是否有轉錄因子調控我研究的circRNA, 如何尋找?

2021-01-14 紀偉講測序

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circRNA的轉錄因子分析


環狀RNA研究越來越火熱，大多數的機制在ceRNA機制，結合蛋白，翻譯蛋白上，主要是circRNA的下遊機制，上遊機制怎麼研究呢，我們可以找找哪些轉錄因子調控circRNA表達，哪些RNA剪切因子影響circRNA的表達，比如這個老師也是這麼想的：

那如何來找到轉錄因子調控circRNA的關係呢，很簡單，我們給出了預測的結果circBase 人小鼠所有circRNA的預測結果。


我們錄製了操作視頻，手把手教您使用這個數據，並對可能遇到的問題做了詳解。

（1）轉錄因子調控環狀RNA問題的由來？

（2）為什麼要將轉錄因子與環狀RNA關聯研究？

（3）轉錄因子靶標資料庫來源於哪裡？

（4）數據整理過程是怎麼樣的？

（5）如何來解讀結果並找到調控環狀RNA的轉錄因子？

ilibili超清視頻連結：https://www.bilibili.com/video/BV1xg4y1i79c/



解壓文件後，搜索circRNA ID 找到circRNA與轉錄因子的對應關係。比如文件名為hsa_circ_0131431.DEK.TF.Promoter.txt 文件:

（1）chrom：轉錄因子結合區域所在的染色體；

（2）start：轉錄因子結合區域的起始位點；

（3）end：轉錄因子結合區域的終止位點；

（4）width：轉錄因子結合區域的長度；

（5）peak_name：轉錄因子結合區域的名稱；

（6）geneChr：靶基因所在的染色體；

（7）geneStart：靶基因的起始位點；

（8）geneEnd：靶基因的結束位點；

（9）geneLength：靶基因的長度；

（10）geneSrand：靶基因的鏈位置；

（11）geneID：靶基因的Ensembl編號；

（12）genename：靶基因的基因名稱；

（13）annotation：轉錄因子結合區域在靶基因的位置，Promoter表明轉錄因子與靶基因啟動子區域結合；

（14）gene_biotype：靶基因的類型；

（15）gene_description：靶基因的基因全稱；

（16）transcriptId：靶基因的轉錄本ID；

（17）distanceToTSS：轉錄因子結合區域到靶基因的距離；

（18）summit：檢測結果峰值；

（19）uniprotId:轉錄因子蛋白的uniprot編號；

（20）tfTile：轉錄因子基因名稱；

（21）tfgeneId：轉錄因子基因的Ensembl編號；

（22）tfgene_description：轉錄因子的基因全稱；

（23）cell.set：實驗細胞系；

（24）treatment.set：實驗處理；

（25）exp.set：實驗編號；

（26）peak-caller.set：鑑定軟體；

（27）peak-caller.count：鑑定軟體的數量；

（28）exp.count：實驗數量；

（29）peak.count：鑑定到的總次數，小於等於前2個數的乘積。



分析數據較大，有需要的老師，掃描下方技術微信索取，百度雲盤發送。

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