CST Tech Tips - ChIP酶解法的超聲處理

2020-09-03 CST中國

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CST ChIP 實驗的染色質片段化有兩種方法，一種是超聲法，另一種是酶解法。無論您採用的是超聲法還是酶解法，均需要對樣品進行超聲處理，超聲可以促進細胞和胞核的裂解，以及染色質的片段化。

儘管已經使用酶解法進行染色質片段化，但這仍需一個簡短的超聲處理步驟來打開膜，然後釋放染色質。如果您只用超聲法進行 ChIP 實驗，請參考之前的文章，因為對於這種情況，其超聲處理更為嚴苛。

酶解法和超聲法的超聲步驟有一些通用要求。首先，在超聲處理周期期間或間隔，要始終把樣本放在冰上，避免樣本變熱。其次，將超聲儀探針的針尖插入到試管的底部，並調整超聲儀設置，如波幅，以免超聲處理期間出現氣泡。否則，您的靶蛋白可能會變性， ChIP 信號會丟失。

那麼，針對酶解法，超聲處理有一些特殊的地方。因為染色質已被微球菌核酸酶片段化，所以僅需稍作超聲處理便可釋放染色質片段。如果使用 0.5 mL 樣本進行超聲處理，預計離心處理後的樣本後，不溶物質的沉澱物非常小。如果觀察到沉澱物較大——大約達 10 μl 或以上（如下圖），那麼這說明胞核依然完整，您應該對樣本進行進一步超聲處理。

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