m6A轉錄後調控研究利器--RNAmod平臺介紹

2021-02-12 醫知圈

m6A修飾是動態的、可逆的 mRNA 修飾在調節 mRNA 的剪接、輸出、穩定性和翻譯中起著關鍵作用。因此，mRNA 修飾的錯誤調控導致多組織發育缺陷和癌症進展。

mRNA 的修飾不是隨機分布的，它們發生在 mRNA 的特定位置的特定序列模體上。以 N6-Methyladenosine (m6A)為例，它主要位於 mRNA 的翻譯起始位點和翻譯終止位點附近，而 N1-methyladenosine (m1A)在 mRNA 的5』UTR 處高度富集。在 mRNA 上發現了越來越多的新的修飾位點，如胞苷 n4乙醯化修飾和內部 m7G 修飾。mRNA 修飾的定位與其分子功能密切相關，

因此，確定修飾在 mRNA 上的分布並標註修飾基因的靶點對於研究 mRNA 修飾的功能至關重要。在這裡，我們開發了 RNAmod，一個非常方便的基於 web 的平臺，用於對 mRNAs 的修改進行元分析和功能注釋。RNAmod 使用常用的 BED 格式的染色體位置信息作為信使核糖核酸修飾的輸入，這些信使核糖核酸修飾的位置信息可以通過常用的調峰工具如 MACS、 Exomepeaks 和 MetaTeak 生成，也可以很容易地從其他文本格式轉換。

RNAmod 的產出包括:

總的統計數據是針對不同 RNA 特徵的修飾

不同 RNA 生物型修飾的總體統計

外顯子剪接結合 RNA 修飾的密度/直方圖

轉錄起始/終止位點 RNA 修飾的密度/直方圖

 修飾對 mRNA 翻譯啟動和終止密碼子的密度/直方圖圖

 修飾位點的模體識別

轉錄起始/終止位點和翻譯起始/終止位點的熱圖

修飾位點的基因功能注釋

 通過對500多個 RBPs 的已知 RNA 修飾和結合位點進行整合，實現了 RNA 修飾的可視化

用戶可以方便地研究 RNA 修飾位點在特定的基因上下文

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