆。夏孢子堆較小，一般在葉片正面不規則散生，極少能穿透葉片，待表皮破裂後，散出黃褐色粉狀物。即夏孢子。後期在葉背面和葉鞘上長出黑色闊橢圓形或長橢圓形、埋於表皮下的冬孢子堆。
山東省小麥葉鏽菌於小麥收穫後就轉移到自生麥苗上越夏，冬麥播種出土後葉鏽菌又從自生麥苗上轉移到冬小麥麥苗上。播種較早的由於氣溫較高利於葉鏽菌的生長，因而受害小麥發病重。播種較晚的，葉鏽菌侵入之後由於氣溫較低不能形成夏孢子堆，就以菌絲體潛伏在麥葉內越冬。
防治辦法同條銹病。
3.小麥稈銹病
小麥稈銹病分布於全國各地，以東北、內蒙古、西北等春麥區，以及長江流域、華東沿海和南方冬麥區發生最為嚴重。病害流行年份，由於來勢兇猛，危害大，常可在短期內引起較大的損失，造成小麥減產74%-84% 。
症狀：稈銹病主要發生在小麥葉鞘、莖稈和葉鞘基部，嚴重時在麥穗的穎片和芒上也有發生，產生很多的深紅褐色、長橢圓形夏孢子堆。小麥發育後期，在夏孢子堆或其附近產生黑色的冬孢子堆。稈銹病夏孢子堆散生，長橢圓形，表皮破裂而外翻。
小麥稈銹病的流行一般在小麥抽穗階段，氣溫和這一階段前後的降雨是影響病害流行的關鍵因素。
防治方法同條銹病。
4.小麥白粉病
症狀：小麥白粉病主要發生於葉片上，也可發生於植株葉鞘、莖稈和穗上。一般葉正面病斑較葉背面多，下部葉片較上部葉片病害重。病部表面附有一層白粉狀黴層，病部最先出現白色絲狀黴斑，逐漸擴大並相互聯合，呈長橢圓形較大的黴斑，嚴重時可覆蓋葉片大部，甚至全部，黴層厚度可達2毫米左右，並逐漸呈粉狀。後期黴層逐漸由白色變為灰色，上生黑色顆粒。葉早期變黃，捲曲枯死，重病株常常矮縮不能抽穗。
⑵防治方法：①選用抗病豐產品種，可有效抑制小麥白粉病的發生，目前應以選育成株期具有抗病性的品種為主；②麥收後及時剷除各種場合的自生小麥，消滅初侵染源；③合理密植，採用精量半精量播種，適當晚播，提高植株抗病能力；④注意氮肥的合理施用，配方施肥，適時排灌水。⑤適時進行藥劑防治：在小麥白粉病普遍率達10% 或病情指數達5%-8% 時，即應進行藥劑防治。每畝15% 粉鏽寧可溼性粉劑50 克加天達2116糧食專用型50克對水30千克，在早春噴灑一次即可基本控制危害，並可兼治銹病。在秋苗發病較多的地區，可以用15% 粉鏽寧可溼性粉劑按種子重量0.12% 拌種，控制秋苗病情，減少越冬菌量，減輕發病，並能兼治散黑穗病，如果加入相同量的浸拌種型天達 2116 效果會更好，噴藥時添加天達有機矽 6000倍，省水省藥，下雨無需再重噴。
5.小麥紋枯病
症狀：小麥不同生育期都可受到紋枯病的侵染，病狀主要發生於葉鞘和莖稈上。葉鞘上病斑梭形，縱裂，病斑擴大連片形成爛莖。由於花稈爛莖抽不出穗而形成枯孕穗或抽後形成白穗，結實少，籽粒秕瘦。
⑵防治方法：①選用抗病和耐病品種；②實行輪作，控制病害發生；③適期播種，降低播量，合理密植；④增施有機肥，避免大水漫灌，及時排水。⑤及時進行藥劑防治：每畝用5% 井崗黴素水劑150-200 克加天達2116 糧食專用型50克，對水45-60千克噴霧，或對水300-450 千克潑澆，或對水15-25千克低量噴霧，第1次在返青後病株率達20%-30%(一般在3 月中旬前後)噴藥，第2次用藥在第1次用藥後 15 天施用，可有效防治本病，噴藥時添加天達有機矽 6000倍，省水省藥，下雨無需再重噴。
6.小麥赤黴病
症狀：赤黴病是真菌病害，可以侵染小麥的各個部位，但在長江中下遊麥區主要侵染穗部，症狀是穗腐。在小麥開花至乳熟期，小穗穎片出現水漬狀淡褐色斑點，進而擴展到全穗。氣候潮溼時，感病小穗的基部出現粉紅色膠黏黴層，後期產生煤屑狀黑色顆粒。紅色黴層是病菌的分生孢子座和分生孢子，黑色顆粒是病菌的子囊殼。
防治方法：選用抗病品種；清除作物秸稈等病殘體或冬前耕翻將病殘體深埋，以減少田間初侵染菌源數量；適時播種，合理施肥，降低田間溼度，防止漬害。
在齊穗揚花期用50% 多菌靈、或 70% 甲基託布津可溼性粉劑800-1200 倍液噴霧，每畝100千克，可以有效地防止病害流行。一般用藥 1-2次。 用多福合劑(含 25% 多菌靈、15% 福美雙)500倍液噴霧，可以兼治散黑穗病；用40% 滅菌丹可溼性粉劑200-300倍液噴霧，可以兼治麥類稈銹病；用禾枯寧可溼性粉劑不僅可以有效地防治赤黴病，還可兼治白粉病等病害。在噴灑殺菌劑時加入600-800倍的糧食專用型天達 2116 可顯著提高防病效果，提高作用抗逆能力和產量，噴藥時添加天達有機矽 6000 倍，省水省藥，下雨無需再重噴。
7.小麥全蝕病
症狀：全蝕病是小麥的一種毀滅性病害，主要危害小麥根部和莖稈基部。 一般在抽穗前後發病明顯。主要症狀是：莖稈基部及葉鞘變為黑腳症狀，根部變黑腐爛，根表可見病菌著生的葡萄菌絲。分櫱前後，基部老葉變黃，分櫱少，早春返春慢，黃葉多，重的枯死。拔節以後，根部和莖基部 1-2節間嚴重腐爛，植株矮化。到抽穗灌漿期，莖基部明顯變黑腐爛，形成典型的「黑腳」症狀，病部葉鞘容易剝離，葉鞘內側與莖基部的表面形成灰黑色的菌絲層。由於病株根部與莖基部腐爛，病株常早枯死，形成白穗或籽粒秕瘦，產量損失10%-20% ，重者絕收。
小麥全蝕病也可隨水流傳播，多雨、高溫，地勢低洼麥田發病重。旱播、冬春低溫也與成熟期受乾熱風侵害以及土質疏鬆、瘠薄、鹼性、有機質少，缺磷、缺氮的麥田發病均重。
防治辦法：選用耐病品種；與棉花、黃煙、薯類、花生、甜菜、豌豆、胡麻、綠肥、大蒜、油菜等非寄主作物輪作；增施磷肥，促進拮抗微生物的發育，減輕危害；深翻倒土，增施肥料，減少土壤表層菌源量；返青拔節期應適時中耕，及時灌水。
用20% 三唑酮乳油50毫升或15% 粉鏽寧可溼性粉劑 75 克，對水 2-3 千克噴拌麥種50 千克，可以兼治根腐病、紋枯病和黑穗病。在小麥拔節期間，每畝用15% 粉鏽寧可溼性粉劑150-200克，或 20%三唑酮乳油100-150毫升，對水50_60千克噴澆麥田，防效可達60%左右，加入600_800 倍糧食專用型天達 2116 ，可明顯提高防治效果。最佳配方是99% 的天達惡黴靈2克600倍液+天達2116糧食專用一袋(25克)600倍液對水15公斤噴施，噴藥時添加天達有機矽 6000倍，省水、省藥，下雨無需再重噴。
8、小麥黃矮病
症狀：苗期感病時，葉片失綠變黃，植株嚴重矮化。病重的葉片往往不能越冬，或越冬後不能拔節抽穗。感病較晚的植株矮化不明顯，上部幼嫩葉片從葉尖開始發黃，逐漸向下擴展，發黃的葉片呈亮黃色，鮮豔有光澤，葉脈間有黃色條紋。穗期感病的植株僅旗葉發黃。有的品種感病後葉片變紫色。
防治方法：①選用抗病或耐病品種。②清除田間及其附近的雜草。 ③加強水、 肥等栽培管理，增強植株抗病力。④治蚜(蟲)防病(參照麥蚜的防治)。